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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cb1 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Yeast nucleolar pre-60S ribosomal subunit (state 3) | ||||||||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Pre-60S / ribosome biogenesis / LSU processome | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() snoRNA release from pre-rRNA / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / ATP-dependent activity, acting on RNA / rRNA primary transcript binding / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor ...snoRNA release from pre-rRNA / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / PeBoW complex / ATP-dependent activity, acting on RNA / rRNA primary transcript binding / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / proteasome binding / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / ribonucleoprotein complex binding / 90S preribosome / proteasome complex / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / macroautophagy / cell cycle / protein catabolic process / rRNA processing / ribosome biogenesis / nuclear envelope / protein-macromolecule adaptor activity / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / RNA helicase activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / RNA helicase / structural constituent of ribosome / mRNA binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Sanghai, Z.A. / Miller, L. / Barandun, J. / Hunziker, M. / Chaker-Margot, M. / Klinge, S. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Modular assembly of the nucleolar pre-60S ribosomal subunit. 著者: Zahra Assur Sanghai / Linamarie Miller / Kelly R Molloy / Jonas Barandun / Mirjam Hunziker / Malik Chaker-Margot / Junjie Wang / Brian T Chait / Sebastian Klinge / ![]() 要旨: Early co-transcriptional events during eukaryotic ribosome assembly result in the formation of precursors of the small (40S) and large (60S) ribosomal subunits. A multitude of transient assembly ...Early co-transcriptional events during eukaryotic ribosome assembly result in the formation of precursors of the small (40S) and large (60S) ribosomal subunits. A multitude of transient assembly factors regulate and chaperone the systematic folding of pre-ribosomal RNA subdomains. However, owing to a lack of structural information, the role of these factors during early nucleolar 60S assembly is not fully understood. Here we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstructions of the nucleolar pre-60S ribosomal subunit in different conformational states at resolutions of up to 3.4 Å. These reconstructions reveal how steric hindrance and molecular mimicry are used to prevent both premature folding states and binding of later factors. This is accomplished by the concerted activity of 21 ribosome assembly factors that stabilize and remodel pre-ribosomal RNA and ribosomal proteins. Among these factors, three Brix-domain proteins and their binding partners form a ring-like structure at ribosomal RNA (rRNA) domain boundaries to support the architecture of the maturing particle. The existence of mutually exclusive conformations of these pre-60S particles suggests that the formation of the polypeptide exit tunnel is achieved through different folding pathways during subsequent stages of ribosome assembly. These structures rationalize previous genetic and biochemical data and highlight the mechanisms that drive eukaryotic ribosome assembly in a unidirectional manner. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 126
#1: RNA鎖 | 分子量: 1097477.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 1267176496 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 74308.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 1104417410 |
-Ribosome biogenesis protein ... , 6種, 6分子 Abdost
#4: タンパク質 | 分子量: 51982.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P53136*PLUS |
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#23: タンパク質 | 分子量: 33079.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q08235 |
#25: タンパク質 | 分子量: 39591.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 25499.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P53927 |
#37: タンパク質 | 分子量: 62860.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A6ZMA9, UniProt: Q04660 |
#38: タンパク質 | 分子量: 35210.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40693 |
+60S ribosomal protein ... , 22種, 22分子 CEFGLMNOPQSXYZcefghijk
-タンパク質 , 8種, 8分子 DIK7mnpz
#6: タンパク質 | 分子量: 35754.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A250WNS8, UniProt: P10962*PLUS |
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#10: タンパク質 | 分子量: 35184.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A250WKW9, UniProt: P38805*PLUS |
#11: タンパク質 | 分子量: 42596.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A250WL31, UniProt: P38779*PLUS |
#22: タンパク質 | 分子量: 26954.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40007 |
#33: タンパク質 | 分子量: 8698.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 69984.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P53261*PLUS |
#36: タンパク質 | 分子量: 56798.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A250WER3, UniProt: Q03532*PLUS, RNA helicase |
#40: タンパク質 | 分子量: 33250.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P35178 |
-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 3分子 x![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#39: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2400.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#41: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Yeast nucleolar pre-60S ribosomal subunit / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#40 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.56 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31419 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL |