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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bo4 | ||||||
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タイトル | Open state structure of the full-length TRPV2 cation channel with a resolved pore turret domain | ||||||
要素 | Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / channel / TRP / cation / open | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / endomembrane system / positive regulation of axon extension / monoatomic cation channel activity / axonal growth cone / calcium channel activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis ...growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / endomembrane system / positive regulation of axon extension / monoatomic cation channel activity / axonal growth cone / calcium channel activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / melanosome / lamellipodium / cell body / negative regulation of cell population proliferation / axon / cell surface / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Dosey, T.L. / Wang, Z. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Structures of TRPV2 in distinct conformations provide insight into role of the pore turret. 著者: Timothy L Dosey / Zhao Wang / Guizhen Fan / Zhixian Zhang / Irina I Serysheva / Wah Chiu / Theodore G Wensel / 要旨: Cation channels of the transient receptor potential (TRP) family serve important physiological roles by opening in response to diverse intra- and extracellular stimuli that regulate their lower or ...Cation channels of the transient receptor potential (TRP) family serve important physiological roles by opening in response to diverse intra- and extracellular stimuli that regulate their lower or upper gates. Despite extensive studies, the mechanism coupling these gates has remained obscure. Previous structures have failed to resolve extracellular loops, known in the TRPV subfamily as 'pore turrets', which are proximal to the upper gates. We established the importance of the pore turret through activity assays and by solving structures of rat TRPV2, both with and without an intact turret at resolutions of 4.0 Å and 3.6 Å, respectively. These structures resolve the full-length pore turret and reveal fully open and partially open states of TRPV2, both with unoccupied vanilloid pockets. Our results suggest a mechanism by which physiological signals, such as lipid binding, can regulate the lower gate and couple to the upper gate through a pore-turret-facilitated mechanism. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bo4.cif.gz | 422.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bo4.ent.gz | 336.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bo4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6bo4_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6bo4_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6bo4_validation.xml.gz | 70.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6bo4_validation.cif.gz | 106.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/6bo4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/6bo4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7118MC 7119C 6bo5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10247 (タイトル: TRPV2 ion channel gating through allosteric domain coupling revealed by cryo-EM Data size: 3.6 TB Data #1: TRPV2 WT with pore turret domain [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 79999.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Trpv2, Sac2b, Vrl1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9WUD2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TRPV2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: .320 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5457 / プラスミド: pYEPM |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 98 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 63 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 494689 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11789 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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