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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b5v | ||||||
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タイトル | Structure of TRPV5 in complex with econazole | ||||||
要素 | Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / TRPV5 / Econazole / Transient Receptor Potential Channel / Cryo-EM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of urine volume / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / calcium ion transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / apical plasma membrane / identical protein binding ...regulation of urine volume / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / calcium ion transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / apical plasma membrane / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | ||||||
データ登録者 | Hughes, T.E.T. / Lodowski, D.T. / Huynh, K.W. / Yazici, A. / del Rosario, J. / Kapoor, A. / Basak, S. / Samanta, A. / Chakrapani, S. / Zhou, Z.H. ...Hughes, T.E.T. / Lodowski, D.T. / Huynh, K.W. / Yazici, A. / del Rosario, J. / Kapoor, A. / Basak, S. / Samanta, A. / Chakrapani, S. / Zhou, Z.H. / Filizola, M. / Rohacs, T. / Han, S. / Moiseenkova-Bell, V.Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018 タイトル: Structural basis of TRPV5 channel inhibition by econazole revealed by cryo-EM. 著者: Taylor E T Hughes / David T Lodowski / Kevin W Huynh / Aysenur Yazici / John Del Rosario / Abhijeet Kapoor / Sandip Basak / Amrita Samanta / Xu Han / Sudha Chakrapani / Z Hong Zhou / Marta ...著者: Taylor E T Hughes / David T Lodowski / Kevin W Huynh / Aysenur Yazici / John Del Rosario / Abhijeet Kapoor / Sandip Basak / Amrita Samanta / Xu Han / Sudha Chakrapani / Z Hong Zhou / Marta Filizola / Tibor Rohacs / Seungil Han / Vera Y Moiseenkova-Bell / 要旨: The transient receptor potential vanilloid 5 (TRPV5) channel is a member of the transient receptor potential (TRP) channel family, which is highly selective for Ca, that is present primarily at the ...The transient receptor potential vanilloid 5 (TRPV5) channel is a member of the transient receptor potential (TRP) channel family, which is highly selective for Ca, that is present primarily at the apical membrane of distal tubule epithelial cells in the kidney and plays a key role in Ca reabsorption. Here we present the structure of the full-length rabbit TRPV5 channel as determined using cryo-EM in complex with its inhibitor econazole. This structure reveals that econazole resides in a hydrophobic pocket analogous to that occupied by phosphatidylinositides and vanilloids in TRPV1, thus suggesting conserved mechanisms for ligand recognition and lipid binding among TRPV channels. The econazole-bound TRPV5 structure adopts a closed conformation with a distinct lower gate that occludes Ca permeation through the channel. Structural comparisons between TRPV5 and other TRPV channels, complemented with molecular dynamics (MD) simulations of the econazole-bound TRPV5 structure, allowed us to gain mechanistic insight into TRPV5 channel inhibition by small molecules. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b5v.cif.gz | 422.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6b5v.ent.gz | 346.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6b5v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6b5v_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6b5v_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6b5v_validation.xml.gz | 71.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6b5v_validation.cif.gz | 104.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82899.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: Trpv5, Ecac1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5457 / 参照: UniProt: Q9XSM3 #2: 化合物 | ChemComp-ECL / #3: 化合物 | ChemComp-CA / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Full-length TRPV5 in complex with econazole / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5457 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 45455 X / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 2 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 3313 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_2870: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 925927 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50566 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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