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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5y6p | ||||||
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タイトル | Structure of the phycobilisome from the red alga Griffithsia pacifica | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / phycobilisome | ||||||
機能・相同性 | PHYCOCYANOBILIN / PHYCOERYTHROBILIN / PHYCOUROBILIN / PHYCOVIOLOBILIN 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Griffithsia pacifica (真核生物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, J. / Ma, J.F. / Liu, D.S. / Sun, S. / Sui, S.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Structure of phycobilisome from the red alga Griffithsia pacifica. 著者: Jun Zhang / Jianfei Ma / Desheng Liu / Song Qin / Shan Sun / Jindong Zhao / Sen-Fang Sui / 要旨: Life on Earth depends on photosynthesis for its conversion of solar energy to chemical energy. Photosynthetic organisms have developed a variety of light-harvesting systems to capture sunlight. The ...Life on Earth depends on photosynthesis for its conversion of solar energy to chemical energy. Photosynthetic organisms have developed a variety of light-harvesting systems to capture sunlight. The largest light-harvesting complex is the phycobilisome (PBS), the main light-harvesting antenna in cyanobacteria and red algae. It is composed of phycobiliproteins and linker proteins but the assembly mechanisms and energy transfer pathways of the PBS are not well understood. Here we report the structure of a 16.8-megadalton PBS from a red alga at 3.5 Å resolution obtained by single-particle cryo-electron microscopy. We modelled 862 protein subunits, including 4 linkers in the core, 16 rod-core linkers and 52 rod linkers, and located a total of 2,048 chromophores. This structure reveals the mechanisms underlying specific interactions between linkers and phycobiliproteins, and the formation of linker skeletons. These results provide a firm structural basis for our understanding of complex assembly and the mechanisms of energy transfer within the PBS. | ||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 5y6p.cif.gz | 28.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5y6p.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5y6p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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文書・要旨 | 5y6p_validation.pdf.gz | 190.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5y6p_full_validation.pdf.gz | 188.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5y6p_validation.xml.gz | 4.4 MB | 表示 | |
CIF形式データ | 5y6p_validation.cif.gz | 5.6 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/5y6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/5y6p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6769MC 6758C 6759C 6760C 6761C 6762C 6763C 6764C 6765C 6766C 6767C 6768C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
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-集合体
登録構造単位 | A1: LRC6 B1: LRC6 C1: LRC4 D1: LRC4 E1: LRC5 F1: LRC5 G1: alpha_APC H1: beta_APC I1: alpha_APC J1: beta_APC K1: alpha_APC L1: beta_APC M1: beta_APC N1: alpha_APC O1: beta_APC P1: alpha_APC Q1: ApcF R1: alpha_APC S1: beta_APC T1: alpha_APC U1: beta_APC V1: ApcD W1: beta_APC X1: alpha_APC Y1: beta_APC Z1: alpha_APC a1: beta_APC b1: alpha_APC c1: beta_APC d1: alpha_APC e1: beta_APC f1: alpha_APC g1: ApcF h1: beta_APC i1: alpha_APC j1: beta_APC k1: alpha_APC l1: beta_APC m1: ApcD n1: beta_APC o1: alpha_APC p1: beta_APC q1: alpha_APC r1: beta_APC s1: alpha_APC t1: beta_APC u1: alpha_APC v1: beta_APC w1: alpha_APC x1: beta_APC y1: alpha_APC z1: beta_APC a2: LCM b2: LCM c2: LC d2: LC e2: R-phycoerythrin alpha chain f2: R-phycoerythrin beta chain g2: R-phycoerythrin alpha chain h2: R-phycoerythrin beta chain i2: R-phycoerythrin alpha chain j2: R-phycoerythrin beta chain k2: R-phycoerythrin alpha chain l2: R-phycoerythrin beta chain m2: R-phycoerythrin alpha chain n2: R-phycoerythrin 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R-phycoerythrin beta chain eE: R-phycoerythrin alpha chain eF: R-phycoerythrin beta chain eG: R-phycoerythrin alpha chain eH: R-phycoerythrin beta chain eI: R-phycoerythrin alpha chain eJ: R-phycoerythrin beta chain eK: R-phycoerythrin alpha chain eL: R-phycoerythrin beta chain eM: R-phycoerythrin alpha chain eN: R-phycoerythrin beta chain eO: R-phycoerythrin alpha chain eP: R-phycoerythrin beta chain eQ: R-phycoerythrin alpha chain eR: R-phycoerythrin beta chain eS: R-phycoerythrin alpha chain eT: R-phycoerythrin beta chain eU: R-phycoerythrin alpha chain eV: R-phycoerythrin beta chain eW: R-phycoerythrin alpha chain eX: R-phycoerythrin beta chain eY: LR_gamma7 eZ: LR_gamma7 la: R-phycoerythrin alpha chain lb: R-phycoerythrin beta chain lc: R-phycoerythrin alpha chain ld: R-phycoerythrin beta chain le: R-phycoerythrin alpha chain lf: R-phycoerythrin beta chain lg: R-phycoerythrin alpha chain lh: R-phycoerythrin beta chain li: R-phycoerythrin alpha chain lj: R-phycoerythrin beta chain lk: R-phycoerythrin alpha chain ll: R-phycoerythrin beta chain lm: R-phycoerythrin alpha chain ln: R-phycoerythrin beta chain lo: R-phycoerythrin alpha chain lp: R-phycoerythrin beta chain lq: R-phycoerythrin alpha chain lr: R-phycoerythrin beta chain ls: R-phycoerythrin alpha chain lt: R-phycoerythrin beta chain lu: R-phycoerythrin alpha chain lv: R-phycoerythrin beta chain lw: R-phycoerythrin alpha chain lx: R-phycoerythrin beta chain ly: LR_gamma8 lz: LR_gamma8 fa: R-phycoerythrin beta chain fb: R-phycoerythrin alpha chain fc: R-phycoerythrin beta chain fd: LR2 fe: R-phycoerythrin alpha chain ff: R-phycoerythrin beta chain fg: R-phycoerythrin alpha chain fh: R-phycoerythrin alpha chain fi: R-phycoerythrin beta chain fj: R-phycoerythrin beta chain fk: R-phycoerythrin alpha chain fl: R-phycoerythrin alpha chain fm: R-phycoerythrin beta chain fn: R-phycoerythrin alpha chain fo: R-phycoerythrin beta chain fp: R-phycoerythrin alpha chain fq: R-phycoerythrin beta chain fr: R-phycoerythrin 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LR_gamma6 gz: LR_gamma6 hA: R-phycoerythrin alpha chain hB: R-phycoerythrin beta chain hC: R-phycoerythrin alpha chain hD: R-phycoerythrin beta chain hE: R-phycoerythrin alpha chain hF: R-phycoerythrin alpha chain hG: R-phycoerythrin beta chain hH: R-phycoerythrin beta chain hI: R-phycoerythrin alpha chain hJ: R-phycoerythrin beta chain hK: R-phycoerythrin alpha chain hL: R-phycoerythrin beta chain hM: R-phycoerythrin alpha chain hN: R-phycoerythrin beta chain hO: R-phycoerythrin alpha chain hP: R-phycoerythrin beta chain hQ: R-phycoerythrin alpha chain hR: R-phycoerythrin beta chain hS: R-phycoerythrin alpha chain hT: R-phycoerythrin beta chain hU: R-phycoerythrin alpha chain hV: R-phycoerythrin beta chain hW: R-phycoerythrin alpha chain hX: R-phycoerythrin beta chain hY: LR_gamma8 hZ: LR_gamma8 iA: R-phycoerythrin alpha chain iB: R-phycoerythrin alpha chain iC: R-phycoerythrin beta chain iD: R-phycoerythrin beta chain iE: R-phycoerythrin beta chain iF: R-phycoerythrin beta chain iG: R-phycoerythrin beta chain iH: R-phycoerythrin beta chain jI: R-phycoerythrin beta chain jJ: R-phycoerythrin beta chain jK: R-phycoerythrin beta chain jL: R-phycoerythrin beta chain jM: R-phycoerythrin beta chain jN: R-phycoerythrin beta chain jO: R-phycoerythrin beta chain jP: R-phycoerythrin beta chain kQ: R-phycoerythrin beta chain kR: R-phycoerythrin beta chain kS: R-phycoerythrin beta chain kT: R-phycoerythrin beta chain kU: R-phycoerythrin beta chain kV: R-phycoerythrin beta chain kW: R-phycoerythrin beta chain kX: R-phycoerythrin beta chain ka: LR9 kb: LR9 ヘテロ分子
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1 |
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-要素
+タンパク質 , 23種, 190分子 A1B1C1D1E1F1G1I1K1N1P1R1T1X1Z1b1d1f1i1k1o1q1s1u1w1y1H1J1L1M1...
#1: タンパク質 | 分子量: 27647.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #2: タンパク質 | 分子量: 20484.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #3: タンパク質 | 分子量: 33401.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #4: タンパク質 | 分子量: 17609.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #5: タンパク質 | 分子量: 17472.785 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #6: タンパク質 | 分子量: 19903.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #7: タンパク質 | 分子量: 18097.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #8: タンパク質 | 分子量: 100827.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #9: タンパク質 | 分子量: 10467.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #12: タンパク質 | 分子量: 34435.332 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #13: タンパク質 | 分子量: 52689.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #14: タンパク質 | 分子量: 30934.980 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #15: タンパク質 | 分子量: 27155.957 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #16: タンパク質 | 分子量: 40723.992 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #17: タンパク質 | 分子量: 17459.615 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #18: タンパク質 | 分子量: 18367.834 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #19: タンパク質 | 分子量: 57210.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #20: タンパク質 | 分子量: 38913.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #21: タンパク質 | 分子量: 30437.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #22: タンパク質 | 分子量: 37657.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #23: タンパク質 | 分子量: 38086.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #24: タンパク質 | 分子量: 32773.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #25: タンパク質 | 分子量: 38715.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) |
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-R-phycoerythrin ... , 2種, 672分子 e2g2i2k2m2o2q2s2u2w2y2E2G2I2K2M2O2Q2S2U2W2Y2A3C3E3G3I3K3M3O3...
#10: タンパク質 | 分子量: 17763.820 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) #11: タンパク質 | 分子量: 18496.031 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Griffithsia pacifica (真核生物) |
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-非ポリマー , 4種, 2048分子
#26: 化合物 | ChemComp-PEB / #27: 化合物 | ChemComp-CYC / #28: 化合物 | ChemComp-PUB / #29: 化合物 | ChemComp-PVN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: phycobilisome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#25 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 16.8 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Griffithsia pacifica (真核生物) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53403 / 対称性のタイプ: POINT |
+万見について
-お知らせ
-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました
EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました
- EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
- これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。
関連情報:EMDBヘッダ
-2020年8月12日: 新型コロナ情報
新型コロナ情報
URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php
新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。
関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ
+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ
新型コロナウイルスの構造データ
- 国際ウイルス分類委員会(ICTV)は、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の病原ウイルスの略称を「SARS-CoV-2」と決定しました。
- 万見で扱っている構造データベースでは、"COVID-19 virus"、"2019-nCoV"といった別称・仮称でも登録されています。こちらでウイルスの詳細と構造データの一覧を見られます。
関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報
+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更
EMDBのIDの桁数の変更
- EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
- EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。
関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記
+2017年7月12日: PDB大規模アップデート
PDB大規模アップデート
- 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
- 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
- このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
- EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。
外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。
-万見 (Yorodumi)
幾万の構造データを、幾万の視点から
- 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
- EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。
関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点