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- PDB-5x8p: Structure of the 70S chloroplast ribosome from spinach -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x8p
タイトルStructure of the 70S chloroplast ribosome from spinach
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 17
  • (50S ribosomal protein ...) x 18
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 4.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • protein L15
  • protein L17
  • protein L18
  • protein L27
  • protein L28
  • protein L29
  • protein L3
  • protein L6
  • protein L9
  • protein S10
  • protein S17
  • protein S20
  • protein S21
  • protein bTHXc
  • protein cL37
  • protein cL38
  • protein cS22
  • protein cS23
  • protein plastid pY
キーワードRIBOSOME / Cryo-EM / chloroplast ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast rRNA processing / plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / chloroplast envelope / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / chloroplast stroma / plastid / mitochondrial translation ...chloroplast rRNA processing / plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / chloroplast envelope / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / chloroplast stroma / plastid / mitochondrial translation / chloroplast thylakoid membrane / ribosomal small subunit binding / chloroplast / DNA-templated transcription termination / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein PSRP-3/Ycf65 / PSRP-3/Ycf65 superfamily / Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / : ...Ribosomal protein PSRP-3/Ycf65 / PSRP-3/Ycf65 superfamily / Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / : / : / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / : / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein S1-like / 30S ribosomal protein / S1 domain profile. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / Ribosomal protein S21 superfamily / S1 domain / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / RNA recognition motif domain / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / RNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3c / Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3c / Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Small ribosomal subunit protein cS22 / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein cL38 / Large ribosomal subunit protein bL28c / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein cS23 / Large ribosomal subunit protein bL17c / Small ribosomal subunit protein bTHXc / Large ribosomal subunit protein bL9c / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Large ribosomal subunit protein cL37 alpha / Large ribosomal subunit protein uL4c / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c / Small ribosomal subunit protein uS19c / Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy / Small ribosomal subunit protein uS2c / Large ribosomal subunit protein uL22c / Small ribosomal subunit protein uS3c / Large ribosomal subunit protein uL14c / Small ribosomal subunit protein uS8c / Large ribosomal subunit protein bL36c / Large ribosomal subunit protein uL13c / Small ribosomal subunit protein uS4c / Large ribosomal subunit protein uL16c / Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein bL35c / Large ribosomal subunit protein bL21c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein cL37 alpha / Large ribosomal subunit protein bL20c / Large ribosomal subunit protein bL32c / Large ribosomal subunit protein bL33c / Small ribosomal subunit protein bS16c / Small ribosomal subunit protein bS1c / Small ribosomal subunit protein bTHXc / Small ribosomal subunit protein uS12cz/uS12cy / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein uS7cz/uS7cy / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Small ribosomal subunit protein uS13c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL34c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Small ribosomal subunit protein cS22 / Small ribosomal subunit protein uS9c / Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Large ribosomal subunit protein cL38 / Small ribosomal subunit protein cS23 / Large ribosomal subunit protein bL19c / Large ribosomal subunit protein uL23c / Small ribosomal subunit protein uS15c / Small ribosomal subunit protein bS18c / Small ribosomal subunit protein uS5c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Ahmed, T. / Shi, J. / Bhushan, S.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
MOEAcRF Tier 1, 2014-T1-001-019 (RG32/14) シンガポール
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017
タイトル: Unique localization of the plastid-specific ribosomal proteins in the chloroplast ribosome small subunit provides mechanistic insights into the chloroplastic translation.
著者: Tofayel Ahmed / Jian Shi / Shashi Bhushan /
要旨: Chloroplastic translation is mediated by a bacterial-type 70S chloroplast ribosome. During the evolution, chloroplast ribosomes have acquired five plastid-specific ribosomal proteins or PSRPs (cS22, ...Chloroplastic translation is mediated by a bacterial-type 70S chloroplast ribosome. During the evolution, chloroplast ribosomes have acquired five plastid-specific ribosomal proteins or PSRPs (cS22, cS23, bTHXc, cL37 and cL38) which have been suggested to play important regulatory roles in translation. However, their exact locations on the chloroplast ribosome remain elusive due to lack of a high-resolution structure, hindering our progress to understand their possible roles. Here we present a cryo-EM structure of the 70S chloroplast ribosome from spinach resolved to 3.4 Å and focus our discussion mainly on the architecture of the 30S small subunit (SSU) which is resolved to 3.7 Å. cS22 localizes at the SSU foot where it seems to compensate for the deletions in 16S rRNA. The mRNA exit site is highly remodeled due to the presence of cS23 suggesting an alternative mode of translation initiation. bTHXc is positioned at the SSU head and appears to stabilize the intersubunit bridge B1b during thermal fluctuations. The translation factor plastid pY binds to the SSU on the intersubunit side and interacts with the conserved nucleotide bases involved in decoding. Most of the intersubunit bridges are conserved compared to the bacteria, except for a new bridge involving uL2c and bS6c.
履歴
登録2017年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年6月6日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software
Item: _em_image_scans.dimension_height / _em_image_scans.dimension_width / _em_software.name
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _cell.volume
改定 1.42024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6709
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic
2: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic
3: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic
4: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic
5: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic
6: protein cL37
7: protein cL38
B: 5S rRNA
C: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic
D: protein L3
E: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic
F: 50S ribosomal protein L5, chloroplastic
G: protein L6
H: protein L9
K: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic
L: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic
M: protein L15
N: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic
O: protein L17
P: protein L18
Q: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic
R: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic
S: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic
T: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
U: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic
V: 50S ribosomal protein L24, chloroplastic
W: 4.8S rRNA
X: protein L27
Y: protein L28
Z: protein L29
A: 23S rRNA
0: 50S ribosomal protein L31
b: 30S ribosomal protein S2, chloroplastic
c: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic
e: 30S ribosomal protein S5, chloroplastic
f: 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplastic
g: 30S ribosomal protein S7, chloroplastic
h: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic
i: 30S ribosomal protein S9, chloroplastic
j: protein S10
k: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic
l: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic
m: 30S ribosomal protein S13, chloroplastic
o: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic
p: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic
q: protein S17
r: 30S ribosomal protein S18, chloroplastic
s: 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplastic
t: protein S20
u: protein S21
y: protein plastid pY
a: 16S rRNA
w: protein cS23
d: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic
v: protein cS22
n: 30S ribosomal protein S14, chloroplastic
x: protein bTHXc
8: 30S ribosomal protein S1, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,360,32058
ポリマ－2,360,32058
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area289870 Å2
ΔGint-2371 kcal/mol
Surface area808630 Å2

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要素

-
50S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 12345CEFKLNQRSTUV0

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L32, chloroplastic


分子量: 6519.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28804
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L33, chloroplastic


分子量: 7536.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28805
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L34, chloroplastic / CL34


分子量: 6789.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82244
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L35, chloroplastic / CL35


分子量: 8459.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P23326
#5: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36, chloroplastic


分子量: 4414.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12230
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L2, chloroplastic / Ribosomal protein CS-L4


分子量: 29722.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06509
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L4, chloroplastic / R-protein L4


分子量: 27202.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: O49937
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L5, chloroplastic


分子量: 24248.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82192
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L13, chloroplastic / CL13


分子量: 22774.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12629
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L14, chloroplastic / Ribosomal protein CS-L29


分子量: 13484.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09596
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L16, chloroplastic / Ribosomal protein CS-L24


分子量: 15328.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P17353
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L19, chloroplastic / CL19


分子量: 17597.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82413
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L20, chloroplastic


分子量: 15594.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28803
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L21, chloroplastic / CL21 / CS-L7


分子量: 22793.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P24613
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L22, chloroplastic / Ribosomal protein CS-L13


分子量: 23292.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09594
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L23, chloroplastic / PRPL23


分子量: 13575.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9LWB5
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L24, chloroplastic / CL24


分子量: 16552.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P27683
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 10801.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R0R6, UniProt: P82249*PLUS

-
タンパク質 , 18種, 18分子 67DGHMOPXYZjqtuywv

#6: タンパク質 protein cL37


分子量: 15694.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9S2M7, UniProt: P27684*PLUS
#7: タンパク質 protein cL38


分子量: 12080.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RCH6, UniProt: P82411*PLUS
#10: タンパク質 protein L3


分子量: 24117.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QEC7, UniProt: P82191*PLUS
#13: タンパク質 protein L6


分子量: 20263.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R4N9, UniProt: P82193*PLUS
#14: タンパク質 protein L9


分子量: 17669.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RQ91, UniProt: P82180*PLUS
#17: タンパク質 protein L15


分子量: 20680.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QHT0, UniProt: P22798*PLUS
#19: タンパク質 protein L17


分子量: 13466.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RLJ4, UniProt: P82194*PLUS
#20: タンパク質 protein L18


分子量: 13801.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QQ60, UniProt: P82195*PLUS
#28: タンパク質 protein L27


分子量: 15326.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R4I2, UniProt: P82190*PLUS
#29: タンパク質 protein L28


分子量: 9016.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RD02, UniProt: P82245*PLUS
#30: タンパク質 protein L29


分子量: 12903.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R7W8, UniProt: P82248*PLUS
#40: タンパク質 protein S10


分子量: 13882.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RWE7, UniProt: P82162*PLUS
#46: タンパク質 protein S17


分子量: 12195.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RRR0, UniProt: P82137*PLUS
#49: タンパク質 protein S20


分子量: 12178.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
#50: タンパク質 protein S21


分子量: 16096.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RHF9, UniProt: P82024*PLUS
#51: タンパク質 protein plastid pY


分子量: 26851.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QHQ6, UniProt: P19954*PLUS
#53: タンパク質 protein cS23


分子量: 13808.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RJX3, UniProt: P82412*PLUS
#55: タンパク質 protein cS22


分子量: 21691.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R1W7, UniProt: P82277*PLUS

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 BWAa

#8: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 39014.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
#27: RNA鎖 4.8S rRNA / 4.5S ribosomal RNA


分子量: 34334.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 12299
#31: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 911344.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 7636084
#52: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 483466.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 7636084

-
30S ribosomal protein ... , 17種, 17分子 bcefghiklmoprsdn8

#33: タンパク質 30S ribosomal protein S2, chloroplastic


分子量: 26736.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P08242
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S3, chloroplastic


分子量: 24965.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09595
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S5, chloroplastic


分子量: 27696.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9ST69
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplastic


分子量: 16341.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82403
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S7, chloroplastic


分子量: 17378.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82129
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S8, chloroplastic


分子量: 15527.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09597
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S9, chloroplastic


分子量: 17092.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82278
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S11, chloroplastic


分子量: 14927.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06506
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S12, chloroplastic


分子量: 13794.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P62128
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S13, chloroplastic


分子量: 14418.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82163
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S15, chloroplastic


分子量: 10778.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9M3I4
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S16, chloroplastic


分子量: 10454.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28807
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S18, chloroplastic


分子量: 12079.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9M3K7
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplastic / CS-S23


分子量: 10632.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06508
#54: タンパク質 30S ribosomal protein S4, chloroplastic


分子量: 23454.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P13788
#56: タンパク質 30S ribosomal protein S14, chloroplastic


分子量: 11809.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06507
#58: タンパク質 30S ribosomal protein S1, chloroplastic / CS1


分子量: 40472.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P29344

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 x

#57: タンパク質・ペプチド protein bTHXc


分子量: 5188.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RMU8, UniProt: P47910*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Chloroplast 70S ribosome from spinachRIBOSOMEall0NATURAL
2chloroplast ribosome 50S large subunitCOMPLEX#1-#30, #57-#581NATURAL
3chloroplast ribosome 30S small subunitCOMPLEX#31-#561NATURAL
分子量値: 1.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Spinacia oleracea (ホウレンソウ)3562
31Spinacia oleracea (ホウレンソウ)3562
緩衝液pH: 7.6
詳細: 20 mM Tris HCl, pH 7.6, 100 mM KCl, 10 mM MgOAc, 100 mM sucrose, 7 mM 2-mercaptoethanol, 1 unit/ml RNase inhibitor, 0.1% protease inhibitor
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 倍率（補正後）: 133333 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Calibrated defocus min: 400 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1.5 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3161
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMAN2粒子像選択
4CTFFIND3CTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 187946
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81305 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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