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- PDB-5vkq: Structure of a mechanotransduction ion channel Drosophila NOMPC i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vkq
タイトルStructure of a mechanotransduction ion channel Drosophila NOMPC in nanodisc
要素No mechanoreceptor potential C isoform L
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Mechanotransduction Ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


: / sensory perception of touch / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / mechanosensory behavior / response to auditory stimulus / sensory perception of mechanical stimulus / cation channel complex / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / locomotion ...: / sensory perception of touch / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / mechanosensory behavior / response to auditory stimulus / sensory perception of mechanical stimulus / cation channel complex / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / locomotion / ankyrin binding / startle response / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / sensory perception of sound / calcium channel activity / cilium / cellular response to mechanical stimulus / calcium ion transport / monoatomic ion channel activity / neuronal cell body / dendrite
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3447 / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / No mechanoreceptor potential C isoform L
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Jin, P. / Bulkley, D. / Guo, Y. / Zhang, W. / Guo, Z. / Huynh, W. / Wu, S. / Meltzer, S. / Chen, T. / Jan, L.Y. ...Jin, P. / Bulkley, D. / Guo, Y. / Zhang, W. / Guo, Z. / Huynh, W. / Wu, S. / Meltzer, S. / Chen, T. / Jan, L.Y. / Jan, Y.-N. / Cheng, Y.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM098672 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD020054 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS069229 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)5R37NS040929 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1R35NS097227 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM098672 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD020054 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Electron cryo-microscopy structure of the mechanotransduction channel NOMPC.
著者: Peng Jin / David Bulkley / Yanmeng Guo / Wei Zhang / Zhenhao Guo / Walter Huynh / Shenping Wu / Shan Meltzer / Tong Cheng / Lily Yeh Jan / Yuh-Nung Jan / Yifan Cheng /
要旨: Mechanosensory transduction for senses such as proprioception, touch, balance, acceleration, hearing and pain relies on mechanotransduction channels, which convert mechanical stimuli into electrical ...Mechanosensory transduction for senses such as proprioception, touch, balance, acceleration, hearing and pain relies on mechanotransduction channels, which convert mechanical stimuli into electrical signals in specialized sensory cells. How force gates mechanotransduction channels is a central question in the field, for which there are two major models. One is the membrane-tension model: force applied to the membrane generates a change in membrane tension that is sufficient to gate the channel, as in the bacterial MscL channel and certain eukaryotic potassium channels. The other is the tether model: force is transmitted via a tether to gate the channel. The transient receptor potential (TRP) channel NOMPC is important for mechanosensation-related behaviours such as locomotion, touch and sound sensation across different species including Caenorhabditis elegans, Drosophila and zebrafish. NOMPC is the founding member of the TRPN subfamily, and is thought to be gated by tethering of its ankyrin repeat domain to microtubules of the cytoskeleton. Thus, a goal of studying NOMPC is to reveal the underlying mechanism of force-induced gating, which could serve as a paradigm of the tether model. NOMPC fulfils all the criteria that apply to mechanotransduction channels and has 29 ankyrin repeats, the largest number among TRP channels. A key question is how the long ankyrin repeat domain is organized as a tether that can trigger channel gating. Here we present a de novo atomic structure of Drosophila NOMPC determined by single-particle electron cryo-microscopy. Structural analysis suggests that the ankyrin repeat domain of NOMPC resembles a helical spring, suggesting its role of linking mechanical displacement of the cytoskeleton to the opening of the channel. The NOMPC architecture underscores the basis of translating mechanical force into an electrical signal within a cell.
履歴
登録2017年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.22017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: em_sample_support / em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_sample_support.grid_type / _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.62019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.72024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8702
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: No mechanoreceptor potential C isoform L
B: No mechanoreceptor potential C isoform L
C: No mechanoreceptor potential C isoform L
D: No mechanoreceptor potential C isoform L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)779,40436
ポリマ－755,9154
非ポリマー23,48932
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area53410 Å2
ΔGint-453 kcal/mol
Surface area245430 Å2

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要素

#1: タンパク質
No mechanoreceptor potential C isoform L / No mechanoreceptor potential C / isoform E


分子量: 188978.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: nompC, CG11020, Dmel_CG11020 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E0A9E1
#2: 化合物...
ChemComp-PCF / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tetrameric channel / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.754893 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293
緩衝液pH: 8.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMBicineC6H13NO41
2500 mMSaltNaCl1
31 mMEDTAC10H16N2O81
試料濃度: 3.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: sample solubilized in nanodisc
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 92 % / 凍結前の試料温度: 20 K
詳細: 2.5 sec blot, -1 offset, whatman #1 filter paper on front side, plastic on back side

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 31000 X / 倍率（補正後）: 41132 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1500 nm / Calibrated defocus min: -1400 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: -3300 nm / Cs: 2.1 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN HCHST 3008 SINGLE TILT HIGH RESOLUTION HELIUM COOLING HOLDER
最高温度: 83 K / 最低温度: 83 K
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 54 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1873
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 2-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
2SerialEM3.4画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.8.7モデルフィッティング
9RELION1.4初期オイラー角割当
10RELION1.4最終オイラー角割当
11RELION1.4分類
12RELION1.4３次元再構成
13PHENIXdev-2608モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 190879
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 175314 / クラス平均像の数: 5 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 125.7 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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