+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tsj | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Thermus thermophilus V/A-ATPase bound to VH dAbs | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | membrane protein / hydrolase / V/A-ATPase / complex / antibody | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism ...proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATPase binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Thermus thermophilus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Davies, R.B. / Smits, C. / Wong, A.S.W. / Stock, D. / Sandin, S. / Stewart, A.G. | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM analysis of a domain antibody bound rotary ATPase complex. 著者: Roberta B Davies / Callum Smits / Andrew S W Wong / Daniela Stock / Mary Christie / Sara Sandin / Alastair G Stewart / 要旨: The bacterial A/V-type ATPase/synthase rotary motor couples ATP hydrolysis/synthesis with proton translocation across biological membranes. The A/V-type ATPase/synthase from Thermus thermophilus has ...The bacterial A/V-type ATPase/synthase rotary motor couples ATP hydrolysis/synthesis with proton translocation across biological membranes. The A/V-type ATPase/synthase from Thermus thermophilus has been extensively studied both structurally and functionally for many years. Here we provide an 8.7Å resolution cryo-electron microscopy 3D reconstruction of this complex bound to single-domain antibody fragments, small monomeric antibodies containing just the variable heavy domain. Docking of known structures into the density revealed the molecular orientation of the domain antibodies, suggesting that structure determination of co-domain antibody:protein complexes could be a useful avenue for unstable or smaller proteins. Although previous studies suggested that the presence of fluoroaluminate in this complex could change the rotary state of this enzyme, we observed no gross structural rearrangements under these conditions. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tsj.cif.gz | 729.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5tsj.ent.gz | 449.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tsj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5tsj_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5tsj_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5tsj_validation.xml.gz | 118.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5tsj_validation.cif.gz | 210 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/5tsj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/5tsj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-V-type ATP synthase ... , 6種, 11分子 ABCDEFGHKLM
#1: タンパク質 | 分子量: 63628.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q56403, H+-transporting two-sector ATPase #2: タンパク質 | 分子量: 50850.738 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q72J73, UniProt: Q56404*PLUS #3: タンパク質 | 分子量: 20481.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P74901 #5: タンパク質 | | 分子量: 23350.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q72J74, UniProt: O87880*PLUS #6: タンパク質 | | 分子量: 10824.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P74903 #7: タンパク質 | | 分子量: 35968.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P74902 |
---|
-タンパク質 , 3種, 15分子 IJNOPQRSTUVWXYZ
#4: タンパク質 | 分子量: 11752.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: H9ZQR3, UniProt: Q5SIT5*PLUS #8: タンパク質 | | 分子量: 72272.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: H9ZQR4, UniProt: Q5SIT6*PLUS #9: タンパク質 | 分子量: 9841.714 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P74900, UniProt: Q5SIT7*PLUS |
---|
-抗体 , 1種, 2分子 12
#10: 抗体 | 分子量: 16345.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Thermus thermophilus V/A-ATPase bound to VH dAbs / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 13.8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61045 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |