+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5n8n | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Contracted sheath of a Pseudomonas aeruginosa type six secretion system consisting of TssB1 and TssC1 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / type six secretion system | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Type VI secretion system TssC-like / TssC1, N-terminal / TssC1, C-terminal / EvpB/VC_A0108, tail sheath N-terminal domain / EvpB/VC_A0108, tail sheath gpW/gp25-like domain / Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å | ||||||
データ登録者 | Salih, O. / He, S. / Stach, L. / Macdonald, J.T. / Planamente, S. / Manoli, E. / Scheres, S. / Filloux, A. / Freemont, P.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Atomic Structure of Type VI Contractile Sheath from Pseudomonas aeruginosa. 著者: Osman Salih / Shaoda He / Sara Planamente / Lasse Stach / James T MacDonald / Eleni Manoli / Sjors H W Scheres / Alain Filloux / Paul S Freemont / 要旨: Pseudomonas aeruginosa has three type VI secretion systems (T6SSs), H1-, H2-, and H3-T6SS, each belonging to a distinct group. The two T6SS components, TssB/VipA and TssC/VipB, assemble to form ...Pseudomonas aeruginosa has three type VI secretion systems (T6SSs), H1-, H2-, and H3-T6SS, each belonging to a distinct group. The two T6SS components, TssB/VipA and TssC/VipB, assemble to form tubules that conserve structural/functional homology with tail sheaths of contractile bacteriophages and pyocins. Here, we used cryoelectron microscopy to solve the structure of the H1-T6SS P. aeruginosa TssB1C1 sheath at 3.3 Å resolution. Our structure allowed us to resolve some features of the T6SS sheath that were not resolved in the Vibrio cholerae VipAB and Francisella tularensis IglAB structures. Comparison with sheath structures from other contractile machines, including T4 phage and R-type pyocins, provides a better understanding of how these systems have conserved similar functions/mechanisms despite evolution. We used the P. aeruginosa R2 pyocin as a structural template to build an atomic model of the TssB1C1 sheath in its extended conformation, allowing us to propose a coiled-spring-like mechanism for T6SS sheath contraction. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5n8n.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5n8n.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5n8n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5n8n_validation.pdf.gz | 808 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5n8n_full_validation.pdf.gz | 854.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5n8n_validation.xml.gz | 197.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5n8n_validation.cif.gz | 314.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n8n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14634.741 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: AO964_32215, PAERUG_E15_London_28_01_14_04448, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_02574, PAMH19_0082 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZG09, UniProt: Q9I749*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 51721.125 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: U769_00445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E1AL03, UniProt: Q9I748*PLUS |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 9 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 27.7 ° / 軸方向距離/サブユニット: 20.2 Å / らせん対称軸の対称性: C1 |
3次元再構成 | 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 71264 / 対称性のタイプ: HELICAL |