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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mpc | ||||||||||||
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タイトル | 26S proteasome in presence of BeFx (s4) | ||||||||||||
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![]() | HYDROLASE / Macromolecular complex / 26S proteasome / Protease | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() SAGA complex localization to transcription regulatory region / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Metalloprotease DUBs / peroxisome fission / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / proteasome storage granule assembly / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription export complex 2 / proteasome regulatory particle assembly / protein deneddylation ...SAGA complex localization to transcription regulatory region / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Metalloprotease DUBs / peroxisome fission / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / proteasome storage granule assembly / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription export complex 2 / proteasome regulatory particle assembly / protein deneddylation / nonfunctional rRNA decay / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / COP9 signalosome / proteasome regulatory particle / cytosolic proteasome complex / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / protein-containing complex localization / proteasome-activating activity / mitochondrial fission / metal-dependent deubiquitinase activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / peptide catabolic process / proteasome binding / regulation of protein catabolic process / Orc1 removal from chromatin / protein deubiquitination / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Ub-specific processing proteases / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / mRNA export from nucleus / regulation of proteasomal protein catabolic process / enzyme regulator activity / ERAD pathway / protein folding chaperone / Neutrophil degranulation / proteasome complex / ubiquitin binding / nucleotide-excision repair / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of protein catabolic process / metallopeptidase activity / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / molecular adaptor activity / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / protein domain specific binding / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å | ||||||||||||
![]() | Wehmer, M. / Rudack, T. / Beck, F. / Aufderheide, A. / Pfeifer, G. / Plitzko, J.M. / Foerster, F. / Schulten, K. / Baumeister, W. / Sakata, E. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the functional cycle of the ATPase module of the 26S proteasome. 著者: Marc Wehmer / Till Rudack / Florian Beck / Antje Aufderheide / Günter Pfeifer / Jürgen M Plitzko / Friedrich Förster / Klaus Schulten / Wolfgang Baumeister / Eri Sakata / ![]() ![]() ![]() 要旨: In eukaryotic cells, the ubiquitin-proteasome system (UPS) is responsible for the regulated degradation of intracellular proteins. The 26S holocomplex comprises the core particle (CP), where ...In eukaryotic cells, the ubiquitin-proteasome system (UPS) is responsible for the regulated degradation of intracellular proteins. The 26S holocomplex comprises the core particle (CP), where proteolysis takes place, and one or two regulatory particles (RPs). The base of the RP is formed by a heterohexameric AAA ATPase module, which unfolds and translocates substrates into the CP. Applying single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) and image classification to samples in the presence of different nucleotides and nucleotide analogs, we were able to observe four distinct conformational states (s1 to s4). The resolution of the four conformers allowed for the construction of atomic models of the AAA ATPase module as it progresses through the functional cycle. In a hitherto unobserved state (s4), the gate controlling access to the CP is open. The structures described in this study allow us to put forward a model for the 26S functional cycle driven by ATP hydrolysis. | ||||||||||||
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 362.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 560.8 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3537MC ![]() 3534C ![]() 3535C ![]() 3536C ![]() 5mp9C ![]() 5mpaC ![]() 5mpbC ![]() 5mpdC ![]() 5mpeC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 12分子 aAbBcCdDeEfF
#1: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex #3: タンパク質 | 分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex #4: タンパク質 | 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex #5: タンパク質 | 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #6: タンパク質 | 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex |
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-タンパク質 , 3種, 4分子 gGLY
#7: タンパク質 | 分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex #18: タンパク質 | | 分子量: 49480.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P53549 #25: タンパク質 | | 分子量: 10397.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O94742 |
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-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 h1i2j3k4l5m6n7
#8: タンパク質 | 分子量: 23573.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 28299.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #10: タンパク質 | 分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex #11: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #12: タンパク質 | 分子量: 31670.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #13: タンパク質 | 分子量: 26905.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #14: タンパク質 | 分子量: 29471.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex |
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-26S protease regulatory subunit ... , 5種, 5分子 HIKMJ
#15: タンパク質 | 分子量: 52054.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P33299 |
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#16: タンパク質 | 分子量: 48898.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40327 |
#17: タンパク質 | 分子量: 47953.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P33298 |
#19: タンパク質 | 分子量: 48315.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P33297 |
#20: タンパク質 | 分子量: 45342.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q01939 |
-26S proteasome regulatory subunit ... , 11種, 11分子 WTXZNSPQRUO
#21: タンパク質 | 分子量: 29776.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P38886 |
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#23: タンパク質 | 分子量: 31952.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P32496 |
#24: タンパク質 | 分子量: 17919.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O13563 |
#26: タンパク質 | 分子量: 109601.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P38764 |
#27: タンパク質 | 分子量: 104351.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P32565 |
#28: タンパク質 | 分子量: 60464.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40016 |
#29: タンパク質 | 分子量: 51840.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q12250 |
#30: タンパク質 | 分子量: 49839.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q12377 |
#31: タンパク質 | 分子量: 49016.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q06103 |
#32: タンパク質 | 分子量: 38365.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q08723 |
#33: タンパク質 | 分子量: 45839.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q04062 |
-Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase ... , 2種, 2分子 V8
#22: タンパク質 | 分子量: 34442.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P43588, ubiquitinyl hydrolase 1 |
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#34: タンパク質 | 分子量: 57188.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P43593, ubiquitinyl hydrolase 1 |
-非ポリマー , 3種, 12分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#35: 化合物 | ChemComp-ATP / #36: 化合物 | ChemComp-MG / #37: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 26S proteasome of Saccharomyces cerevisiae in presence of BeFx (s4) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#34 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.7 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 7 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27600 / 対称性のタイプ: POINT |