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万見
- PDB-5mm2: nora virus structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mm2
タイトルnora virus structure
要素
  • Capsid protein VP4A
  • capsid protein VP4B
  • capsid protein VP4C
キーワードVIRUS / nora virus / cryo-em / single particle analysis / capsid
機能・相同性viral capsid / Capsid protein / ORF4 polyprotein
機能・相同性情報
生物種Nora virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Laurinmaki, P. / Shakeel, S. / Ekstrom, J.-O. / Butcher, S.J.
資金援助 フィンランド, 3件
組織認可番号国
Academy of Finland139178 フィンランド
Academy of Finland275199 フィンランド
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structure of Nora virus at 2.7 Å resolution and implications for receptor binding, capsid stability and taxonomy.
著者: Pasi Laurinmäki / Shabih Shakeel / Jens-Ola Ekström / Pezhman Mohammadi / Dan Hultmark / Sarah J Butcher /
要旨: Nora virus, a virus of Drosophila, encapsidates one of the largest single-stranded RNA virus genomes known. Its taxonomic affinity is uncertain as it has a picornavirus-like cassette of enzymes for ...Nora virus, a virus of Drosophila, encapsidates one of the largest single-stranded RNA virus genomes known. Its taxonomic affinity is uncertain as it has a picornavirus-like cassette of enzymes for virus replication, but the capsid structure was at the time for genome publication unknown. By solving the structure of the virus, and through sequence comparison, we clear up this taxonomic ambiguity in the invertebrate RNA virosphere. Despite the lack of detectable similarity in the amino acid sequences, the 2.7 Å resolution cryoEM map showed Nora virus to have T = 1 symmetry with the characteristic capsid protein β-barrels found in all the viruses in the Picornavirales order. Strikingly, α-helical bundles formed from the extended C-termini of capsid protein VP4B and VP4C protrude from the capsid surface. They are similar to signalling molecule folds and implicated in virus entry. Unlike other viruses of Picornavirales, no intra-pentamer stabilizing annulus was seen, instead the intra-pentamer stability comes from the interaction of VP4C and VP4B N-termini. Finally, intertwining of the N-termini of two-fold symmetry-related VP4A capsid proteins and RNA, provides inter-pentamer stability. Based on its distinct structural elements and the genetic distance to other picorna-like viruses we propose that Nora virus, and a small group of related viruses, should have its own family within the order Picornavirales.
履歴
登録2016年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: capsid protein VP4C
B: capsid protein VP4B
C: Capsid protein VP4A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4453
ポリマ－102,4453
非ポリマー00
水00
1
A: capsid protein VP4C
B: capsid protein VP4B
C: Capsid protein VP4A
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,146,695180
ポリマ－6,146,695180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
point symmetry operation59
Buried area8290 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area40730 Å2
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 capsid protein VP4C


分子量: 45258.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nora virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q27YG7
#2: タンパク質 capsid protein VP4B


分子量: 28166.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nora virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q27YG7
#3: タンパク質 Capsid protein VP4A


分子量: 29019.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nora virus (ウイルス) / 参照: UniProt: D2WFA0

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Nora virus / タイプ: VIRUS
詳細: Drosophila Nora virus strain Umea 2007 was derived from an infectious cDNA clone (accession GQ257737).
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Nora virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Drosophila (ハエ) / プラスミド: pRmHa-3
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Drosophila melanogaster
ウイルス殻三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10mM Tris-HCl pH 7.4.
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 47170 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3516
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1ETHAN1.2粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.0.16CTF補正
7Coot0.8.1モデルフィッティング
9Coot0.8.1モデル精密化
10PHENIXdev-2067-000モデル精密化
11RELION1.4初期オイラー角割当
12RELION1.4最終オイラー角割当
13RELION1.4分類
14RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 30313
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16131 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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