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- PDB-5mdf: The structure of the mature HIV-1 CA hexameric lattice with curva... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mdf
タイトルThe structure of the mature HIV-1 CA hexameric lattice with curvature parameters: tilt=23, twist=-6
要素(Gag protein) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / retrovirus / HIV-1 / capsid / lattice curvature
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / viral process / viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding ...viral budding via host ESCRT complex / viral process / viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag protein / Gag protein / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å
データ登録者Mattei, S. / Glass, B. / Hagen, W.J.H. / Kraeusslich, H.-G. / Briggs, J.A.G.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationBR 3635/2-1 ドイツ
German Research FoundationKR 906/7-1 ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: The structure and flexibility of conical HIV-1 capsids determined within intact virions.
著者: Simone Mattei / Bärbel Glass / Wim J H Hagen / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /
要旨: HIV-1 contains a cone-shaped capsid encasing the viral genome. This capsid is thought to follow fullerene geometry-a curved hexameric lattice of the capsid protein, CA, closed by incorporating 12 CA ...HIV-1 contains a cone-shaped capsid encasing the viral genome. This capsid is thought to follow fullerene geometry-a curved hexameric lattice of the capsid protein, CA, closed by incorporating 12 CA pentamers. Current models for core structure are based on crystallography of hexameric and cross-linked pentameric CA, electron microscopy of tubular CA arrays, and simulations. Here, we report subnanometer-resolution cryo-electron tomography structures of hexameric and pentameric CA within intact HIV-1 particles. Whereas the hexamer structure is compatible with crystallography studies, the pentamer forms using different interfaces. Determining multiple structures revealed how CA flexes to form the variably curved core shell. We show that HIV-1 CA assembles both aberrant and perfect fullerene cones, supporting models in which conical cores assemble de novo after maturation.
履歴
登録2016年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: em_3d_fitting / em_imaging_optics ...em_3d_fitting / em_imaging_optics / em_sample_support / em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_imaging_optics.energyfilter_name ..._em_3d_fitting.target_criteria / _em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_sample_support.grid_type / _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3484
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3484
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag protein
B: Gag protein
F: Gag protein
W: Gag protein
a: Gag protein
b: Gag protein
f: Gag protein
C: Gag protein
D: Gag protein
E: Gag protein
G: Gag protein
H: Gag protein
I: Gag protein
J: Gag protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,77514
ポリマ－164,77514
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Gag protein


分子量: 8370.568 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株: MT-4 / 参照: UniProt: A0A0K0V8J8, UniProt: Q72497*PLUS
#2: タンパク質
Gag protein


分子量: 16301.689 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株: MT-4 / 参照: UniProt: E9MJT0, UniProt: Q72497*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: VIRUS
詳細: HIV-1 particles were produced by infection of MT-4 cells with HIV-1 strain NL43 by coculture.
Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分名称: PBS
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Viral particles were purified from cell culture supernatant by iodixanol gradient centrifugation.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 292 K
詳細: 10nm colloidal gold was added to the sample prior to plunge freezing

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Nanoprobe
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 6500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 2.2 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 5

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4IMODCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
12AV3最終オイラー角割当
13TOM Toolbox最終オイラー角割当
15AV3３次元再構成
16TOM Toolbox３次元再構成
画像処理詳細: Frames were aligned using MotionCorr. Tilts in a tilt series were exposure filtered for cumulative electron dose. Tomograms were reconstructed using IMOD.
CTF補正詳細: CTF correction was performed using the ctfphaseflip program in IMOD prior to backprojection.
タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11998
詳細: The final reconstruction is obtained by averaging, without further alignment, subtomograms that were selected based on the local curvature of the hexameric lattice. This reconstruction has ...詳細: The final reconstruction is obtained by averaging, without further alignment, subtomograms that were selected based on the local curvature of the hexameric lattice. This reconstruction has hexamer-hexamer curvature parameters: tilt=23, twist=-6.
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection詳細: Subtomograms were extracted along the manually rendered core surface of each viral particle.
Num. of tomograms: 103 / Num. of volumes extracted: 652618 / Reference model: reference free
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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