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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5md0 | |||||||||
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タイトル | The structure of the mature HIV-1 CA hexameric lattice with curvature parameters: tilt=5, twist=6 | |||||||||
![]() | (Capsid protein p24) x 2 | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / retrovirus / HIV-1 / capsid / lattice curvature | |||||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding via host ESCRT complex / viral process / viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.4 Å | |||||||||
![]() | Mattei, S. / Glass, B. / Hagen, W.J.H. / Kraeusslich, H.-G. / Briggs, J.A.G. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure and flexibility of conical HIV-1 capsids determined within intact virions. 著者: Simone Mattei / Bärbel Glass / Wim J H Hagen / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs / ![]() 要旨: HIV-1 contains a cone-shaped capsid encasing the viral genome. This capsid is thought to follow fullerene geometry-a curved hexameric lattice of the capsid protein, CA, closed by incorporating 12 CA ...HIV-1 contains a cone-shaped capsid encasing the viral genome. This capsid is thought to follow fullerene geometry-a curved hexameric lattice of the capsid protein, CA, closed by incorporating 12 CA pentamers. Current models for core structure are based on crystallography of hexameric and cross-linked pentameric CA, electron microscopy of tubular CA arrays, and simulations. Here, we report subnanometer-resolution cryo-electron tomography structures of hexameric and pentameric CA within intact HIV-1 particles. Whereas the hexamer structure is compatible with crystallography studies, the pentamer forms using different interfaces. Determining multiple structures revealed how CA flexes to form the variably curved core shell. We show that HIV-1 CA assembles both aberrant and perfect fullerene cones, supporting models in which conical cores assemble de novo after maturation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 179.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 109.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3468MC ![]() 3464C ![]() 3465C ![]() 3466C ![]() 3467C ![]() 3469C ![]() 3470C ![]() 3471C ![]() 3472C ![]() 3473C ![]() 3474C ![]() 3475C ![]() 3477C ![]() 3478C ![]() 3479C ![]() 3480C ![]() 3481C ![]() 3482C ![]() 3483C ![]() 3484C ![]() 3485C ![]() 5mcxC ![]() 5mcyC ![]() 5mczC ![]() 5md1C ![]() 5md2C ![]() 5md3C ![]() 5md4C ![]() 5md5C ![]() 5md6C ![]() 5md7C ![]() 5md8C ![]() 5md9C ![]() 5mdaC ![]() 5mdbC ![]() 5mdcC ![]() 5mddC ![]() 5mdeC ![]() 5mdfC ![]() 5mdgC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8370.568 Da / 分子数: 8 / 断片: C-terminal domain, UNP residues 141-214 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 細胞株: MT-4 / 株: NL43 / 参照: UniProt: A0A0K0V8J8, UniProt: Q72497*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 16301.689 Da / 分子数: 6 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 123-269 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 細胞株: MT-4 / 株: NL43 / 参照: UniProt: E9MJT0, UniProt: Q72497*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: VIRUS 詳細: HIV-1 particles were produced by infection of MT-4 cells with HIV-1 strain NL43 by coculture. Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
緩衝液 | pH: 7.4 |
緩衝液成分 | 名称: PBS |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Viral particles were purified from cell culture supernatant by iodixanol gradient centrifugation. |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 292 K 詳細: 10nm colloidal gold was added to the sample prior to plunge freezing |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Nanoprobe |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 6500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 2.2 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV |
画像スキャン | 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 5 |
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解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Frames were aligned using MotionCorr. Tilts in a tilt series were exposure filtered for cumulative electron dose. Tomograms were reconstructed using IMOD. | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: CTF correction was performed using the ctfphaseflip program in IMOD prior to backprojection. タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 8.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13083 詳細: The final reconstruction is obtained by averaging, without further alignment, subtomograms that were selected based on the local curvature of the hexameric lattice. This reconstruction has ...詳細: The final reconstruction is obtained by averaging, without further alignment, subtomograms that were selected based on the local curvature of the hexameric lattice. This reconstruction has hexamer-hexamer curvature parameters: tilt=5, twist=6. クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | 詳細: Subtomograms were extracted along the manually rendered core surface of each viral particle. Num. of tomograms: 103 / Num. of volumes extracted: 652618 / Reference model: reference free | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient |