+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lkh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the Tc toxin TcdA1 in its pore state (obtained by flexible fitting) | ||||||
![]() | TcdA1 | ||||||
![]() | TOXIN / nanodisc / injection / pore-forming | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | ||||||
![]() | Gatsogiannis, C. / Merino, F. / Prumbaum, D. / Roderer, D. / Leidreiter, F. / Meusch, D. / Raunser, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Membrane insertion of a Tc toxin in near-atomic detail. 著者: Christos Gatsogiannis / Felipe Merino / Daniel Prumbaum / Daniel Roderer / Franziska Leidreiter / Dominic Meusch / Stefan Raunser / ![]() 要旨: Tc toxins from pathogenic bacteria use a special syringe-like mechanism to perforate the host cell membrane and inject a deadly enzyme into the host cytosol. The molecular mechanism of this unusual ...Tc toxins from pathogenic bacteria use a special syringe-like mechanism to perforate the host cell membrane and inject a deadly enzyme into the host cytosol. The molecular mechanism of this unusual injection system is poorly understood. Using electron cryomicroscopy, we determined the structure of TcdA1 from Photorhabdus luminescens embedded in lipid nanodiscs. In our structure, compared with the previous structure of TcdA1 in the prepore state, the transmembrane helices rearrange in the membrane and open the initially closed pore. However, the helices do not span the complete membrane; instead, the loops connecting the helices form the rim of the funnel. Lipid head groups reach into the space between the loops and consequently stabilize the pore conformation. The linker domain is folded and packed into a pocket formed by the other domains of the toxin, thereby considerably contributing to stabilization of the pore state. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 931.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 702.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 884.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 200.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 283.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 283229.406 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tcdA, tcdA1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Structure of TcdA1 in pore state, determined in lipid nanodiscs タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 1.4 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 11 | ||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Cs corrected microscope |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 15.4 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 1957 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 7 |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 30061 / 詳細: particles were picked manually | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13000 詳細: The density was filtered to its local resolution using localfilt (SPARX) and Remap. Although the density map has an average resolution of 3.46 A, the present rough model was obtained by ...詳細: The density was filtered to its local resolution using localfilt (SPARX) and Remap. Although the density map has an average resolution of 3.46 A, the present rough model was obtained by flexible fitting within local densities of <9 A resolution. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT 詳細: Pseudoatomic model was obtained by flexible fitting after initial rigid body fitting of individual domains in Chimera. |