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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ku0 | ||||||
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タイトル | expanded poliovirus in complex with VHH 17B | ||||||
要素 |
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キーワード | Virus/Immune System / poliovirus / VHH / nanobody / 80S / expanded / single domain antibody / Virus-Immune System complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / channel activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) Poliovirus type 1 (ポリオウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å | ||||||
データ登録者 | Strauss, M. / Schotte, L. / Filman, D.J. / Hogle, J.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2017 タイトル: Cryo-electron Microscopy Structures of Expanded Poliovirus with VHHs Sample the Conformational Repertoire of the Expanded State. 著者: Mike Strauss / Lise Schotte / Krishanthi S Karunatilaka / David J Filman / James M Hogle / 要旨: By using cryo-electron microscopy, expanded 80S-like poliovirus virions (poliovirions) were visualized in complexes with four 80S-specific camelid VHHs (Nanobodies). In all four complexes, the VHHs ...By using cryo-electron microscopy, expanded 80S-like poliovirus virions (poliovirions) were visualized in complexes with four 80S-specific camelid VHHs (Nanobodies). In all four complexes, the VHHs bind to a site on the top surface of the capsid protein VP3, which is hidden in the native virus. Interestingly, although the four VHHs bind to the same site, the structures of the expanded virus differ in detail in each complex, suggesting that each of the Nanobodies has sampled a range of low-energy structures available to the expanded virion. By stabilizing unique structures of expanded virions, VHH binding permitted a more detailed view of the virus structure than was previously possible, leading to a better understanding of the expansion process that is a critical step in infection. It is now clear which polypeptide chains become disordered and which become rearranged. The higher resolution of these structures also revealed well-ordered conformations for the EF loop of VP2, the GH loop of VP3, and the N-terminal extensions of VP1 and VP2, which, in retrospect, were present in lower-resolution structures but not recognized. These structural observations help to explain preexisting mutational data and provide insights into several other stages of the poliovirus life cycle, including the mechanism of receptor-triggered virus expansion. IMPORTANCE: When poliovirus infects a cell, it undergoes a change in its structure in order to pass RNA through its protein coat, but this altered state is short-lived and thus poorly understood. The ...IMPORTANCE: When poliovirus infects a cell, it undergoes a change in its structure in order to pass RNA through its protein coat, but this altered state is short-lived and thus poorly understood. The structures of poliovirus bound to single-domain antibodies presented here capture the altered virus in what appear to be intermediate states. A careful analysis of these structures lets us better understand the molecular mechanism of infection and how these changes in the virus lead to productive-infection events. | ||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDB形式 | pdb5ku0.ent.gz | 118.3 KB | 表示 | PDB形式 |
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文書・詳細版 | 5ku0_full_validation.pdf.gz | 891.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ku0_validation.xml.gz | 32.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ku0_validation.cif.gz | 46.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/5ku0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/5ku0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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登録構造単位 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25291.594 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP reisdues 636-858 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Poliovirus type 1 (strain Mahoney) (ポリオウイルス) 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 29677.301 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 70-338 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Poliovirus type 1 (strain Mahoney) (ポリオウイルス) 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300 |
#3: タンパク質 | 分子量: 25777.613 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 342-571 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Poliovirus type 1 (strain Mahoney) (ポリオウイルス) 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300 |
#4: 抗体 | 分子量: 13262.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: expanded poliovirus in complex with VHH 17B / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 9 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Poliovirus type 1 (strain Mahoney) (ポリオウイルス) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 濃度: 0.45 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0151 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17654 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / 詳細: using both Fourier amplitudes and phases | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 4.2→98.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.758 / SU B: 87.301 / SU ML: 1.061 / ESU R: 0.95 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.819 Å2
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拘束条件 |
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