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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jb3 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initiation complex in the P-REMOTE conformation | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation reinitiation / protein-synthesizing GTPase / formation of translation preinitiation complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation ...translation reinitiation / protein-synthesizing GTPase / formation of translation preinitiation complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.34 Å | ||||||
データ登録者 | Coureux, P.-D. / Schmitt, E. / Mechulam, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Cryo-EM study of start codon selection during archaeal translation initiation. 著者: Pierre-Damien Coureux / Christine Lazennec-Schurdevin / Auriane Monestier / Eric Larquet / Lionel Cladière / Bruno P Klaholz / Emmanuelle Schmitt / Yves Mechulam / 要旨: Eukaryotic and archaeal translation initiation complexes have a common structural core comprising e/aIF1, e/aIF1A, the ternary complex (TC, e/aIF2-GTP-Met-tRNA) and mRNA bound to the small ribosomal ...Eukaryotic and archaeal translation initiation complexes have a common structural core comprising e/aIF1, e/aIF1A, the ternary complex (TC, e/aIF2-GTP-Met-tRNA) and mRNA bound to the small ribosomal subunit. e/aIF2 plays a crucial role in this process but how this factor controls start codon selection remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of the full archaeal 30S initiation complex showing two conformational states of the TC. In the first state, the TC is bound to the ribosome in a relaxed conformation with the tRNA oriented out of the P site. In the second state, the tRNA is accommodated within the peptidyl (P) site and the TC becomes constrained. This constraint is compensated by codon/anticodon base pairing, whereas in the absence of a start codon, aIF2 contributes to swing out the tRNA. This spring force concept highlights a mechanism of codon/anticodon probing by the initiator tRNA directly assisted by aIF2. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jb3.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jb3.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jb3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5jb3_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5jb3_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5jb3_validation.xml.gz | 173.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5jb3_validation.cif.gz | 277 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/5jb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/5jb3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 245
#1: RNA鎖 | 分子量: 493106.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: 16S model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: GenBank: 5457433 |
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#30: RNA鎖 | 分子量: 24488.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: tRNA model from Sulfolobus solfataricus (PDB code 3V11) used for fitting 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / Variant: A1U72 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#31: RNA鎖 | 分子量: 8394.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) |
+30S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 MNQRABVWZDEFGIJCLOPSTUXYHK0
-タンパク質 , 3種, 3分子 316
#18: タンパク質 | 分子量: 13414.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: 50S ribosomal protein L7AE model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: P62008, UniProt: Q8U160*PLUS |
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#32: タンパク質 | 分子量: 11621.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 遺伝子: MJ0463 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57902*PLUS |
#33: タンパク質 | 分子量: 13078.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 遺伝子: eIF1A, aif1A, PYRAB05910, PAB2441 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V138 |
-Translation initiation factor 2 subunit ... , 3種, 3分子 789
#34: タンパク質 | 分子量: 45849.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: aIF2-gamma model from Sulfolobus solfataricus (PDB code 3V11) used for fitting 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 遺伝子: eif2g, SSO0412 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q980A5*PLUS |
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#35: タンパク質 | 分子量: 15942.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: aIF2-beta model from Sulfolobus solfataricus (PDB code 3V11) used for fitting 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 遺伝子: eif2b, aif2b, SSO2381 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97W59*PLUS |
#36: タンパク質 | 分子量: 30432.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: aIF2-alpha model from Sulfolobus solfataricus (PDB code 3V11) used for fitting 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 遺伝子: eif2a, aif2a, SSO1050 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97Z79*PLUS |
-非ポリマー , 4種, 4分子
#37: 化合物 | ChemComp-MET / |
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#38: 化合物 | ChemComp-MG / |
#39: 化合物 | ChemComp-GNP / |
#40: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
Has protein modification | Y |
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配列の詳細 | the pyrococcus furiosus model of the 30S subunit was fitted in the electron density map of the 30S ...the pyrococcus furiosus model of the 30S subunit was fitted in the electron density map of the 30S subunit from pyrococcus abyssi. This explain the alignment mismatches |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 30S archaeal translation initiation complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#36 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.982 MDa / 実験値: YES |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 44 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 5.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12600 / 対称性のタイプ: POINT |