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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5j0n | ||||||
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タイトル | Lambda excision HJ intermediate | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / HYDROLASE/DNA / bacteriophage lambda / excision / site-specific recombination / Holliday junction / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IHF-DNA complex / provirus excision / integrase activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / structural constituent of chromatin / chromosome ...IHF-DNA complex / provirus excision / integrase activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / structural constituent of chromatin / chromosome / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / regulation of translation / transferase activity / DNA recombination / transcription cis-regulatory region binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / symbiont entry into host cell / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage lambda (λファージ) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11 Å | ||||||
データ登録者 | Van Duyne, G. / Grigorieff, N. / Landy, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2016 タイトル: Structure of a Holliday junction complex reveals mechanisms governing a highly regulated DNA transaction. 著者: Gurunathan Laxmikanthan / Chen Xu / Axel F Brilot / David Warren / Lindsay Steele / Nicole Seah / Wenjun Tong / Nikolaus Grigorieff / Arthur Landy / Gregory D Van Duyne / 要旨: The molecular machinery responsible for DNA expression, recombination, and compaction has been difficult to visualize as functionally complete entities due to their combinatorial and structural ...The molecular machinery responsible for DNA expression, recombination, and compaction has been difficult to visualize as functionally complete entities due to their combinatorial and structural complexity. We report here the structure of the intact functional assembly responsible for regulating and executing a site-specific DNA recombination reaction. The assembly is a 240-bp Holliday junction (HJ) bound specifically by 11 protein subunits. This higher-order complex is a key intermediate in the tightly regulated pathway for the excision of bacteriophage λ viral DNA out of the E. coli host chromosome, an extensively studied paradigmatic model system for the regulated rearrangement of DNA. Our results provide a structural basis for pre-existing data describing the excisive and integrative recombination pathways, and they help explain their regulation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5j0n.cif.gz | 631.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5j0n.ent.gz | 492.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5j0n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5j0n_validation.pdf.gz | 821.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5j0n_full_validation.pdf.gz | 892.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5j0n_validation.xml.gz | 65.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5j0n_validation.cif.gz | 100.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/5j0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/5j0n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3400MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10065 (タイトル: Lambda excision HJ intermediate / Data size: 4.0 Data #1: Particle stack and Frealign parameter file [picked particles - multiframe - processed]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA鎖 , 4種, 4分子 ABCD
#1: DNA鎖 | 分子量: 60790.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 1 由来: (合成) Enterobacteria phage lambda (λファージ) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 42883.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 1 由来: (合成) Enterobacteria phage lambda (λファージ) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 12607.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 1 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 30552.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 1 由来: (合成) Enterobacteria phage lambda (λファージ) |
-タンパク質 , 2種, 7分子 EFGHMNO
#5: タンパク質 | 分子量: 40373.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ) 遺伝子: int / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03700, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #8: タンパク質 | 分子量: 6793.799 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ) 遺伝子: xis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03699 |
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-Integration host factor subunit ... , 2種, 4分子 IKJL
#6: タンパク質 | 分子量: 10998.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ihfA, himA, ECS88_1763 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MAS3, UniProt: P0A6X7*PLUS #7: タンパク質 | 分子量: 10671.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ihfB, himD, ECS88_0940 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MHM1, UniProt: P0A6Y1*PLUS |
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-詳細
配列の詳細 | Chains F, G, and H include 20-residue linkers with essentially arbitrary conformations that were ...Chains F, G, and H include 20-residue linkers with essentially arbitrary conformations that were not determined experimentally. These linkers are retained in the model to aid in visualization of domain connectivity. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Lambda excision HJ intermediate / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was lightly crosslinked. | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Glow discharge with EMITECH K100X / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 298 K 詳細: 10 second blot followed by plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II). |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 78000 X / 倍率(補正後): 100000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4150 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2600 nm / Calibrated defocus min: 1627 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 4793 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER 最高温度: 90 K / 最低温度: 90 K |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 35.5 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1359 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Built-in correction in Frealign v9 / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 66033 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10956 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: MLHL / 詳細: Highly restrained DEN refinement in CNS |