+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hnw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural basis of backwards motion in kinesin-14: minus-end directed nKn664 in the AMPPNP state | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / kinesin / kinesin-14 / microtubule / ATPase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=3 icosahedral viral capsid / positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of translation / mitotic cell cycle / nervous system development ...T=3 icosahedral viral capsid / positive regulation of axon guidance / microtubule-based process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of translation / mitotic cell cycle / nervous system development / microtubule / protein heterodimerization activity / GTPase activity / GTP binding / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) Rattus norvegicus (ドブネズミ) Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å | ||||||
データ登録者 | Shigematsu, H. / Yokoyama, T. / Kikkawa, M. / Shirouzu, M. / Nitta, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2016 タイトル: Structural Basis of Backwards Motion in Kinesin-1-Kinesin-14 Chimera: Implication for Kinesin-14 Motility. 著者: Masahiko Yamagishi / Hideki Shigematsu / Takeshi Yokoyama / Masahide Kikkawa / Mitsuhiro Sugawa / Mari Aoki / Mikako Shirouzu / Junichiro Yajima / Ryo Nitta / 要旨: Kinesin-14 is a unique minus-end-directed microtubule-based motor. A swinging motion of a class-specific N-terminal neck helix has been proposed to produce minus-end directionality. However, it is ...Kinesin-14 is a unique minus-end-directed microtubule-based motor. A swinging motion of a class-specific N-terminal neck helix has been proposed to produce minus-end directionality. However, it is unclear how swinging of the neck helix is driven by ATP hydrolysis utilizing the highly conserved catalytic core among all kinesins. Here, using a motility assay, we show that in addition to the neck helix, the conserved five residues at the C-terminal region in kinesin-14, namely the neck mimic, are necessary to give kinesin-1 an ability to reverse its directionality toward the minus end of microtubules. Our structural analyses further demonstrate that the C-terminal neck mimic, in cooperation with conformational changes in the catalytic core during ATP binding, forms a kinesin-14 bundle with the N-terminal neck helix to swing toward the minus end of microtubules. Thus, the neck mimic plays a crucial role in coupling the chemical ATPase reaction with the mechanical cycle to produce the minus-end-directed motility of kinesin-14. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hnw.cif.gz | 245.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5hnw.ent.gz | 188 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hnw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5hnw_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5hnw_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5hnw_validation.xml.gz | 59 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5hnw_validation.cif.gz | 83.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/5hnw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/5hnw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABK
#1: タンパク質 | 分子量: 49976.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 49776.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856 |
#3: タンパク質 | 分子量: 41620.250 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 325-348, 664-700 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) 遺伝子: ncd, CA(ND), CG7831 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20480 |
-非ポリマー , 5種, 6分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GTP / | #6: 化合物 | ChemComp-GDP / | #7: 化合物 | ChemComp-TA1 / | #8: 化合物 | ChemComp-ANP / | |
---|
-詳細
Has protein modification | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -25.719666 ° / 軸方向距離/サブユニット: 8.648646 Å / らせん対称軸の対称性: C1 |
3次元再構成 | 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 229516 / 詳細: High-resolution noise substitution was performed / 対称性のタイプ: HELICAL |
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |