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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gar | ||||||
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タイトル | Thermus thermophilus V/A-ATPase, conformation 1 | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / V/A-ATPase / V-ATPase / A-ATPase / Thermus thermophilus / rotary ATPase / membrane protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å | ||||||
データ登録者 | Schep, D.G. / Zhao, J. / Rubinstein, J.L. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016 タイトル: Models for the a subunits of the Thermus thermophilus V/A-ATPase and Saccharomyces cerevisiae V-ATPase enzymes by cryo-EM and evolutionary covariance. 著者: Daniel G Schep / Jianhua Zhao / John L Rubinstein / 要旨: Rotary ATPases couple ATP synthesis or hydrolysis to proton translocation across a membrane. However, understanding proton translocation has been hampered by a lack of structural information for the ...Rotary ATPases couple ATP synthesis or hydrolysis to proton translocation across a membrane. However, understanding proton translocation has been hampered by a lack of structural information for the membrane-embedded a subunit. The V/A-ATPase from the eubacterium Thermus thermophilus is similar in structure to the eukaryotic V-ATPase but has a simpler subunit composition and functions in vivo to synthesize ATP rather than pump protons. We determined the T. thermophilus V/A-ATPase structure by cryo-EM at 6.4 Å resolution. Evolutionary covariance analysis allowed tracing of the a subunit sequence within the map, providing a complete model of the rotary ATPase. Comparing the membrane-embedded regions of the T. thermophilus V/A-ATPase and eukaryotic V-ATPase from Saccharomyces cerevisiae allowed identification of the α-helices that belong to the a subunit and revealed the existence of previously unknown subunits in the eukaryotic enzyme. Subsequent evolutionary covariance analysis enabled construction of a model of the a subunit in the S. cerevisae V-ATPase that explains numerous biochemical studies of that enzyme. Comparing the two a subunit structures determined here with a structure of the distantly related a subunit from the bovine F-type ATP synthase revealed a conserved pattern of residues, suggesting a common mechanism for proton transport in all rotary ATPases. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gar.cif.gz | 696 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gar.ent.gz | 427.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gar.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5gar_validation.pdf.gz | 863 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5gar_full_validation.pdf.gz | 887.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5gar_validation.xml.gz | 110.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5gar_validation.cif.gz | 196 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/5gar ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/5gar | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-V-type ATP synthase ... , 6種, 11分子 ABCDEFGHKLM
#1: タンパク質 | 分子量: 63628.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: AH8 / 参照: UniProt: Q56403, H+-transporting two-sector ATPase #2: タンパク質 | 分子量: 50850.738 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: AH8 / 参照: UniProt: Q72J73, UniProt: Q56404*PLUS #3: タンパク質 | 分子量: 20481.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: AH8 / 参照: UniProt: P74901 #5: タンパク質 | | 分子量: 23350.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: AH8 / 参照: UniProt: Q72J74, UniProt: O87880*PLUS #6: タンパク質 | | 分子量: 10824.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: AH8 / 参照: UniProt: P74903 #7: タンパク質 | | 分子量: 35968.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: AH8 / 参照: UniProt: P74902 |
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-タンパク質 , 3種, 15分子 IJNOPQRSTUVWXYZ
#4: タンパク質 | 分子量: 11752.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: AH8 / 参照: UniProt: Q72J66, UniProt: Q5SIT5*PLUS #8: タンパク質 | | 分子量: 72272.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: AH8 / 参照: UniProt: H9ZQR4 #9: タンパク質 | 分子量: 9841.714 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: AH8 / 参照: UniProt: P74900, UniProt: Q5SIT7*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Intact Thermus thermophilus V/A-ATPase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: AH8 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: Homemade nanofabricated 400 mesh copper/rhodium grid グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade nanofabricated |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: Plunged into liquid ethane/propane (FEI VITROBOT MARK III). |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 34483 X / 最大 デフォーカス(公称値): 6000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 30 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 35.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 12 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 197178 / 対称性のタイプ: POINT |