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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bki | ||||||
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タイトル | Blocker-free closed MthK channel in nanodisc | ||||||
要素 | Calcium-gated potassium channel MthK | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ion channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Fan, C. / Nimigean, C.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024 タイトル: Calcium-gated potassium channel blockade via membrane-facing fenestrations. 著者: Chen Fan / Emelie Flood / Nattakan Sukomon / Shubhangi Agarwal / Toby W Allen / Crina M Nimigean / 要旨: Quaternary ammonium blockers were previously shown to bind in the pore to block both open and closed conformations of large-conductance calcium-activated potassium (BK and MthK) channels. Because ...Quaternary ammonium blockers were previously shown to bind in the pore to block both open and closed conformations of large-conductance calcium-activated potassium (BK and MthK) channels. Because blocker entry was assumed through the intracellular entryway (bundle crossing), closed-pore access suggested that the gate was not at the bundle crossing. Structures of closed MthK, a Methanobacterium thermoautotrophicum homolog of BK channels, revealed a tightly constricted intracellular gate, leading us to investigate the membrane-facing fenestrations as alternative pathways for blocker access directly from the membrane. Atomistic free energy simulations showed that intracellular blockers indeed access the pore through the fenestrations, and a mutant channel with narrower fenestrations displayed no closed-state TPeA block at concentrations that blocked the wild-type channel. Apo BK channels display similar fenestrations, suggesting that blockers may use them as access paths into closed channels. Thus, membrane fenestrations represent a non-canonical pathway for selective targeting of specific channel conformations, opening novel ways to selectively drug BK channels. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5bki.cif.gz | 374.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5bki.ent.gz | 306.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5bki.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5bki_validation.pdf.gz | 929.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5bki_full_validation.pdf.gz | 946.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5bki_validation.xml.gz | 60.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5bki_validation.cif.gz | 80.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/5bki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/5bki | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9405MC 9406C 9407C 5bkjC 5bkkC 8djbC 8fz7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37356.160 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: mthK, MTH_1520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27564 #2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 化合物 | ChemComp-PGW / ( #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: MthK in nanodisc / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 51.53 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40536 / 対称性のタイプ: POINT |