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万見
- PDB-5a3e: 2.5A structure of lysozyme determined by MicroED with data from a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a3e
タイトル2.5A structure of lysozyme determined by MicroED with data from a single crystal
要素LYSOZYME C
キーワードHYDROLASE / MICROED
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Nannenga, B.L. / Shi, D. / Leslie, A.G.W. / Gonen, T.
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2014
タイトル: High-resolution structure determination by continuous-rotation data collection in MicroED.
著者: Brent L Nannenga / Dan Shi / Andrew G W Leslie / Tamir Gonen /
要旨: MicroED uses very small three-dimensional protein crystals and electron diffraction for structure determination. We present an improved data collection protocol for MicroED called 'continuous ...MicroED uses very small three-dimensional protein crystals and electron diffraction for structure determination. We present an improved data collection protocol for MicroED called 'continuous rotation'. Microcrystals are continuously rotated during data collection, yielding more accurate data. The method enables data processing with the crystallographic software tool MOSFLM, which resulted in improved resolution for the model protein lysozyme. These improvements are paving the way for the broad implementation and application of MicroED in structural biology.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Other
改定 1.22024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation / em_image_scans / em_single_particle_entity / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6342
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6342
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3311
ポリマ－14,3311
非ポリマー00
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.890, 75.890, 36.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 LYSOZYME C / 1 / 4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE C / ALLERGEN GAL D IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: EGG WHITES / 由来: (天然) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学 / 使用した結晶の数: 1
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Lysozyme / タイプ: COMPLEX
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
結晶化pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION
撮影フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD
回折平均測定温度: 100 K
検出器日付: 2014年2月5日
放射散乱光タイプ: electron
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→11.2 Å / Num. obs: 3116 / % possible obs: 80.1 % / 冗長度: 3.4 %
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.292 / % possible all: 80.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASERモデル構築
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
3次元再構成対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3J6K

3j6k


解像度: 2.501→11.189 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 21.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 142 4.6 %
Rwork0.2131 --
obs0.2152 3115 78.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→11.189 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数992 0 0 10 1002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.0031016
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d0.6871368
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d12.347361
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.03142
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.004179
LS精密化 シェル解像度: 2.5006→11.1887 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 142 -
Rwork0.2131 2973 -
obs--78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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