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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v6q | |||||||||||||||
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タイトル | Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 5 of the six classes) | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / cryoelectron microscopy / molecular dynamics flexible fitting / ratchet-like rotation | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / ribosomal large subunit assembly / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Agirrezabala, X. / Liao, H. / Schreiner, E. / Fu, J. / Ortiz-Meoz, R.F. / Schulten, K. / Green, R. / Frank, J. | |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012 タイトル: Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates. 著者: Xabier Agirrezabala / Hstau Y Liao / Eduard Schreiner / Jie Fu / Rodrigo F Ortiz-Meoz / Klaus Schulten / Rachel Green / Joachim Frank / 要旨: Cryo-EM analysis of a wild-type Escherichia coli pretranslocational sample has revealed the presence of previously unseen intermediate substates of the bacterial ribosome during the first phase of ...Cryo-EM analysis of a wild-type Escherichia coli pretranslocational sample has revealed the presence of previously unseen intermediate substates of the bacterial ribosome during the first phase of translocation, characterized by intermediate intersubunit rotations, L1 stalk positions, and tRNA configurations. Furthermore, we describe the domain rearrangements in quantitative terms, which has allowed us to characterize the processivity and coordination of the conformational reorganization of the ribosome, along with the associated changes in tRNA ribosome-binding configuration. The results are consistent with the view of the ribosome as a molecular machine employing Brownian motion to reach a functionally productive state via a series of substates with incremental changes in conformation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 4v6q.cif.gz | 3.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v6q.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4v6q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
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文書・要旨 | 4v6q_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4v6q_full_validation.pdf.gz | 5.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4v6q_validation.xml.gz | 639.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4v6q_validation.cif.gz | 903.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/4v6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/4v6q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5363MC 5359C 5360C 5361C 5362C 5364C 4v6nC 4v6oC 4v6pC 4v6rC 4v6sC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 6種, 6分子 AAABACADBABB
#1: RNA鎖 | 分子量: 499874.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 83754040 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 24642.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
#3: RNA鎖 | 分子量: 15036.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
#4: RNA鎖 | 分子量: 24832.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
#25: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 33357928 |
#26: RNA鎖 | 分子量: 941813.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 33357927 |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 AEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAX
#5: タンパク質 | 分子量: 26650.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 25900.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3 |
#7: タンパク質 | 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8 |
#8: タンパク質 | 分子量: 17498.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1 |
#9: タンパク質 | 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358 |
#10: タンパク質 | 分子量: 19923.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359 |
#11: タンパク質 | 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7 |
#12: タンパク質 | 分子量: 14755.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3 |
#13: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5 |
#14: タンパク質 | 分子量: 13739.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9 |
#15: タンパク質 | 分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3 |
#16: タンパク質 | 分子量: 12997.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9 |
#17: タンパク質 | 分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59 |
#18: タンパク質 | 分子量: 10188.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X9M2 |
#19: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9593.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63 |
#21: タンパク質 | 分子量: 8874.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7 |
#22: タンパク質 | 分子量: 10324.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3 |
#23: タンパク質 | 分子量: 9577.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7 |
#24: タンパク質 | 分子量: 8392.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679 |
+50S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 BCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZB0B1B2B3B4B5B6B7
-非ポリマー , 2種, 2分子
#59: 化合物 | ChemComp-TRP / |
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#60: 化合物 | ChemComp-FME / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Trp-tRNA-EFTu-GDP-kir-70S ribosome / タイプ: RIBOSOME / 詳細: with A and P site tRNAs |
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分子量 | 値: 2.8 MDa / 実験値: NO |
緩衝液 | 名称: HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2) pH: 7.5 詳細: HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2) |
試料 | 濃度: 0.03 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: 200 mesh / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: NITROGEN / Temp: 80 K / 湿度: 90 % 詳細: Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot) 手法: blot for 3 seconds |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2011年5月1日 詳細: automated data collection system AutoEMation (CCD mag. 100000x) |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 58269 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.26 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: OTHER / 資料ホルダタイプ: cartridge / 温度: 80.7 K / 最高温度: 80.7 K / 最低温度: 80.7 K |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Volumes were CTF-corrected in defocus groups | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 11.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 40000 / ピクセルサイズ(実測値): 1.5 Å / 倍率補正: 50000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: RMSD, cross correlation 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--Molecular Dynamics based flexible fitting | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2I2U 2i2u Accession code: 2I2U / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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