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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d2u | ||||||
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タイトル | Negative-stain electron microscopy of E. coli ClpB (BAP form bound to ClpP) | ||||||
要素 | CHAPERONE PROTEIN CLPB | ||||||
キーワード | CHAPERONE / DISAGGREGASE / WILD TYPE / COILED-COIL DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to heat / response to heat / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17 Å | ||||||
データ登録者 | Carroni, M. / Kummer, E. / Oguchi, Y. / Clare, D.K. / Wendler, P. / Sinning, I. / Kopp, J. / Mogk, A. / Bukau, B. / Saibil, H.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2014 タイトル: Head-to-tail interactions of the coiled-coil domains regulate ClpB activity and cooperation with Hsp70 in protein disaggregation. 著者: Marta Carroni / Eva Kummer / Yuki Oguchi / Petra Wendler / Daniel K Clare / Irmgard Sinning / Jürgen Kopp / Axel Mogk / Bernd Bukau / Helen R Saibil / 要旨: The hexameric AAA+ chaperone ClpB reactivates aggregated proteins in cooperation with the Hsp70 system. Essential for disaggregation, the ClpB middle domain (MD) is a coiled-coil propeller that binds ...The hexameric AAA+ chaperone ClpB reactivates aggregated proteins in cooperation with the Hsp70 system. Essential for disaggregation, the ClpB middle domain (MD) is a coiled-coil propeller that binds Hsp70. Although the ClpB subunit structure is known, positioning of the MD in the hexamer and its mechanism of action are unclear. We obtained electron microscopy (EM) structures of the BAP variant of ClpB that binds the protease ClpP, clearly revealing MD density on the surface of the ClpB ring. Mutant analysis and asymmetric reconstructions show that MDs adopt diverse positions in a single ClpB hexamer. Adjacent, horizontally oriented MDs form head-to-tail contacts and repress ClpB activity by preventing Hsp70 interaction. Tilting of the MD breaks this contact, allowing Hsp70 binding, and releasing the contact in adjacent subunits. Our data suggest a wavelike activation of ClpB subunits around the ring.DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.02481.001. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4d2u.cif.gz | 573.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4d2u.ent.gz | 336.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4d2u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/4d2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/4d2u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2557MC 2555C 2556C 2558C 2559C 2560C 2561C 2562C 2563C 4ciuC 4d2qC 4d2xC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 96835.086 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THE PROTEIN IS ENGINEERED TO BIND TO CLPP. / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PDS56 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC4100 / 参照: UniProt: P63284 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: BAP FORM OF CLPB WITH ATPGS / タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.03 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: uranyl acetate |
試料支持 | 詳細: CARBON |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2012年3月7日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 68000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2 mm |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 220 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: PHASE FLIPPING ENTIRE FRAME | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: ANGULAR RECONSTITUTION AND PROJECTION MATCHING / 解像度: 17 Å / 粒子像の数: 11568 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2557. (DEPOSITION ID: 12240). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 詳細: METHOD--RIGID BODY | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 17 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 17 Å
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