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万見
- PDB-4cy4: The Cryo-Electron Microscopy Structure of the CorA channel from M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cy4
タイトルThe Cryo-Electron Microscopy Structure of the CorA channel from Methanocaldococcus jannaschii at 21.6 Angstrom in low magnesium.
要素MAGNESIUM TRANSPORT PROTEIN CORA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MAGNESIUM ION CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / magnesium ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Magnesium/cobalt transport protein CorA / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA-like Mg2+ transporter protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Cobalt/magnesium transport protein CorA
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.6 Å
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN A, B, C, D, E
データ登録者Cleverley, R.M. / Kean, J. / Shintre, C.A. / Baldock, C. / Derrick, J.P. / Ford, R.C. / Prince, S.M.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta / 年: 2015
タイトル: The Cryo-EM structure of the CorA channel from Methanocaldococcus jannaschii in low magnesium conditions.
著者: Robert M Cleverley / James Kean / Chitra A Shintre / Clair Baldock / Jeremy P Derrick / Robert C Ford / Stephen M Prince /
要旨: CorA channels are responsible for the uptake of essential magnesium ions by bacteria. X-ray crystal structures have been resolved for two full-length CorA channels, each in a non-conducting state ...CorA channels are responsible for the uptake of essential magnesium ions by bacteria. X-ray crystal structures have been resolved for two full-length CorA channels, each in a non-conducting state with magnesium ions bound to the protein: These structures reveal a homo-pentameric quaternary structure with approximate 5-fold rotational symmetry about a central pore axis. We report the structure of the detergent solubilized Methanocaldococcus jannaschii CorA channel determined by Cryo-Electron Microscopy and Single Particle Averaging, supported by Small Angle X-ray Scattering and X-ray crystallography. This structure also shows a pentameric channel but with a highly asymmetric domain structure. The asymmetry of the domains includes differential separations between the trans-membrane segments, which reflects mechanical coupling of the cytoplasmic domain to the trans-membrane domain. This structure therefore reveals an important aspect of the gating mechanism of CorA channels by providing an indication of how the absence of magnesium ions leads to major structural changes.
履歴
登録2014年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Database references
改定 1.32017年8月30日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / em_software
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2626
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAGNESIUM TRANSPORT PROTEIN CORA
B: MAGNESIUM TRANSPORT PROTEIN CORA
C: MAGNESIUM TRANSPORT PROTEIN CORA
D: MAGNESIUM TRANSPORT PROTEIN CORA
E: MAGNESIUM TRANSPORT PROTEIN CORA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,9135
ポリマ－185,9135
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS

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要素

#1: タンパク質
MAGNESIUM TRANSPORT PROTEIN CORA / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 37182.586 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RECOMBINANTLY OVER-EXPRESSED PROTEIN, SOLUBILIZED FROM MEMBRANE FRACTION. PURIFIED BY AFFINITY (HIS-TAG), SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY. PROTEOLYTIC TAG CLEAVEAGE.
由来: (組換発現) METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
解説: PCR FROM GENOMIC DNA / プラスミド: POPINF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q58439

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CORA CHANNEL FROM METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 200MM NACL, 20MM TRIS/HCL, 0.04% DODECYLMALTOSIDE ( DDM)
pH: 8
詳細: 200MM NACL, 20MM TRIS/HCL, 0.04% DODECYLMALTOSIDE ( DDM)
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2009年6月5日 / 詳細: LOW DOSE MODE
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3300 nm
試料ホルダ温度: 100 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 28

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2EMAN３次元再構成
CTF補正詳細: WITH REFERENCE TO X-RAY SCATTERING CURVE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: 3D RECONSTRUCTION FROM RANDOMLY ORIENTED PARTICLE IMAGES
解像度: 21.6 Å / 粒子像の数: 44064 / ピクセルサイズ（公称値）: 3.5 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 3.5 Å
詳細: THE HIGH-RES MJCORA PDB 4EV6 STRUCTURE WAS DOCKED AS AN UNMODIFIED RIGID BODY. THERE ARE DIFFERENCES IN THE CRYO- EM AND CRYSTAL STRUCTURE DUE TO DIFFERENCES IN SOLUTION CONDITIONS ...詳細: THE HIGH-RES MJCORA PDB 4EV6 STRUCTURE WAS DOCKED AS AN UNMODIFIED RIGID BODY. THERE ARE DIFFERENCES IN THE CRYO- EM AND CRYSTAL STRUCTURE DUE TO DIFFERENCES IN SOLUTION CONDITIONS SPECIFICALLY MG ION CONCENTRATION. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2626. (DEPOSITION ID: 12440).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--DOCKING OF X-RAY CRYSTAL STRUCTURE
原子モデル構築PDB-ID: 4EV6

4ev6


Accession code: 4EV6 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 21.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 21.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1574 0 0 0 1574

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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