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万見
- PDB-4bkk: The Respiratory Syncytial Virus nucleoprotein-RNA complex forms a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bkk
タイトルThe Respiratory Syncytial Virus nucleoprotein-RNA complex forms a left-handed helical nucleocapsid.
要素
  • NUCLEOPROTEIN
  • RNA (161-MER)
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / VIRAL PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Respiratory syncytial virus genome transcription / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Respiratory syncytial virus genome replication / helical viral capsid / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry ...Respiratory syncytial virus genome transcription / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Respiratory syncytial virus genome replication / helical viral capsid / RSV-host interactions / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Maturation of hRSV A proteins / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / PKR-mediated signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / viral capsid / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Pneumovirus nucleocapsid protein / Pneumovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS A STRAIN LONG (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法
データ登録者Bakker, S.E. / Duquerroy, S. / Galloux, M. / Loney, C. / Conner, E. / Eleouet, J.F. / Rey, F.A. / Bhella, D.
引用ジャーナル: J Gen Virol / 年: 2013
タイトル: The respiratory syncytial virus nucleoprotein-RNA complex forms a left-handed helical nucleocapsid.
著者: Saskia E Bakker / Stéphane Duquerroy / Marie Galloux / Colin Loney / Edward Conner / Jean-François Eléouët / Félix A Rey / David Bhella /
要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is an important human pathogen. Its nucleocapsid (NC), which comprises the negative sense RNA viral genome coated by the viral nucleoprotein N, is a critical ...Respiratory syncytial virus (RSV) is an important human pathogen. Its nucleocapsid (NC), which comprises the negative sense RNA viral genome coated by the viral nucleoprotein N, is a critical assembly that serves as template for both mRNA synthesis and genome replication. We have previously described the X-ray structure of an NC-like structure: a decameric ring formed of N-RNA that mimics one turn of the helical NC. In the absence of experimental data we had hypothesized that the NC helix would be right-handed, as the N-N contacts in the ring appeared to more easily adapt to that conformation. We now unambiguously show that the RSV NC is a left-handed helix. We further show that the contacts in the ring can be distorted to maintain key N-N-protein interactions in a left-handed helix, and discuss the implications of the resulting atomic model of the helical NC for viral replication and transcription.
履歴
登録2013年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / em_software ...diffrn_radiation_wavelength / em_software / entity / entity_src_gen
Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _entity.src_method
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2369
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2369
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (161-MER)
B: NUCLEOPROTEIN
C: NUCLEOPROTEIN
D: NUCLEOPROTEIN
E: NUCLEOPROTEIN
F: NUCLEOPROTEIN
G: NUCLEOPROTEIN
H: NUCLEOPROTEIN
I: NUCLEOPROTEIN
J: NUCLEOPROTEIN
K: NUCLEOPROTEIN
L: NUCLEOPROTEIN
M: NUCLEOPROTEIN
N: NUCLEOPROTEIN
O: NUCLEOPROTEIN
P: NUCLEOPROTEIN
Q: NUCLEOPROTEIN
R: NUCLEOPROTEIN
S: NUCLEOPROTEIN
T: NUCLEOPROTEIN
U: NUCLEOPROTEIN
V: NUCLEOPROTEIN
W: NUCLEOPROTEIN
X: NUCLEOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,049,77024
ポリマ－1,049,77024
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS

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要素

#1: RNA鎖 RNA (161-MER)


分子量: 49089.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS A STRAIN LONG (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
#2: タンパク質 ...
NUCLEOPROTEIN / PROTEIN N / NUCLEOCAPSID PROTEIN


分子量: 43507.848 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS A STRAIN LONG (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P03418

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 電子線トモグラフィー法

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試料調製

構成要素名称: PURIFIED RECOMBINANT RSV NUCLEOCAPSIDS. / タイプ: VIRUS
緩衝液名称: 50 MM TRIS-HCL, PH 7.4, 150 MM NACL, 10 MM EDTA / pH: 7.4 / 詳細: 50 MM TRIS-HCL, PH 7.4, 150 MM NACL, 10 MM EDTA
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Ammonium Molybdate
試料支持詳細: HOLEY CARBON

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 2200FSC / 日付: 2010年7月15日
詳細: ROOM TEMPERATURE STAINED GRIDS IMAGED AT LN2 TEMPERATURES.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 40000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ傾斜角・最大: 60 ° / 傾斜角・最小: -60 °
撮影電子線照射量: 131 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 9
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Dynamo３次元再構成
2eTomo３次元再構成
3次元再構成手法: SUBTOMOGRAM AVERAGING / 粒子像の数: 911 / ピクセルサイズ（公称値）: 6.5 Å
詳細: SUBTOMOGRAM AVERAGING. NOTE THE COORDINATES ARE BASED ON MODELLING. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2369. (DEPOSITION ID: 11640).
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 詳細: METHOD--MODELLING REFINEMENT PROTOCOL--MODEL
原子モデル構築PDB-ID: 2WJ8

2wj8


Accession code: 2WJ8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数66263 3220 0 0 69483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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