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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zbi | ||||||
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タイトル | Fitting result in the O-layer of the subnanometer structure of the bacterial pKM101 type IV secretion system core complex digested with elastase | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL ADHESION / BACTERIAL SECRETION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å | ||||||
データ登録者 | Rivera-Calzada, A. / Fronzes, R. / Savva, C.G. / Chandran, V. / Lian, P.W. / Laeremans, T. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Remaut, H. / Waksman, G. / Orlova, E.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2013 タイトル: Structure of a bacterial type IV secretion core complex at subnanometre resolution. 著者: Angel Rivera-Calzada / Rémi Fronzes / Christos G Savva / Vidya Chandran / Pei W Lian / Toon Laeremans / Els Pardon / Jan Steyaert / Han Remaut / Gabriel Waksman / Elena V Orlova / 要旨: Type IV secretion (T4S) systems are able to transport DNAs and/or proteins through the membranes of bacteria. They form large multiprotein complexes consisting of 12 proteins termed VirB1-11 and ...Type IV secretion (T4S) systems are able to transport DNAs and/or proteins through the membranes of bacteria. They form large multiprotein complexes consisting of 12 proteins termed VirB1-11 and VirD4. VirB7, 9 and 10 assemble into a 1.07 MegaDalton membrane-spanning core complex (CC), around which all other components assemble. This complex is made of two parts, the O-layer inserted in the outer membrane and the I-layer inserted in the inner membrane. While the structure of the O-layer has been solved by X-ray crystallography, there is no detailed structural information on the I-layer. Using high-resolution cryo-electron microscopy and molecular modelling combined with biochemical approaches, we determined the I-layer structure and located its various components in the electron density. Our results provide new structural insights on the CC, from which the essential features of T4S system mechanisms can be derived. #1: ジャーナル: Science / 年: 2009 タイトル: Structure of a type IV secretion system core complex. 著者: Rémi Fronzes / Eva Schäfer / Luchun Wang / Helen R Saibil / Elena V Orlova / Gabriel Waksman / 要旨: Type IV secretion systems (T4SSs) are important virulence factors used by Gram-negative bacterial pathogens to inject effectors into host cells or to spread plasmids harboring antibiotic resistance ...Type IV secretion systems (T4SSs) are important virulence factors used by Gram-negative bacterial pathogens to inject effectors into host cells or to spread plasmids harboring antibiotic resistance genes. We report the 15 angstrom resolution cryo-electron microscopy structure of the core complex of a T4SS. The core complex is composed of three proteins, each present in 14 copies and forming a approximately 1.1-megadalton two-chambered, double membrane-spanning channel. The structure is double-walled, with each component apparently spanning a large part of the channel. The complex is open on the cytoplasmic side and constricted on the extracellular side. Overall, the T4SS core complex structure is different in both architecture and composition from the other known double membrane-spanning secretion system that has been structurally characterized. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zbi.cif.gz | 853.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zbi.ent.gz | 703.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zbi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3zbi_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3zbi_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3zbi_validation.xml.gz | 203 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3zbi_validation.cif.gz | 282.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/3zbi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/3zbi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22962.553 Da / 分子数: 14 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 171-386 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21 / プラスミド: PASK-IBA3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q46705 #2: タンパク質 | 分子量: 14680.648 Da / 分子数: 14 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 161-290 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21 / プラスミド: PASK-IBA3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q46704 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5135.873 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21 / プラスミド: PASK-IBA3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q46702 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TRAN,TRAO AND TRAF COMPLEX ENCODED BY PKM101 DIGESTED WITH 0.02 MG ML- 1 OF ELASTASE FOR 40 MIN AT ROOM TEMPERATURE タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: 50 MM TRIS-HCL, 200 MM NACL, 10 MM LDAO / pH: 8 / 詳細: 50 MM TRIS-HCL, 200 MM NACL, 10 MM LDAO |
試料 | 濃度: 0.01 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 92, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- BLOT 4 SECONDS BEFORE PLUNGING, |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI 12 / 日付: 2012年1月11日 / 詳細: 4000X4000 CCD |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 66000 X / 倍率(補正後): 68100 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.1 mm |
試料ホルダ | 温度: 95 K |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN |
画像スキャン | デジタル画像の数: 262 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: PHASE FLIPPING, EACH CCD IMAGE | ||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C14 (14回回転対称) | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: COMMON LINES / 解像度: 8.5 Å / 粒子像の数: 5430 / ピクセルサイズ(公称値): 2.2 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.08 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD -2233. (DEPOSITION ID: 11228). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: METHOD--RIGID BODY FOLLOWED BY FLEXIBLE FITTING REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY | ||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3JQO Accession code: 3JQO / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 8.5 Å | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 8.5 Å
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