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- PDB-3j9g: Atomic model of the VipA/VipB, the type six secretion system cont... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j9g
タイトルAtomic model of the VipA/VipB, the type six secretion system contractile sheath of Vibrio cholerae from cryo-EM
要素
  • VipA
  • VipB
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / t6ss / bacterial secretion / phage / contraction
機能・相同性Type VI secretion system TssC-like / TssC1, N-terminal / TssC1, C-terminal / EvpB/VC_A0108, tail sheath N-terminal domain / EvpB/VC_A0108, tail sheath gpW/gp25-like domain / Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / Type VI secretion system contractile sheath large subunit / Type VI secretion system contractile sheath small subunit
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kudryashev, M. / Wang, R.Y.-R. / Brackmann, M. / Scherer, S. / Maier, T. / Baker, D. / DiMaio, F. / Stahlberg, H. / Egelman, E.H. / Basler, M.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Structure of the type VI secretion system contractile sheath.
著者: Mikhail Kudryashev / Ray Yu-Ruei Wang / Maximilian Brackmann / Sebastian Scherer / Timm Maier / David Baker / Frank DiMaio / Henning Stahlberg / Edward H Egelman / Marek Basler /
要旨: Bacteria use rapid contraction of a long sheath of the type VI secretion system (T6SS) to deliver effectors into a target cell. Here, we present an atomic-resolution structure of a native contracted ...Bacteria use rapid contraction of a long sheath of the type VI secretion system (T6SS) to deliver effectors into a target cell. Here, we present an atomic-resolution structure of a native contracted Vibrio cholerae sheath determined by cryo-electron microscopy. The sheath subunits, composed of tightly interacting proteins VipA and VipB, assemble into a six-start helix. The helix is stabilized by a core domain assembled from four β strands donated by one VipA and two VipB molecules. The fold of inner and middle layers is conserved between T6SS and phage sheaths. However, the structure of the outer layer is distinct and suggests a mechanism of interaction of the bacterial sheath with an accessory ATPase, ClpV, that facilitates multiple rounds of effector delivery. Our results provide a mechanistic insight into assembly of contractile nanomachines that bacteria and phages use to translocate macromolecules across membranes.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2699
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VipA
B: VipB
C: VipA
D: VipB
E: VipA
F: VipB
G: VipA
H: VipB
I: VipA
J: VipB
K: VipA
L: VipB
M: VipA
N: VipB
O: VipA
P: VipB
Q: VipA
R: VipB
S: VipA
T: VipB
U: VipA
V: VipB
W: VipA
X: VipB
Y: VipA
Z: VipB
a: VipA
b: VipB
c: VipA
d: VipB
e: VipA
f: VipB
g: VipA
h: VipB
i: VipA
j: VipB
k: VipA
l: VipB
m: VipA
n: VipB
o: VipA
p: VipB
q: VipA
r: VipB
s: VipA
t: VipB
u: VipA
v: VipB
w: VipA
x: VipB
y: VipA
z: VipB
1: VipA
2: VipB
3: VipA
4: VipB
5: VipA
6: VipB
7: VipA
8: VipB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,886,52360
ポリマ－1,886,52360
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 6 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 5 / Rise per n subunits: 21.8 Å / Rotation per n subunits: 29.4 °)

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要素

#1: タンパク質 ...
VipA


分子量: 13716.561 Da / 分子数: 30 / 断片: UNP residues 2-126 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
遺伝子: VC_A0107 / 発現宿主: Vibrio cholerae 2740-80 (コレラ菌) / 参照: UniProt: Q9KN58
#2: タンパク質 ...
VipB


分子量: 49167.539 Da / 分子数: 30 / 断片: UNP residues 61-492 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
遺伝子: VC_A0108 / 発現宿主: Vibrio cholerae 2740-80 (コレラ菌) / 参照: UniProt: Q9KN57

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1Vibrio cholerae VipA/VipB sheath in a contracted stateCOMPLEX0
2VipA1
3VipB1
緩衝液名称: PBS / pH: 7.4 / 詳細: PBS
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: holey carbon grids, Quantifoil 1.2/1.3, imaged over the holes
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 77 K / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV) / 手法: plunge freezing

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年11月15日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
温度: 63 K / 傾斜角・最大: 5 ° / 傾斜角・最小: -5 °
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 詳細: Operated in counting non-superresolution mode
画像スキャンデジタル画像の数: 72

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1CTFFINDCTF補正
2Helixboxer粒子像選択
3IHRSR３次元再構成
4SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: Phase Flip, CTF detection by CTFFIND
らせん対称回転角度/サブユニット: 29.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 21.8 Å / らせん対称軸の対称性: C6
3次元再構成手法: Iterative Real Space Helical Reconstruction / 解像度: 3.5 Å / 粒子像の数: 96000 / ピクセルサイズ（公称値）: 0.5 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 0.5 Å
倍率補正: Magnification was calibrated in the microscope using a gold lattice.
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数132930 0 0 0 132930

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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