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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j8v | ||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of quasi-HPV16 complex with H16.14J Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS/IMMUNE SYSTEM / L1 pentamer / quasi-HPV16 / L1 capsomer / Rosie online / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.9 Å | ||||||
データ登録者 | Guan, J. / Hafenstein, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2015 タイトル: Structural comparison of four different antibodies interacting with human papillomavirus 16 and mechanisms of neutralization. 著者: Jian Guan / Stephanie M Bywaters / Sarah A Brendle / Hyunwook Lee / Robert E Ashley / Alexander M Makhov / James F Conway / Neil D Christensen / Susan Hafenstein / 要旨: Cryo-electron microscopy (cryo-EM) was used to solve the structures of human papillomavirus type 16 (HPV16) complexed with fragments of antibody (Fab) from three different neutralizing monoclonals ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) was used to solve the structures of human papillomavirus type 16 (HPV16) complexed with fragments of antibody (Fab) from three different neutralizing monoclonals (mAbs): H16.1A, H16.14J, and H263.A2. The structure-function analysis revealed predominantly monovalent binding of each Fab with capsid interactions that involved multiple loops from symmetry related copies of the major capsid protein. The residues identified in each Fab-virus interface map to a conformational groove on the surface of the capsomer. In addition to the known involvement of the FG and HI loops, the DE loop was also found to constitute the core of each epitope. Surprisingly, the epitope mapping also identified minor contributions by EF and BC loops. Complementary immunological assays included mAb and Fab neutralization. The specific binding characteristics of mAbs correlated with different neutralizing behaviors in pre- and post-attachment neutralization assays. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j8v.cif.gz | 684.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j8v.ent.gz | 579.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j8v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3j8v_validation.pdf.gz | 817.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3j8v_full_validation.pdf.gz | 906.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3j8v_validation.xml.gz | 88.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j8v_validation.cif.gz | 130.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/3j8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j8/3j8v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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3 |
| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50873.422 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 47-500 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス) 参照: UniProt: Q4VRM0, UniProt: P03101*PLUS #2: 抗体 | 分子量: 11810.232 Da / 分子数: 4 / 断片: variable domain Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) #3: 抗体 | 分子量: 12994.408 Da / 分子数: 4 / 断片: variable domain Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 44.7 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | 名称: 1 M NaCl, 200 mM Tris / pH: 7.4 / 詳細: 1 M NaCl, 200 mM Tris | ||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: glow-discharged holey carbon support grid | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / Temp: 102 K / 湿度: 90 % 詳細: Blot for 0.7 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3) 手法: Blot for 0.7 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 2100 / 日付: 2014年8月27日 |
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電子銃 | 電子線源: LAB6 / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4690 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 620 nm / Cs: 2 mm / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 95 K |
撮影 | 電子線照射量: 15 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 385 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Each particle | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Cross-common Lines / 解像度: 13.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 5642 / ピクセルサイズ(公称値): 2.33 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.33 Å 詳細: Semi-automatic particle selection was performed using e2boxer.py to obtain the particle coordinates, followed by particle boxing, linearization, normalization, and apodization of the images ...詳細: Semi-automatic particle selection was performed using e2boxer.py to obtain the particle coordinates, followed by particle boxing, linearization, normalization, and apodization of the images using Robem. Defocus and astigmatism values necessary to perform contrast transfer function (CTF) correction for the extracted particles were assessed using Robem. The icosahedrally averaged reconstruction was initiated using a random model generated with setup_rmc. For the last step of refinement, the final maps were CTF-corrected using a B factor of 200 A2. (Single particle--Applied symmetry: I) 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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