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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j5v | ||||||
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タイトル | PhuZ201 filament | ||||||
要素 | PhuZ201 subunit | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / PhuZ / tubulin / FtsZ / filament / bacteriophage / cytoskeleton / bacteriophage centering function | ||||||
機能・相同性 | establishment of localization / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Phage tubulin-like protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas phage 201phi2-1 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å | ||||||
データ登録者 | Zehr, E.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2014 タイトル: The structure and assembly mechanism of a novel three-stranded tubulin filament that centers phage DNA. 著者: Elena A Zehr / James A Kraemer / Marcella L Erb / Joanna K C Coker / Elizabeth A Montabana / Joe Pogliano / David A Agard / 要旨: Tubulins are a universally conserved protein superfamily that carry out diverse biological roles by assembling filaments with very different architectures. The underlying basis of this structural ...Tubulins are a universally conserved protein superfamily that carry out diverse biological roles by assembling filaments with very different architectures. The underlying basis of this structural diversity is poorly understood. Here, we determine a 7.1 Å cryo-electron microscopy reconstruction of the bacteriophage-encoded PhuZ filament and provide molecular-level insight into its cooperative assembly mechanism. The PhuZ family of tubulins is required to actively center the phage within infected host cells, facilitating efficient phage replication. Our reconstruction and derived model reveal the first example of a three-stranded tubulin filament. We show that the elongated C-terminal tail simultaneously stabilizes both longitudinal and lateral interactions, which in turn define filament architecture. Identified interaction surfaces are conserved within the PhuZ family, and their mutagenesis compromises polymerization in vitro and in vivo. Combining kinetic modeling of PhuZ filament assembly and structural data, we suggest a common filament structure and assembly mechanism for the PhuZ family of tubulins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j5v.cif.gz | 77 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j5v.ent.gz | 56.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j5v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3j5v_validation.pdf.gz | 874.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3j5v_full_validation.pdf.gz | 873.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3j5v_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j5v_validation.cif.gz | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/3j5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/3j5v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 9
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 9 / Rise per n subunits: 14.42 Å / Rotation per n subunits: -116.44 °) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35100.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas phage 201phi2-1 (ファージ) 遺伝子: 201phi2-1p059 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3FK34 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PhuZ filament / タイプ: COMPLEX |
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分子量 | 値: 0.034621 MDa / 実験値: NO |
緩衝液 | 名称: 250 mM KCl, 50 mM HEPES pH 7.4, 1 mM MgCl2, 10% glycerol, 1mM DTT pH: 8 詳細: 250 mM KCl, 50 mM HEPES pH 7.4, 1 mM MgCl2, 10% glycerol, 1mM DTT |
試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: C-FLAT holey carbon grid, 200 mesh copper grid |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % 詳細: Blotted 2 seconds before plunging in liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III) |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2011年11月21日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 62000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.2 mm |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 461 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Whole micrograph | ||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -116.44 ° / 軸方向距離/サブユニット: 14.42 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Helical reconstruction / 解像度: 7.1 Å / 粒子像の数: 23243 / ピクセルサイズ(公称値): 1.20398 Å 詳細: A modified version of SPIDER program was used for the reconstruction. Helical symmetry search was performed with hsearch_lorentz. 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation 詳細: METHOD--Flexible fitting DETAILS--Flexible fitting applied to C-terminus (residues 273-315) | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3R4V Accession code: 3R4V / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 7.1 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 7.1 Å
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