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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j23 | ||||||
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タイトル | The Enterovirus 71 empty capsid | ||||||
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![]() | VIRUS / EV71 / 80S | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.2 Å | ||||||
![]() | Shingler, K.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The enterovirus 71 A-particle forms a gateway to allow genome release: a cryoEM study of picornavirus uncoating. 著者: Kristin L Shingler / Jennifer L Yoder / Michael S Carnegie / Robert E Ashley / Alexander M Makhov / James F Conway / Susan Hafenstein / ![]() 要旨: Since its discovery in 1969, enterovirus 71 (EV71) has emerged as a serious worldwide health threat. This human pathogen of the picornavirus family causes hand, foot, and mouth disease, and also has ...Since its discovery in 1969, enterovirus 71 (EV71) has emerged as a serious worldwide health threat. This human pathogen of the picornavirus family causes hand, foot, and mouth disease, and also has the capacity to invade the central nervous system to cause severe disease and death. Upon binding to a host receptor on the cell surface, the virus begins a two-step uncoating process, first forming an expanded, altered "A-particle", which is primed for genome release. In a second step after endocytosis, an unknown trigger leads to RNA expulsion, generating an intact, empty capsid. Cryo-electron microscopy reconstructions of these two capsid states provide insight into the mechanics of genome release. The EV71 A-particle capsid interacts with the genome near the icosahedral two-fold axis of symmetry, which opens to the external environment via a channel ∼10 Å in diameter that is lined with patches of negatively charged residues. After the EV71 genome has been released, the two-fold channel shrinks, though the overall capsid dimensions are conserved. These structural characteristics identify the two-fold channel as the site where a gateway forms and regulates the process of genome release. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 147.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
2 |
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3 | ![]()
| x 5
4 | ![]()
| x 6
5 | ![]()
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25347.824 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 638-862 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: B2ZUN0 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 25987.320 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 82-318 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: B2ZUN0 |
#3: タンパク質 | 分子量: 26125.834 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 324-562 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: B2ZUN0 |
配列の詳細 | THE MODELED PROTEIN SEQUENCE WAS DERIVED FROM PDB ENTRY 3VBU. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human Enterovirus 71 empty capsid / タイプ: VIRUS 詳細: Icosahedral virus. The sample was purified mature virus heated in solution. |
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分子量 | 値: 7 MDa / 実験値: NO |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris-HCL, 20 mM NaCl, 5 mM MgCl2 |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 10 mM Tris-HCL, 20 mM NaCl, 5 mM MgCl2 |
試料支持 | 詳細: glow discharged holey carbon Quantifoil electron microscopy grids |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: OTHER / Temp: 77 K / 湿度: 95 % / 詳細: ETHANE-PROPANE MIXTURE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2012年4月17日 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 50000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4370 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1730 nm / Cs: 2 mm / 非点収差: CTFFIND3 (EMAN) / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 95 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 40 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: auto3DEM | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Common lines / 解像度: 9.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 1931 / ピクセルサイズ(公称値): 1.27 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.27 Å 詳細: A single data set was used for the reconstruction. Particles were selected individually. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--The protomer was fit in Chimera, used to generate a full crystal map, then docked as a rigid body in Situs. | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3VBU Accession code: 3VBU / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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