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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j0r | ||||||
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タイトル | Model of a type III secretion system needle based on a 7 Angstrom resolution cryoEM map | ||||||
要素 | Protein mxiH | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / helical assembly | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell surface / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å | ||||||
データ登録者 | Fujii, T. / Cheung, M. / Blanco, A. / Kato, T. / Blocker, A.J. / Namba, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012 タイトル: Structure of a type III secretion needle at 7-Å resolution provides insights into its assembly and signaling mechanisms. 著者: Takashi Fujii / Martin Cheung / Amandine Blanco / Takayuki Kato / Ariel J Blocker / Keiichi Namba / 要旨: Type III secretion systems of Gram-negative bacteria form injection devices that deliver effector proteins into eukaryotic cells during infection. They span both bacterial membranes and the ...Type III secretion systems of Gram-negative bacteria form injection devices that deliver effector proteins into eukaryotic cells during infection. They span both bacterial membranes and the extracellular space to connect with the host cell plasma membrane. Their extracellular portion is a needle-like, hollow tube that serves as a secretion conduit for effector proteins. The needle of Shigella flexneri is approximately 50-nm long and 7-nm thick and is made by the helical assembly of one protein, MxiH. We provide a 7-Å resolution 3D image reconstruction of the Shigella needle by electron cryomicroscopy, which resolves α-helices and a β-hairpin that has never been observed in the crystal and solution structures of needle proteins, including MxiH. An atomic model of the needle based on the 3D-density map, in comparison with that of the bacterial-flagellar filament, provides insights into how such a thin tubular structure is stably assembled by intricate intermolecular interactions. The map also illuminates how the needle-length control protein functions as a ruler within the central channel during export of MxiH for assembly at the distal end of the needle, and how the secretion-activation signal may be transduced through a conformational change of the needle upon host-cell contact. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j0r.cif.gz | 24.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j0r.ent.gz | 15.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j0r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3j0r_validation.pdf.gz | 862.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3j0r_full_validation.pdf.gz | 875.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3j0r_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j0r_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/3j0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/3j0r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 22
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 22 / Rise per n subunits: 4.3 Å / Rotation per n subunits: 64.06 °) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9141.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) 参照: UniProt: P0A223 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: type III secretion needle / タイプ: COMPLEX / 詳細: a helical assembly of MxiH |
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緩衝液 | 名称: 20 mM Tris, pH 7.4, 150 mM NaCl, 2mM MgSO4 / pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris, pH 7.4, 150 mM NaCl, 2mM MgSO4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: Quantifoil holey carbon molybdenum grid (R0.6/1.0, Quantifoil) |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE 詳細: Blot for 3.5 seconds before plunging into liquid ethane (Vitrobot). |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FSC / 日付: 2008年7月2日 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 89285 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 1.6 mm |
試料ホルダ | 温度: 50 K |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | 詳細: CTFFIND3 Each particle | ||||||||||||
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らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 64.06 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.3 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Projection Matching / 解像度: 7.7 Å / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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