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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bo1 | ||||||
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タイトル | Ribosome-SecY complex | ||||||
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![]() | RIBOSOME / Ribosome-SecY complex / Membrane / Protein transport / Translocation / Transmembrane / Transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() intracellular protein transmembrane transport / signal sequence binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / protein targeting / protein transport / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.6 Å | ||||||
![]() | Akey, C.W. / Menetret, J.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ribosome binding of a single copy of the SecY complex: implications for protein translocation. 著者: Jean-François Ménétret / Julia Schaletzky / William M Clemons / Andrew R Osborne / Sigrid S Skånland / Carilee Denison / Steven P Gygi / Don S Kirkpatrick / Eunyong Park / Steven J Ludtke ...著者: Jean-François Ménétret / Julia Schaletzky / William M Clemons / Andrew R Osborne / Sigrid S Skånland / Carilee Denison / Steven P Gygi / Don S Kirkpatrick / Eunyong Park / Steven J Ludtke / Tom A Rapoport / Christopher W Akey / ![]() 要旨: The SecY complex associates with the ribosome to form a protein translocation channel in the bacterial plasma membrane. We have used cryo-electron microscopy and quantitative mass spectrometry to ...The SecY complex associates with the ribosome to form a protein translocation channel in the bacterial plasma membrane. We have used cryo-electron microscopy and quantitative mass spectrometry to show that a nontranslating E. coli ribosome binds to a single SecY complex. The crystal structure of an archaeal SecY complex was then docked into the electron density maps. In the resulting model, two cytoplasmic loops of SecY extend into the exit tunnel near proteins L23, L29, and L24. The loop between transmembrane helices 8 and 9 interacts with helices H59 and H50 in the large subunit RNA, while the 6/7 loop interacts with H7. We also show that point mutations of basic residues within either loop abolish ribosome binding. We suggest that SecY binds to this primary site on the ribosome and subsequently captures and translocates the nascent chain. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 161.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-23S RIBOSOMAL ... , 4種, 4分子 DEFG
#1: RNA鎖 | 分子量: 8698.224 Da / 分子数: 1 / 断片: GB residues 79-105 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: helix 7 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 8860.439 Da / 分子数: 1 / 断片: GB residues 478-504 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: helix 24 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 6024.601 Da / 分子数: 1 / 断片: GB residues 1385-1403 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: helix 47 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: RNA鎖 | 分子量: 10382.260 Da / 分子数: 1 / 断片: GB residues 1518-1549 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: helix 59 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-PREPROTEIN TRANSLOCASE ... , 3種, 3分子 ABC
#5: タンパク質 | 分子量: 48367.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#6: タンパク質 | 分子量: 7149.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3639.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-詳細
配列の詳細 | THIS PDB FILE WAS OBTAINED UPON RIGID BODY REFINEMENT OF A STARTING PDB FILE INTO A CRYO-EM MAP. ...THIS PDB FILE WAS OBTAINED UPON RIGID BODY REFINEMENT |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Ribosome-SecY complex / タイプ: RIBOSOME / 詳細: in DDM |
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緩衝液 | 名称: 50 mM HEPES- KOH pH 7.5, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 0.05% DDM pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES- KOH pH 7.5, 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 0.05% DDM |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: Solid carbon on a holey film, 400 mesh Cu grid |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE 詳細: The specimens were plunge frozen in liquid ethane at 4 degrees C at an RH of ~90-95%. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 詳細: Gatan DH626 cold holder |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 51000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -700 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 93 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
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解析
CTF補正 | 詳細: EMAN- phase flipping of particles form the same micrograph | |||||||||||||||||||||
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Projection matching in EMAN / 解像度: 9.6 Å / 粒子像の数: 39000 / ピクセルサイズ(実測値): 2.73 Å / 詳細: EMAN / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: visual fit in O and Chimera 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body, followed by manual rebuilding and extension of the loops | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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