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万見
- PDB-21ah: LY334370-bound serotonin 1F (5-HT1F) receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 21ah
タイトルLY334370-bound serotonin 1F (5-HT1F) receptor
要素5-hydroxytryptamine receptor 1F
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Gi/o-coupled serotonin receptor activity / serotonin receptor activity / Serotonin receptors / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / serotonin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events ...Gi/o-coupled serotonin receptor activity / serotonin receptor activity / Serotonin receptors / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / serotonin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / synapse / dendrite / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 1F receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 5-hydroxytryptamine receptor 1F
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Cao, C. / Ji, Z. / Wang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)GG9100007022 中国
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2026
タイトル: Structural basis of LY334370 recognition and selectivity at the 5-HT receptor.
著者: Yumeng Wang / Chunyu Wang / Can Cao /
要旨: The 5-HT receptor is a serotonin receptor subtype highly expressed in trigeminal sensory neurons, where it modulates neuropeptide release and nociceptive signaling without inducing vasoconstriction. ...The 5-HT receptor is a serotonin receptor subtype highly expressed in trigeminal sensory neurons, where it modulates neuropeptide release and nociceptive signaling without inducing vasoconstriction. This makes it an important therapeutic target for migraine. LY334370 was developed as a first-generation selective 5-HTR agonist and demonstrated efficacy in clinical studies. However, the molecular mechanism underlying 5-HTR activation by LY334370 remains poorly understood. Here, we determined a 3.13 Å cryo-EM structure of the LY334370-bound 5-HTR-miniGα complex. Combined with functional analyses, this structure delineates the molecular determinants underlying LY334370 recognition. Comparison with BRL54443 indicates that LY334370 selectivity for 5-HTR is driven by its optimal accommodation within the receptor-specific extended binding pocket. Furthermore, comparative analysis with the lasmiditan-bound 5-HTR-Gα complex reveals distinct agonist binding modes and provides mechanistic insight into Gα subtype-specific coupling. Collectively, these findings elucidate the structural basis of 5-HTR activation, ligand selectivity, and G protein coupling, providing a structural framework for the rational design of safer and more effective anti-migraine drugs.
履歴
登録2025年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: 5-hydroxytryptamine receptor 1F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1132
ポリマ－41,7621
非ポリマー3511
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 5-hydroxytryptamine receptor 1F / 5-HT-1F / 5-HT1F / Serotonin receptor 1F


分子量: 41761.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTR1F, HTR1EL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P30939
#2: 化合物 ChemComp-A1E2G / 4-fluoranyl-~{N}-[3-(1-methylpiperidin-4-yl)-1~{H}-indol-5-yl]benzamide


分子量: 351.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22FN3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GPCR bound with a ligand / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.04171 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4.1粒子像選択
12cryoSPARC4.4.1３次元再構成
13PHENIX1.21.2モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114556 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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