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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9873 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of PaaZ, a bifunctional enzyme | |||||||||||||||
![]() | PaaZ is a bifucntional enzyme that performs hydratase and dehydrogenase reactions. This structure is the native protein. This map is final sharpened map used for interpretation. | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Gakher L / Vinothkumar KR / Katagihallimath N / Sowdhamini R / Sathyanarayanan N / Cannone G | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for metabolite channeling in a ring opening enzyme of the phenylacetate degradation pathway. 著者: Nitish Sathyanarayanan / Giuseppe Cannone / Lokesh Gakhar / Nainesh Katagihallimath / Ramanathan Sowdhamini / Subramanian Ramaswamy / Kutti R Vinothkumar / ![]() ![]() ![]() 要旨: Substrate channeling is a mechanism for the internal transfer of hydrophobic, unstable or toxic intermediates from the active site of one enzyme to another. Such transfer has previously been ...Substrate channeling is a mechanism for the internal transfer of hydrophobic, unstable or toxic intermediates from the active site of one enzyme to another. Such transfer has previously been described to be mediated by a hydrophobic tunnel, the use of electrostatic highways or pivoting and by conformational changes. The enzyme PaaZ is used by many bacteria to degrade environmental pollutants. PaaZ is a bifunctional enzyme that catalyzes the ring opening of oxepin-CoA and converts it to 3-oxo-5,6-dehydrosuberyl-CoA. Here we report the structures of PaaZ determined by electron cryomicroscopy with and without bound ligands. The structures reveal that three domain-swapped dimers of the enzyme form a trilobed structure. A combination of small-angle X-ray scattering (SAXS), computational studies, mutagenesis and microbial growth experiments suggests that the key intermediate is transferred from one active site to the other by a mechanism of electrostatic pivoting of the CoA moiety, mediated by a set of conserved positively charged residues. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 250 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 32.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 212.6 MB 212.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | PaaZ is a bifucntional enzyme that performs hydratase and dehydrogenase reactions. This structure is the native protein. This map is final sharpened map used for interpretation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: This map is one of the half-maps after refinement.
ファイル | emd_9873_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | This map is one of the half-maps after refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: This map is one of the half-maps after refinement.
ファイル | emd_9873_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | This map is one of the half-maps after refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : PaaZ
全体 | 名称: PaaZ |
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要素 |
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-超分子 #1: PaaZ
超分子 | 名称: PaaZ / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: PaaZ is a bifunctional enzyme that has hydrolase and dehydrogenase activity. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 440 KDa |
-分子 #1: Bifunctional protein PaaZ
分子 | 名称: Bifunctional protein PaaZ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ![]() |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 73.969391 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGHHHHHHQQ LASFLSGTWQ SGRGRSRLIH HAISGEALWE VTSEGLDMAA ARQFAIEKGA PALRAMTFIE RAAMLKAVAK HLLSEKERF YALSAQTGAT RADSWVDIEG GIGTLFTYAS LGSRELPDDT LWPEDELIPL SKEGGFAARH LLTSKSGVAV H INAFNFPC ...文字列: MGHHHHHHQQ LASFLSGTWQ SGRGRSRLIH HAISGEALWE VTSEGLDMAA ARQFAIEKGA PALRAMTFIE RAAMLKAVAK HLLSEKERF YALSAQTGAT RADSWVDIEG GIGTLFTYAS LGSRELPDDT LWPEDELIPL SKEGGFAARH LLTSKSGVAV H INAFNFPC WGMLEKLAPT WLGGMPAIIK PATATAQLTQ AMVKSIVDSG LVPEGAISLI CGSAGDLLDH LDSQDVVTFT GS AATGQML RVQPNIVAKS IPFTMEADSL NCCVLGEDVT PDQPEFALFI REVVREMTTK AGQKCTAIRR IIVPQALVNA VSD ALVARL QKVVVGDPAQ EGVKMGALVN AEQRADVQEK VNILLAAGCE IRLGGQADLS AAGAFFPPTL LYCPQPDETP AVHA TEAFG PVATLMPAQN QRHALQLACA GGGSLAGTLV TADPQIARQF IADAARTHGR IQILNEESAK ESTGHGSPLP QLVHG GPGR AGGGEELGGL RAVKHYMQRT AVQGSPTMLA AISKQWVRGA KVEEDRIHPF RKYFEELQPG DSLLTPRRTM TEADIV NFA CLSGDHFYAH MDKIAAAESI FGERVVHGYF VLSAAAGLFV DAGVGPVIAN YGLESLRFIE PVKPGDTIQV RLTCKRK TL KKQRSAEEKP TGVVEWAVEV FNQHQTPVAL YSILTLVARQ HGDFVD UniProtKB: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.015 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Protein was purified and kept in 25mM Hepes buffer and 50 mM NaCl | ||||||
グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 300 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa 詳細: The Ultrafoil grids was glow discharged in air for 5 minutes. Subsequently, 0.2 mg/ml of graphene oxide solution was placed and washed twice with water. The grids were air dried and used directly for freezing. | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: blotting force 10, blotting time 4 sec, waiting time 15 sec, drying time 0, blotting times 1.. | ||||||
詳細 | The peak fraction from gel filtration was used for grid preparation. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 132075 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K |
詳細 | Data was collected with EPU software |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 552 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 27.0 e/Å2 詳細: The 60 second exposure was saved into 75 frames with each frame ~0.36 e-. The frames were then grouped into 3 for alignment and summed images were used for data processing |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Real space refinement with secondary structure enabled, minimization and adp |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 44.4 |
得られたモデル | ![]() PDB-6jql: |