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- EMDB-9854: Structure of the green algal photosystem I supercomplex with ligh... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9854
タイトルStructure of the green algal photosystem I supercomplex with light-harvesting complex I
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem I - Light Harvesting Complex I supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
  • リガンド: x 10種
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / chlorophyll binding ...photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / chlorophyll binding / response to light stimulus / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily ...Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / : / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX ...Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Suga M / Miyazaki N / Takahashi Y
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP16H06554 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP16H06296 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP16H06162 日本
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Structure of the green algal photosystem I supercomplex with a decameric light-harvesting complex I.
著者: Michihiro Suga / Shin-Ichiro Ozawa / Kaori Yoshida-Motomura / Fusamichi Akita / Naoyuki Miyazaki / Yuichiro Takahashi /
要旨: In plants and green algae, the core of photosystem I (PSI) is surrounded by a peripheral antenna system consisting of light-harvesting complex I (LHCI). Here we report the cryo-electron ...In plants and green algae, the core of photosystem I (PSI) is surrounded by a peripheral antenna system consisting of light-harvesting complex I (LHCI). Here we report the cryo-electron microscopic structure of the PSI-LHCI supercomplex from the green alga Chlamydomonas reinhardtii. The structure reveals that eight Lhca proteins form two tetrameric LHCI belts attached to the PsaF side while the other two Lhca proteins form an additional Lhca2/Lhca9 heterodimer attached to the opposite side. The spatial arrangement of light-harvesting pigments reveals that Chlorophylls b are more abundant in the outer LHCI belt than in the inner LHCI belt and are absent from the core, thereby providing the downhill energy transfer pathways to the PSI core. PSI-LHCI is complexed with a plastocyanin on the patch of lysine residues of PsaF at the luminal side. The assembly provides a structural basis for understanding the mechanism of light-harvesting, excitation energy transfer of the PSI-LHCI supercomplex and electron transfer with plastocyanin.
履歴
登録2019年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月19日-
マップ公開2019年6月19日-
更新2019年6月26日-
現状2019年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6jo6
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9854.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9854.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 320 pix.
= 358.4 Å		1.12 Å/pix.
x 320 pix.
= 358.4 Å		1.12 Å/pix.
x 320 pix.
= 358.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.22062866 - 0.46019447
平均 (標準偏差)0.0008142805 (±0.010991188)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.121.121.12
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.400358.400358.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ858858858
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.2210.4600.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I - Light Harvesting Complex I supercomplex

全体名称: Photosystem I - Light Harvesting Complex I supercomplex
要素
  • 複合体: Photosystem I - Light Harvesting Complex I supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit F, Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

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超分子 #1: Photosystem I - Light Harvesting Complex I supercomplex

超分子名称: Photosystem I - Light Harvesting Complex I supercomplex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 83.239203 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: MTISTPEREA KKVKIAVDRN PVETSFEKWA KPGHFSRTLS KGPNTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LGIIFIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGFFQLWR ASGITSELQL Y TTAIGGLV ...文字列:
MTISTPEREA KKVKIAVDRN PVETSFEKWA KPGHFSRTLS KGPNTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LGIIFIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGFFQLWR ASGITSELQL Y TTAIGGLV MAAAMFFAGW FHYHKAAPKL EWFQNVESML NHHLGGLLGL GSLAWAGHQI HVSLPVNKLL DAGVDPKEIP LP HDLLLNR AIMADLYPSF AKGIAPFFTL NWSEYSDFLT FKGGLNPVTG GLWLSDTAHH HVAIAVLFLV AGHMYRTNWG IGH SMKEIL EAHRGPFTGE GHVGLYEILT TSWHAQLAIN LALFGSLSII VAHHMYAMPP YPYLATDYGT QLSLFTHHTW IGGF CIVGA GAHAAIFMVR DYDPTNNYNN LLDRVIRHRD AIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMSAL GRPQDMFSDT AIQLQ PVFA QWIQNTHFLA PQLTAPNALA ATSLTWGGDL VAVGGKVAMM PISLGTSDFM VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARSS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNSL SIVIFHFSWK MQSDVWGTVT ASGVSHITGG NFAQSAN TI NGWLRDFLWA QSSQVIQSYG SALSAYGLIF LGAHFVWAFS LMFLFSGRGY WQELIESIVW AHNKLKVAPA IQPRALSI T QGRAVGVAHY LLGGIATTWS FFLARIISVG

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分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 84.947195 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: MATHHHHHHH HHHHHHHHHH HHHKLFPKFS QGLAQDPTTR RIWYGLAMAH DFESHDGMTE ENLYQKIFAS HFGQLSIIFL WTSGNLFHV AWQGNFEQWV TDPVHIRPIA HAIWDPHFGQ PAVEAFTRGG ASGPVNISTS GVYQWWYTIG MRTNQDLYVG S VFLALVSA ...文字列:
MATHHHHHHH HHHHHHHHHH HHHKLFPKFS QGLAQDPTTR RIWYGLAMAH DFESHDGMTE ENLYQKIFAS HFGQLSIIFL WTSGNLFHV AWQGNFEQWV TDPVHIRPIA HAIWDPHFGQ PAVEAFTRGG ASGPVNISTS GVYQWWYTIG MRTNQDLYVG S VFLALVSA IFLFAGWLHL QPNFQPSLSW FKDAESRLNH HLSGLFGVSS LAWTGHLVHV AIPESRGQHV GWDNFLSVLP HP QGLTPFF TGNWAAYAQS PDTASHVFGT AQGSGQAILT FLGGFHPQTQ SLWLTDMAHH HLAIAVIFIV AGHMYRTNFG IGH RMQAIL EAHTPPSGSL GAGHKGLFDT VNNSLHFQLG LALASVGTIT SLVAQHMYSL PPYAFQAIDF TTQAALYTHH QYIA GFIMC GAFAHGAIFF IRDYDPEQNK GNVLARMLDH KEALISHLSW VSLFLGFHTL GLYVHNDVMQ AFGTPEKQIL IEPVF AQWI QAAHGKALYG FDFLLSSKTS AAFANGQSLW LPGWLDAINN NQNSLFLTIG PGDFLVHHAI ALGLHTTTLI LVKGAL DAR GSKLMPDKKD FGYSFPCDGP GRGGTCDISA YDAFYLAVFW MLNTIGWVTF YWHWKHLTLW QGNVAQFDES STYLMGW LR DYLWLNSSQL INGYNPFGMN SLSVWAWTFL FGHLIYATGF MFLISWRGYW QELIETLVWA HEKTPLANLV YWKDKPVA L SIVQARLVGL AHFSVGYIFT YAAFLIASTS GRFG

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 8.869325 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列:
MAHIVKIYDT CIGCTQCVRA CPLDVLEMVP WDGCKASQMA SAPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSVRVYLG SESTRSMGLS Y

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 17.732496 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列:
EAEAAPAAAK KAAEKPAWTV PTLNPDTPSP IFGGSTGGLL RKAQTEEFYV ITWEAKKEQI FEMPTGGAAI MRQGPNLLKF GKKEQCLAL TTQLRNKFKL TPCFYRVFPD GKVQYLHPAD GVYPEKVNAG RVGANQNMRR IGQNVNPIKV KFSGRMMSPA E I

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 8.135226 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列:
EEVKAAPKKE VGPKRGSLVK ILRPESYWFN QVGKVVSVDQ SGVRYPVVVR FENQNYAGVT TNNYALDEVV AAK

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit F, Photosystem I reaction c...

分子名称: Photosystem I reaction center subunit F, Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 17.957773 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列:
DIAGLTPCSE SKAYAKLEKK ELKTLEKRLK QYEADSAPAV ALKATMERTK ARFANYAKAG LLCGNDGLPH LIADPGLALK YGHAGEVFI PTFGFLYVAG YIGYVGRQYL IAVKGEAKPT DKEIIIDVPL ATKLAWQGAG WPLAAVQELQ RGTLLEKEEN I TVSPR

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 9.828936 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列:
ALDPQIVISG STAAFLAIGR FVFLGYQRRE ANFDSTVGPK TTGATYFDDL QKNSTIFATN DPAGFNIIDV AGWGALGHAV GFAVLAINS LQGAN

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 10.586388 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列:
MALRAVSAKS AVRPTVARAS VKPVAALKPA QKMALAGAAS VALLAASSSS AEASQVIATV ASAAQGYPFV PPSWAPSVFV PLTGLVLPA IAMATLFVYI EKEAPSS

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.750509 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列:
MKDFTTYLST APVIATIWFT FTAGLLIEIN RYFPDPLVFS F

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 8.431764 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列:
DGFIGSSTNL IMVASTTATL AAARFGLAPT VKKNTTAGLK LVDSKNSAGV ISNDPAGFTI VDVLAMGAAG HGLGVGIVLG LKGIGAL

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 16.120512 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列:
QVISPVNGDP FVGMLETPVT SAPIVATYLS NLPAYRTGVA PVLRGVEIGL AHGFLLAGPF IKLGPLRNVP ETAEIAGSLS AAGLVLILA LCLSIYGSAQ FQSTPSIGVK TLSGRSVARD PLFSADGWSE FAAGFLVGGE AGVAWAYVCT QILPYYS

+
分子 #12: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 20.368023 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: KAGNWLPGSD APAWLPDDLP GNYGFDPLSL GKEPASLKRF TESEVIHGRW AMLGVAGSLA VELLGYGNWY DAPLWAVNGG KATWFGIEV PFDLNALLAF EFVAMAAAEG QRGDAGGVVY PGGAFDPLGF AKDSSKSGEL KLKEIKNGRL AMVAFLGFVA Q HAATGKGP ...文字列:
KAGNWLPGSD APAWLPDDLP GNYGFDPLSL GKEPASLKRF TESEVIHGRW AMLGVAGSLA VELLGYGNWY DAPLWAVNGG KATWFGIEV PFDLNALLAF EFVAMAAAEG QRGDAGGVVY PGGAFDPLGF AKDSSKSGEL KLKEIKNGRL AMVAFLGFVA Q HAATGKGP IAALGEHLAN PWGANFATNG ISVPFF

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分子 #13: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 29.435598 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: EEKSIAKVDR SKDQLYVGAS QSSLAYLDGS LPGDFGFDPL GLLDPVNSGG FIEPKWLQYS EVIHARWAML GAAGCIAPEV LGAAGLIPD ATNIKWFESG VIPPAGSYNG YWADPYTIFF VEIVAMQFAE LRRLQDFRYP GSMGQQYFLG LEAIFKGSGD A AYPGGPFF ...文字列:
EEKSIAKVDR SKDQLYVGAS QSSLAYLDGS LPGDFGFDPL GLLDPVNSGG FIEPKWLQYS EVIHARWAML GAAGCIAPEV LGAAGLIPD ATNIKWFESG VIPPAGSYNG YWADPYTIFF VEIVAMQFAE LRRLQDFRYP GSMGQQYFLG LEAIFKGSGD A AYPGGPFF NLFNLGKTEA AMKELKLKEI KNGRLAMLAM LGYGAQAVMT GKGPFQNLVE HLADPVNNNI LTNFAGRVSG SS QPWRPHG WWRRRYRSVA ALALIRNRSV C

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分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.446553 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: AAVRPVWFPG NPPPAHLDGS LAGDYGFDPL FLGQEPQTLK WYVQAELVHG RFAMLGAAGI ILTSIGAKVG LGFPEWYDAG KVVVEKNNI DFPTLMVIQF YLMGWAETKR WYDFKNPGSQ ADGSFLGFTE EFKGLENGYP GGRFFDPMGL SRGDAAKYQE Y KQKEVKNG ...文字列:
AAVRPVWFPG NPPPAHLDGS LAGDYGFDPL FLGQEPQTLK WYVQAELVHG RFAMLGAAGI ILTSIGAKVG LGFPEWYDAG KVVVEKNNI DFPTLMVIQF YLMGWAETKR WYDFKNPGSQ ADGSFLGFTE EFKGLENGYP GGRFFDPMGL SRGDAAKYQE Y KQKEVKNG RLAMIACLGF AAQYAATGKG PLDNLADHLA DPNHVNFATN GVSIPIA

+
分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.293613 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: RQSWLPGSQI PAHLDTPAAQ ALAGNFGFDP LGLGKDPVAL RWYQQAELIH CRTAMAGVAG ILIPGLLTKA GALNVPEWYD AGKVAIENS FAPWGSLLAV QLFLCGFVEA KRWQDIRKPG SQGEPGSFLG FEASLKGTSE LGYPGGPFDP LGLSKEADKW A DWKLKEVK ...文字列:
RQSWLPGSQI PAHLDTPAAQ ALAGNFGFDP LGLGKDPVAL RWYQQAELIH CRTAMAGVAG ILIPGLLTKA GALNVPEWYD AGKVAIENS FAPWGSLLAV QLFLCGFVEA KRWQDIRKPG SQGEPGSFLG FEASLKGTSE LGYPGGPFDP LGLSKEADKW A DWKLKEVK NGRLAMLAFL GFVAQKYATG AGPVDNLAAH LKDPWHVNYA TNGVSLPFL

+
分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 25.906434 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: SAVPENVKEA REWIDAWKSK SGGAKRDAAL PSWMPGADLP GYLNGTLPGD FGFDPLYLGQ DPVKLKWYAQ AELMNARFAM LAVAGILVP ELLSNIGFSW PGAGVAWYDA GKFEYFAPAS SLFGVQMLLF AWVEIRRYQD FVKPGSANQD PIFTNNKLPD G NEPGYPGG ...文字列:
SAVPENVKEA REWIDAWKSK SGGAKRDAAL PSWMPGADLP GYLNGTLPGD FGFDPLYLGQ DPVKLKWYAQ AELMNARFAM LAVAGILVP ELLSNIGFSW PGAGVAWYDA GKFEYFAPAS SLFGVQMLLF AWVEIRRYQD FVKPGSANQD PIFTNNKLPD G NEPGYPGG IFDPFGWSKG DIKSLKLKEI KNGRLAMLAF AGFIGQAYTT GTTPLKNLST HLADPWSTTV WQNDLARL

+
分子 #17: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 25.264959 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: AADRKLWAPG VVAPEYLKGD LAGDYGWDPL GLGADPTALK WYRQSELQHA RWAMLGVAGV LVQEIVKPDV YFYEAGLPQN LPEPFTNIN MGGLLAWEFI LMHWVEVRRW QDYKNFGSVN EDPIFKGNKV PNPEMGYPGG IFDPFGFSKG NLKELQTKEI K NGRLAMIA ...文字列:
AADRKLWAPG VVAPEYLKGD LAGDYGWDPL GLGADPTALK WYRQSELQHA RWAMLGVAGV LVQEIVKPDV YFYEAGLPQN LPEPFTNIN MGGLLAWEFI LMHWVEVRRW QDYKNFGSVN EDPIFKGNKV PNPEMGYPGG IFDPFGFSKG NLKELQTKEI K NGRLAMIA YMAFILQAQA TGKGPLAALS AHLSNPFGNN ILKNIGTCTV PHSVDVQGLT IPLTCLWPGS Q

+
分子 #18: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 25.183152 KDa
組換発現生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
配列文字列: ASSRPLWLPG STPPAHLKGD LPGDFGFDPL GLGANAESLK WFKESELVHS RWAMAAVAGI LVQEIVRPDV FWYNAGKEVE SPLGPLGLL AVEFFLMHWV EVRRWQDLRK PGSVDQDPIF SQYKLPPHEV GYPGGVFAPF IPGDLAELKV KEIKNGRLAM L AFVGFVMA ...文字列:
ASSRPLWLPG STPPAHLKGD LPGDFGFDPL GLGANAESLK WFKESELVHS RWAMAAVAGI LVQEIVRPDV FWYNAGKEVE SPLGPLGLL AVEFFLMHWV EVRRWQDLRK PGSVDQDPIF SQYKLPPHEV GYPGGVFAPF IPGDLAELKV KEIKNGRLAM L AFVGFVMA AQVTGKGPIA ALQEHLADPW GTTIFSKAAV VPGQAVAPPC KIPASVSYKG IEIPTPCFLQ GLWP

+
分子 #19: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #20: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 197 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #21: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #22: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 12 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #23: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 32 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #24: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #25: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #26: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 1 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #27: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 18 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #28: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 18 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9801 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 379749
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 230000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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