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- EMDB-9570: C. elegans INX-6 gap junction hemichannel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9570
タイトルC. elegans INX-6 gap junction hemichannel
マップデータ3D map of an INX-6 hemichannel
試料
  • 複合体: INX-6
    • タンパク質・ペプチド: Innexin-6
キーワードinnexin / gap junction channel / octamer / wild type / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性gap junction hemi-channel activity / Innexin / Innexin / Pannexin family profile. / gap junction / gap junction channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / plasma membrane / Innexin-6
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Oshima A / Tani K / Fujiyoshi Y
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Atomic structure of the innexin-6 gap junction channel determined by cryo-EM.
著者: Atsunori Oshima / Kazutoshi Tani / Yoshinori Fujiyoshi /
要旨: Innexins, a large protein family comprising invertebrate gap junction channels, play an essential role in nervous system development and electrical synapse formation. Here we report the cryo-electron ...Innexins, a large protein family comprising invertebrate gap junction channels, play an essential role in nervous system development and electrical synapse formation. Here we report the cryo-electron microscopy structures of Caenorhabditis elegans innexin-6 (INX-6) gap junction channels at atomic resolution. We find that the arrangements of the transmembrane helices and extracellular loops of the INX-6 monomeric structure are highly similar to those of connexin-26 (Cx26), despite the lack of significant sequence similarity. The INX-6 gap junction channel comprises hexadecameric subunits but reveals the N-terminal pore funnel, consistent with Cx26. The helix-rich cytoplasmic loop and C-terminus are intercalated one-by-one through an octameric hemichannel, forming a dome-like entrance that interacts with N-terminal loops in the pore. These observations suggest that the INX-6 cytoplasmic domains are cooperatively associated with the N-terminal funnel conformation, and an essential linkage of the N-terminal with channel activity is presumably preserved across gap junction families.
履歴
登録2016年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月26日-
マップ公開2016年12月7日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5h1q
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9570.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9570.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of an INX-6 hemichannel
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 160 pix.
= 196.8 Å		1.23 Å/pix.
x 160 pix.
= 196.8 Å		1.23 Å/pix.
x 160 pix.
= 196.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.10672728 - 0.16867076
平均 (標準偏差)0.000018914378 (±0.01083242)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 196.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.231.231.23
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z196.800196.800196.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ129141209
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.1070.1690.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : INX-6

全体名称: INX-6
要素
  • 複合体: INX-6
    • タンパク質・ペプチド: Innexin-6

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超分子 #1: INX-6

超分子名称: INX-6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

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分子 #1: Innexin-6

分子名称: Innexin-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 45.173766 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MASQVGAINS VNALISRVFV QPKGDLADRL NSRVTVVILA VSSALLLSSH FIGDPITCWT PAQFNAQWVN FVNQYCFVHG TYFVPLDQQ LAFEEEERTK VSIQYYQWVP YVFALQAFLF YIPRFIWKAM IAYSGYDLAA AVKYVDRFWS ENRDKDDKFK T RLAAFEGR ...文字列:
MASQVGAINS VNALISRVFV QPKGDLADRL NSRVTVVILA VSSALLLSSH FIGDPITCWT PAQFNAQWVN FVNQYCFVHG TYFVPLDQQ LAFEEEERTK VSIQYYQWVP YVFALQAFLF YIPRFIWKAM IAYSGYDLAA AVKYVDRFWS ENRDKDDKFK T RLAAFEGR PSVYIWDGIR LARKKRSRNM ALFYTLSTVW QAVNAWIQFY ILTQLLDSSI YTLWGPSILG DLLQGNDWQT TG HFPRIVH CDFNRRRPAS VQLDTVLCVL TLNIYYEKLF IFLWFWLVFV AVVSTVNCFK WIYYLCNKTK AQKTIKNYLS TAP IKSTIS DDQFFSALGE DGLFIMDQMA LNLGDIPASY LTISMRNICQ DFIESEDYID EERTPFVKSI KHT

UniProtKB: Innexin-6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3000SFF
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 7.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 74398
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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