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万見
- EMDB-9374: Single particle reconstruction of DARPin and its bound GFP on a s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9374
タイトルSingle particle reconstruction of DARPin and its bound GFP on a symmetric scaffold
マップデータRefinement of DARPin, GFP, and two adjacent trimers
試料
  • 複合体: Subunit A with DARPin + Subunit B + superfolder GFP
    • 複合体: superfolder GFP
      • タンパク質・ペプチド: superfolder GFP
    • 複合体: Subunit A with DARPin
      • タンパク質・ペプチド: Subunit A-DARPin
    • 複合体: Subunit B
      • タンパク質・ペプチド: DARP14 - Subunit B
キーワードprotein engineering / symmetric scaffold / small protein cryo-EM / display platform / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate delta-isomerase activity / Tautomerase/MIF superfamily / catabolic process / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ) / Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌) / Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) / Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Liu Y / Huynh D
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)S10RR23057 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)U24GM11679 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A 3.8 Å resolution cryo-EM structure of a small protein bound to an imaging scaffold.
著者: Yuxi Liu / Duc T Huynh / Todd O Yeates /
要旨: Proteins smaller than about 50 kDa are currently too small to be imaged at high resolution by cryo-electron microscopy (cryo-EM), leaving most protein molecules in the cell beyond the reach of this ...Proteins smaller than about 50 kDa are currently too small to be imaged at high resolution by cryo-electron microscopy (cryo-EM), leaving most protein molecules in the cell beyond the reach of this powerful structural technique. Here we use a designed protein scaffold to bind and symmetrically display 12 copies of a small 26 kDa protein, green fluorescent protein (GFP). We show that the bound cargo protein is held rigidly enough to visualize it at a resolution of 3.8 Å by cryo-EM, where specific structural features of the protein are visible. The designed scaffold is modular and can be modified through modest changes in its amino acid sequence to bind and display diverse proteins for imaging, thus providing a general method to break through the lower size limitation in cryo-EM.
履歴
登録2018年12月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月23日-
マップ公開2019年5月8日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 7.26
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 7.26
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nhv
  • 表面レベル: 7.26
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9374.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9374.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Refinement of DARPin, GFP, and two adjacent trimers
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å		1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å		1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 7.26 / ムービー #1: 7.26
最小 - 最大-28.381074999999999 - 42.377045000000003
平均 (標準偏差)-0.0012176203 (±0.93447405)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 305.27997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z305.280305.280305.280
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ288288288
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-28.38142.377-0.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_9374_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half body 1

ファイルemd_9374_half_map_1.map
注釈Half body 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half body 2

ファイルemd_9374_half_map_2.map
注釈Half body 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Subunit A with DARPin + Subunit B + superfolder GFP

全体名称: Subunit A with DARPin + Subunit B + superfolder GFP
要素
  • 複合体: Subunit A with DARPin + Subunit B + superfolder GFP
    • 複合体: superfolder GFP
      • タンパク質・ペプチド: superfolder GFP
    • 複合体: Subunit A with DARPin
      • タンパク質・ペプチド: Subunit A-DARPin
    • 複合体: Subunit B
      • タンパク質・ペプチド: DARP14 - Subunit B

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超分子 #1: Subunit A with DARPin + Subunit B + superfolder GFP

超分子名称: Subunit A with DARPin + Subunit B + superfolder GFP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: superfolder GFP

超分子名称: superfolder GFP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)

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超分子 #3: Subunit A with DARPin

超分子名称: Subunit A with DARPin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)

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超分子 #4: Subunit B

超分子名称: Subunit B / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

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分子 #1: superfolder GFP

分子名称: superfolder GFP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 26.623918 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSKGEELFTG VVPILVELDG DVNGHKFSVR GEGEGDATNG KLTLKFICTT GKLPVPWPTL VTTL(CRO)VQCFS RYPDHM KRH DFFKSAMPEG YVQERTISFK DDGTYKTRAE VKFEGDTLVN RIELKGIDFK EDGNILGHKL EYNFNSHNVY ITADKQK NG ...文字列:
MSKGEELFTG VVPILVELDG DVNGHKFSVR GEGEGDATNG KLTLKFICTT GKLPVPWPTL VTTL(CRO)VQCFS RYPDHM KRH DFFKSAMPEG YVQERTISFK DDGTYKTRAE VKFEGDTLVN RIELKGIDFK EDGNILGHKL EYNFNSHNVY ITADKQK NG IKANFKIRHN VEDGSVQLAD HYQQNTPIGD GPVLLPDNHY LSTQSALSKD PNEKRDHMVL LEFVTAAGIT HHHHHH

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分子 #2: DARP14 - Subunit B

分子名称: DARP14 - Subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 14.346274 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPHLVIEATA NLRLETSPGE LLEQANKALF ASGQFGEADI KSRFVTLEAY RQGTAAVERA YLHACLSILD GRDIATRTLL GASLCAVLA EAVAGGGEEG VQVSVEVREM ERLSYAKRVV ARQRLEHHHH HH

UniProtKB: 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

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分子 #3: Subunit A-DARPin

分子名称: Subunit A-DARPin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
分子量理論値: 34.71782 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRITTKVGDK GSTRLFGGEE VWKDSPIIEA NGTLDELTSF IGEAKHYVDE EMKGILEEIQ NDIYKIMGEI GSKGKIEGIS EERIAWLLK LILRYMEMVN LKSFVLPGGT LESAKLDVCR TIARRALRKV LTVTREFGIG AEAAAYLLAL SDLLFLLARV I EIEQGKKL ...文字列:
MRITTKVGDK GSTRLFGGEE VWKDSPIIEA NGTLDELTSF IGEAKHYVDE EMKGILEEIQ NDIYKIMGEI GSKGKIEGIS EERIAWLLK LILRYMEMVN LKSFVLPGGT LESAKLDVCR TIARRALRKV LTVTREFGIG AEAAAYLLAL SDLLFLLARV I EIEQGKKL LEAARAGQDD EVRILMANGA DVNAADDVGV TPLHLAAQRG HLEIVEVLLK CGADVNAADL WGQTPLHLAA TA GHLEIVE VLLKNGADVN ARDNIGHTPL HLAAWAGHLE IVEVLLKYGA DVNAQDKFGK TPFDLAIDNG NEDIAEVLQK AA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H11NO3Tris
500.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMC4H10O2S2DTT
0.5 %C3H8O3glycerol
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 2.5 microliter of sample, 0 sec wait, 0 sec drain, 3 sec blot, -15 blot force, grids pre-treated with 0.1% poly-lysine for 6 hours.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1929 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 963036
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

9373

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 91211
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
詳細: 3D classification on symmetry-expanded, signal subtracted particles without alignment
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6c9k

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5ma8

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4w6b

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細Initial local fitting by Chimera and individual residues refined using phenix.real_space_refine for the symmetric core and DARPin, rigid body refinement for GFP
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6nhv:
Single particle reconstruction of DARPin and its bound GFP on a symmetric scaffold

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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