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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9106 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of a group II intron retroelement after DNA integration | |||||||||||||||
マップデータ | group II intron retroelement | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | group II intron / retroelement / retrotransposition / RNA-DNA-RNA Binding Protein complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) / Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Haack D / Yan X | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM Structures of a Group II Intron Reverse Splicing into DNA. 著者: Daniel B Haack / Xiaodong Yan / Cheng Zhang / Jason Hingey / Dmitry Lyumkis / Timothy S Baker / Navtej Toor / 要旨: Group II introns are a class of retroelements that invade DNA through a copy-and-paste mechanism known as retrotransposition. Their coordinated activities occur within a complex that includes a ...Group II introns are a class of retroelements that invade DNA through a copy-and-paste mechanism known as retrotransposition. Their coordinated activities occur within a complex that includes a maturase protein, which promotes splicing through an unknown mechanism. The mechanism of splice site exchange within the RNA active site during catalysis also remains unclear. We determined two cryo-EM structures at 3.6-Å resolution of a group II intron reverse splicing into DNA. These structures reveal that the branch-site domain VI helix swings 90°, enabling substrate exchange during DNA integration. The maturase assists catalysis through a transient RNA-protein contact with domain VI that positions the branch-site adenosine for lariat formation during forward splicing. These findings provide the first direct evidence of the role the maturase plays during group II intron catalysis. The domain VI dynamics closely parallel spliceosomal branch-site helix movement and provide strong evidence for a retroelement origin of the spliceosome. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9106.map.gz | 14.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9106-v30.xml emd-9106.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9106_fsc.xml | 14.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9106.png | 149.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9106.cif.gz | 6.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9106 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9106 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9106_validation.pdf.gz | 387.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9106_full_validation.pdf.gz | 387.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9106_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9106_validation.cif.gz | 18.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9106 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9106 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9106.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | group II intron retroelement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.79 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : T.el4h group II intron retroelement
全体 | 名称: T.el4h group II intron retroelement |
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要素 |
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-超分子 #1: T.el4h group II intron retroelement
超分子 | 名称: T.el4h group II intron retroelement / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) |
-分子 #1: T.el4h RNA
分子 | 名称: T.el4h RNA / タイプ: other / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid |
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由来(天然) | 生物種: Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 280.854031 KDa |
配列 | 文字列: UUGCGACGCG AAAGCUAGCC AGAUGAUUGU CCCACUAGCC CAACAAGCUA GAACGGGACC GGUUGUUCCC CCAACCGUAG CCUAGGGAG GCAUGCGUGA CUGGUAACGG UCAGGUGUGA AGCCCUCCCG ACAAUGUAGC CCGAACCGCA AGGUUGAAGC U GAAUCCGU ...文字列: UUGCGACGCG AAAGCUAGCC AGAUGAUUGU CCCACUAGCC CAACAAGCUA GAACGGGACC GGUUGUUCCC CCAACCGUAG CCUAGGGAG GCAUGCGUGA CUGGUAACGG UCAGGUGUGA AGCCCUCCCG ACAAUGUAGC CCGAACCGCA AGGUUGAAGC U GAAUCCGU GAGGAGGAAG CAACUUCACC AGUGUCAGGU GAUAGGGAAC UAGGCUUGAG GGUAUGGUGA GCACAUGCGA AG UGAUGUC AGAAGCCUCG UCACAGACCA ACAGGCCAAA GACACUGAUA GGCCUGAGCC AAAACGGCAA AUGGAUAGGC UAC AUCGCU CGCUCGUCGG UGUACGGGGA CGUCAAUCCA UCGGGGCACA GUCACCACCU AACCCCUCGU GUCAUCUGGU UGGA ACGCG GUAAGCCCGU AUCCUCGCCU UGAACACUCA AGGCAGGCAA ACCGUAAGGA AUGCUGAUGG GGGUGCGGGU AUGGG AUGC AGGAGAAAGC GAAUGCCGGU CUGUAAUGGA CCGGAUAGGG GUUGAGGAGA CAAUCCAACA UCACCCCGCC CGAAAG GGA GCAGACUUCC UGCUGGUCUC UCUUUGCGAG AUAGCCUGUA GAACCUCUUG AAUGGAGACA AGGCAAAUGG CAGUGGA AC AAACCACUGG UGCGGUCACC AACCAAACGG AAACAAGCUG GCACAGCAUA GACUGGGCCA AAGCCAACCG UGAGGUAA A GAGGCUGCAA GUGCGUAUCG CAAAGGCGUU CGCGCCGGUU CCUCUUGAAA GAGGGGCUUU GAGAGGCCUG AGCCGGAUG UGGGGAAACU CACAAGUCCG GUUCUUAGGG GGCGGGGAUG GCAGUAAUGC CUCCCUGCUA CCCGGCG |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #2: Sense Target DNA
分子 | 名称: Sense Target DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 14.032991 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT) (DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT) (DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA) (DG) (DC)(DG)(DA)(DA)(DC) |
-分子 #3: Maturase reverse transcriptase
分子 | 名称: Maturase reverse transcriptase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア) 株: BP-1 |
分子量 | 理論値: 65.065121 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: METRQMAVEQ TTGAVTNQTE TSWHSIDWAK ANREVKRLQV RIAKAVKEGR WGKVKALQWL LTHSFYGKAL AVKRVTDNSG SKTPGVDGI TWSTQEQKAQ AIKSLRRRGY KPQPLRRVYI PKASGKQRPL GIPTTKDRAM QALYALALEP VAETTADRNS Y GFRQGRCT ...文字列: METRQMAVEQ TTGAVTNQTE TSWHSIDWAK ANREVKRLQV RIAKAVKEGR WGKVKALQWL LTHSFYGKAL AVKRVTDNSG SKTPGVDGI TWSTQEQKAQ AIKSLRRRGY KPQPLRRVYI PKASGKQRPL GIPTTKDRAM QALYALALEP VAETTADRNS Y GFRQGRCT ADAAGQCFTV LGRSDCAKYI LDADITGCFD NISHEWLLDN IPLDKEVLRK WLKSGFVWKQ QLFPTHAGTP QG GVISPML ANMTLDGMEE LLKKHLRKQK VNLIRYADDF VVTGESKETL EKVTTVIQEF LKERGLTLSE EKTKVVHIEE GFD FLGWNI RKYGEKLLIK PAKKNIKAFH KKIRDALKEL RTATQEAVID TLNPIIKGWA NYHRNQVSKR IFNRADDNIW HKLW RWAKR RHPNKPARWT KNKYFIKIGN RHWVFGTWKK DKEGRLRSRY LIKAGDTRIQ RHVKIKADAN PFLPEWAEYF EERKK LKEA PAQYRRIRRE LWKKQGGICP VCGGEIEQDM LTEIHHILPK HKGGSDDLDN LVLIHANCHK QVHSRDGQHS RFLLKE GL UniProtKB: Maturase reverse transcriptase |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 51 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |