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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8857 | |||||||||
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タイトル | MicroED structure of the segment, NFGEFS, from the A315E familial variant of the low complexity domain of TDP-43, residues 312-317 | |||||||||
![]() | NFGEFS from the A315E familial variant of the low complexity domain of TDP-43, residues 312-317 | |||||||||
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![]() | Amyloid / LARKS / TDP-43 / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | ![]() nuclear inner membrane organization / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / intracellular non-membrane-bounded organelle / negative regulation by host of viral transcription / pre-mRNA intronic binding / response to endoplasmic reticulum stress / RNA splicing ...nuclear inner membrane organization / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / intracellular non-membrane-bounded organelle / negative regulation by host of viral transcription / pre-mRNA intronic binding / response to endoplasmic reticulum stress / RNA splicing / negative regulation of protein phosphorylation / molecular condensate scaffold activity / mRNA 3'-UTR binding / regulation of protein stability / regulation of circadian rhythm / positive regulation of insulin secretion / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / positive regulation of protein import into nucleus / rhythmic process / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / regulation of apoptotic process / amyloid fibril formation / regulation of cell cycle / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / lipid binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.0 Å | |||||||||
![]() | Guenther EL / Sawaya MR | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Atomic structures of TDP-43 LCD segments and insights into reversible or pathogenic aggregation. 著者: Elizabeth L Guenther / Qin Cao / Hamilton Trinh / Jiahui Lu / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / David R Boyer / Jose A Rodriguez / Michael P Hughes / David S Eisenberg / ![]() 要旨: The normally soluble TAR DNA-binding protein 43 (TDP-43) is found aggregated both in reversible stress granules and in irreversible pathogenic amyloid. In TDP-43, the low-complexity domain (LCD) is ...The normally soluble TAR DNA-binding protein 43 (TDP-43) is found aggregated both in reversible stress granules and in irreversible pathogenic amyloid. In TDP-43, the low-complexity domain (LCD) is believed to be involved in both types of aggregation. To uncover the structural origins of these two modes of β-sheet-rich aggregation, we have determined ten structures of segments of the LCD of human TDP-43. Six of these segments form steric zippers characteristic of the spines of pathogenic amyloid fibrils; four others form LARKS, the labile amyloid-like interactions characteristic of protein hydrogels and proteins found in membraneless organelles, including stress granules. Supporting a hypothetical pathway from reversible to irreversible amyloid aggregation, we found that familial ALS variants of TDP-43 convert LARKS to irreversible aggregates. Our structures suggest how TDP-43 adopts both reversible and irreversible β-sheet aggregates and the role of mutation in the possible transition of reversible to irreversible pathogenic aggregation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 107.3 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 350.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.6 KB | ||
Filedesc structureFactors | ![]() | 31.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 320.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 319.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5wkbMC ![]() 7466C ![]() 7467C ![]() 5whnC ![]() 5whpC ![]() 5wiaC ![]() 5wiqC ![]() 5wkdC ![]() 6cb9C ![]() 6cewC ![]() 6cf4C ![]() 6cfhC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | NFGEFS from the A315E familial variant of the low complexity domain of TDP-43, residues 312-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.32402 Å / Y: 0.335 Å / Z: 0.30625 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Segment from TDP-43
全体 | 名称: Segment from TDP-43 |
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要素 |
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-超分子 #1: Segment from TDP-43
超分子 | 名称: Segment from TDP-43 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: TAR DNA-binding protein 43
分子 | 名称: TAR DNA-binding protein 43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 699.709 Da |
配列 | 文字列: NFGEFS UniProtKB: TAR DNA-binding protein 43 |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素 - 名称: 1x PBS / 詳細: 1x PBS, pH 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 平均電子線量: 3.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1840 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.0 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES |
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Molecular replacement | ソフトウェア - 名称: SHELXD |
Merging software list | ソフトウェア - 名称: XSCALE |
Crystallography statistics | Number intensities measured: 18942 / Number structure factors: 2032 / Fourier space coverage: 88.7 / R sym: 28.3 / R merge: 28.3 / Overall phase error: 0.001 / Overall phase residual: 0.001 / Phase error rejection criteria: 1 / High resolution: 1.0 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.0 Å / 殻 - Low resolution: 1.03 Å / 殻 - Number structure factors: 110 / 殻 - Phase residual: 0.001 / 殻 - Fourier space coverage: 78 / 殻 - Multiplicity: 4.8 |