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万見
- EMDB-8702: Structure of a mechanotransduction ion channel Drosophila NOMPC i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8702
タイトルStructure of a mechanotransduction ion channel Drosophila NOMPC in nanodisc
マップデータan ion channel in nano disc -- final sharpened map
試料
  • 複合体: Tetrameric channel
    • タンパク質・ペプチド: No mechanoreceptor potential C isoform L
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE
キーワードMembrane protein / Mechanotransduction Ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


sensory perception of touch / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / mechanosensory behavior / response to auditory stimulus / sensory perception of mechanical stimulus / cation channel complex / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / locomotion / ankyrin binding ...sensory perception of touch / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / mechanosensory behavior / response to auditory stimulus / sensory perception of mechanical stimulus / cation channel complex / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / locomotion / ankyrin binding / startle response / monoatomic cation transport / monoatomic ion channel activity / monoatomic cation channel activity / sensory perception of sound / calcium channel activity / cilium / cellular response to mechanical stimulus / calcium ion transport / neuronal cell body / dendrite / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...: / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
No mechanoreceptor potential C isoform L
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Jin P
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM098672 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD020054 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS069229 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)5R37NS040929 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1R35NS097227 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM098672 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD020054 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Electron cryo-microscopy structure of the mechanotransduction channel NOMPC.
著者: Peng Jin / David Bulkley / Yanmeng Guo / Wei Zhang / Zhenhao Guo / Walter Huynh / Shenping Wu / Shan Meltzer / Tong Cheng / Lily Yeh Jan / Yuh-Nung Jan / Yifan Cheng /
要旨: Mechanosensory transduction for senses such as proprioception, touch, balance, acceleration, hearing and pain relies on mechanotransduction channels, which convert mechanical stimuli into electrical ...Mechanosensory transduction for senses such as proprioception, touch, balance, acceleration, hearing and pain relies on mechanotransduction channels, which convert mechanical stimuli into electrical signals in specialized sensory cells. How force gates mechanotransduction channels is a central question in the field, for which there are two major models. One is the membrane-tension model: force applied to the membrane generates a change in membrane tension that is sufficient to gate the channel, as in the bacterial MscL channel and certain eukaryotic potassium channels. The other is the tether model: force is transmitted via a tether to gate the channel. The transient receptor potential (TRP) channel NOMPC is important for mechanosensation-related behaviours such as locomotion, touch and sound sensation across different species including Caenorhabditis elegans, Drosophila and zebrafish. NOMPC is the founding member of the TRPN subfamily, and is thought to be gated by tethering of its ankyrin repeat domain to microtubules of the cytoskeleton. Thus, a goal of studying NOMPC is to reveal the underlying mechanism of force-induced gating, which could serve as a paradigm of the tether model. NOMPC fulfils all the criteria that apply to mechanotransduction channels and has 29 ankyrin repeats, the largest number among TRP channels. A key question is how the long ankyrin repeat domain is organized as a tether that can trigger channel gating. Here we present a de novo atomic structure of Drosophila NOMPC determined by single-particle electron cryo-microscopy. Structural analysis suggests that the ankyrin repeat domain of NOMPC resembles a helical spring, suggesting its role of linking mechanical displacement of the cytoskeleton to the opening of the channel. The NOMPC architecture underscores the basis of translating mechanical force into an electrical signal within a cell.
履歴
登録2017年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月28日-
マップ公開2017年6月28日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5vkq
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8702.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8702.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈an ion channel in nano disc -- final sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.22 Å/pix.
x 400 pix.
= 486.24 Å		1.22 Å/pix.
x 400 pix.
= 486.24 Å		1.22 Å/pix.
x 400 pix.
= 486.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2156 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 10.0 / ムービー #1: 10
最小 - 最大-27.666853 - 60.020862999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000243273 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 486.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.21561.21561.2156
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z486.240486.240486.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-27.66760.021-0.000

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添付データ

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追加マップ: an ion channel in nano disc -- final unsharpened map

ファイルemd_8702_additional_1.map
注釈an ion channel in nano disc -- final unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: an ion channel in nano disc -- class 1

ファイルemd_8702_additional_2.map
注釈an ion channel in nano disc -- class 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: an ion channel in nano disc -- class 2

ファイルemd_8702_additional_3.map
注釈an ion channel in nano disc -- class 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: an ion channel in nano disc -- class 3

ファイルemd_8702_additional_4.map
注釈an ion channel in nano disc -- class 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: an ion channel in nano disc -- half volume 1

ファイルemd_8702_half_map_1.map
注釈an ion channel in nano disc -- half volume 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: an ion channel in nano disc -- half volume 2

ファイルemd_8702_half_map_2.map
注釈an ion channel in nano disc -- half volume 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric channel

全体名称: Tetrameric channel
要素
  • 複合体: Tetrameric channel
    • タンパク質・ペプチド: No mechanoreceptor potential C isoform L
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE

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超分子 #1: Tetrameric channel

超分子名称: Tetrameric channel / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 754.893 KDa

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分子 #1: No mechanoreceptor potential C isoform L

分子名称: No mechanoreceptor potential C isoform L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 188.978734 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSQPRGGRGG GRGGGVGRKT PSSLTGPPDE SATPSERATP ASKADSDPKD DSSSNGDKKD MDLFPAPKPP SAGASIRDTA NKVLGLAMK SEWTPIEAEL KKLEKYVANV GEDGNHIPLA GVHDMNTGMT PLMYATKDNK TAIMDRMIEL GADVGARNND N YNVLHIAA ...文字列:
MSQPRGGRGG GRGGGVGRKT PSSLTGPPDE SATPSERATP ASKADSDPKD DSSSNGDKKD MDLFPAPKPP SAGASIRDTA NKVLGLAMK SEWTPIEAEL KKLEKYVANV GEDGNHIPLA GVHDMNTGMT PLMYATKDNK TAIMDRMIEL GADVGARNND N YNVLHIAA MYSREDVVKL LLTKRGVDPF STGGSRSQTA VHLVSSRQTG TATNILRALL AAAGKDIRLK ADGRGKIPLL LA VESGNQS MCRELLAAQT AEQLKATTAN GDTALHLAAR RRDVDMVRIL VDYGTNVDTQ NGEGQTPLHI AAAEGDEALL KYF YGVRAS ASIADNQDRT PMHLAAENGH AHVIEILADK FKASIFERTK DGSTLMHIAS LNGHAECATM LFKKGVYLHM PNKD GARSI HTAAAYGHTG IINTLLQKGE KVDVTTNDNY TALHIAVESA KPAVVETLLG FGADVHVRGG KLRETPLHIA ARVKD GDRC ALMLLKSGAS PNLTTDDCLT PVHVAARHGN LATLMQLLED EGDPLYKSNT GETPLHMACR ACHPDIVRHL IETVKE KHG PDKATTYINS VNEDGATALH YTCQITKEEV KIPESDKQIV RMLLENGADV TLQTKTALET AFHYCAVAGN NDVLMEM IS HMNPTDIQKA MNRQSSVGWT PLLIACHRGH MELVNNLLAN HARVDVFDTE GRSALHLAAE RGYLHVCDAL LTNKAFIN S KSRVGRTALH LAAMNGFTHL VKFLIKDHNA VIDILTLRKQ TPLHLAAASG QMEVCQLLLE LGANIDATDD LGQKPIHVA AQNNYSEVAK LFLQQHPSLV NATSKDGNTC AHIAAMQGSV KVIEELMKFD RSGVISARNK LTDATPLQLA AEGGHADVVK ALVRAGASC TEENKAGFTA VHLAAQNGHG QVLDVLKSTN SLRINSKKLG LTPLHVAAYY GQADTVRELL TSVPATVKSE T PTGQSLFG DLGTESGMTP LHLAAFSGNE NVVRLLLNSA GVQVDAATIE NGYNPLHLAC FGGHMSVVGL LLSRSAELLQ SQ DRNGRTG LHIAAMHGHI QMVEILLGQG AEINATDRNG WTPLHCAAKA GHLEVVKLLC EAGASPKSET NYGCAAIWFA ASE GHNEVL RYLMNKEHDT YGLMEDKRFV YNLMVVSKNH NNKPIQEFVL VSPAPVDTAA KLSNIYIVLS TKEKERAKDL VAAG KQCEA MATELLALAA GSDSAGKILQ ATDKRNVEFL DVLIENEQKE VIAHTVVQRY LQELWHGSLT WASWKILLLL VAFIV CPPV WIGFTFPMGH KFNKVPIIKF MSYLTSHIYL MIHLSIVGIT PIYPVLRLSL VPYWYEVGLL IWLSGLLLFE LTNPSD KSG LGSIKVLVLL LGMAGVGVHV SAFLFVSKEY WPTLVYCRNQ CFALAFLLAC VQILDFLSFH HLFGPWAIII GDLLKDL AR FLAVLAIFVF GFSMHIVALN QSFANFSPED LRSFEKKNRN RGYFSDVRMH PINSFELLFF AVFGQTTTEQ TQVDKIKN V ATPTQPYWVE YLFKIVFGIY MLVSVVVLIQ LLIAMMSDTY QRIQAQSDIE WKFGLSKLIR NMHRTTTAPS PLNLVTTWF MWIVEKVKAR MKKKKRPSLV QMMGIRQASP RTKAGAKWLS KIKKDSVALS QVHLSPLGSQ ASFSQANQNR IENVADWEAI AKKYRALVG DEEGGSLKDS DAESGSQEGS GGQQPPAQVG RRAIKATLAD TTK

UniProtKB: No mechanoreceptor potential C isoform L

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分子 #2: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 32 / 式: PCF
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PCF:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.4 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC6H13NO4Bicine
500.0 mMNaClSalt
1.0 mMC10H16N2O8EDTA
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 92 % / チャンバー内温度: 20 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
詳細: 2.5 sec blot, -1 offset, whatman #1 filter paper on front side, plastic on back side.
詳細sample solubilized in nanodisc

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 83.0 K / 最高: 83.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1873 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm
最大 デフォーカス（補正後）: -3.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（補正後）: -1.4000000000000001 µm
倍率（補正後）: 41132 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.5 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN HCHST 3008 SINGLE TILT HIGH RESOLUTION HELIUM COOLING HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 190879
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: SIMPLE PRIME used to generate initial model
最終 再構成使用したクラス数: 5 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 175314
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 31600 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 125.7
得られたモデル

PDB-5vkq:
Structure of a mechanotransduction ion channel Drosophila NOMPC in nanodisc

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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