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- EMDB-8622: S. cerevisiae U1 snRNP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8622
タイトルS. cerevisiae U1 snRNP
マップデータS. cerevisiae U1 snRNP
試料
  • 複合体: S. cerevisiae U1 snRNP
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
    • RNA: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of RNA binding / mRNA splice site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / poly(U) RNA binding ...positive regulation of RNA binding / mRNA splice site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / poly(U) RNA binding / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U4 snRNP / U2 snRNP / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U1 snRNP / pre-mRNA 5'-splice site binding / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger ...Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / Zinc finger C2H2 superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Pre-mRNA-processing factor 39 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Protein NAM8 / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Pre-mRNA-processing factor 39 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Protein NAM8 / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42 / 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Li X / Liu S / Jiang J / Zhang L / Espinosa S / Hill RC / Hansen KC / Zhou ZH / Zhao R
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesGM114178 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesGM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesGM114178-02S2 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesAI094386 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: CryoEM structure of Saccharomyces cerevisiae U1 snRNP offers insight into alternative splicing.
著者: Xueni Li / Shiheng Liu / Jiansen Jiang / Lingdi Zhang / Sara Espinosa / Ryan C Hill / Kirk C Hansen / Z Hong Zhou / Rui Zhao /
要旨: U1 snRNP plays a critical role in 5'-splice site recognition and is a frequent target of alternative splicing factors. These factors transiently associate with human U1 snRNP and are not amenable for ...U1 snRNP plays a critical role in 5'-splice site recognition and is a frequent target of alternative splicing factors. These factors transiently associate with human U1 snRNP and are not amenable for structural studies, while their Saccharomyces cerevisiae (yeast) homologs are stable components of U1 snRNP. Here, we report the cryoEM structure of yeast U1 snRNP at 3.6 Å resolution with atomic models for ten core proteins, nearly all essential domains of its RNA, and five stably associated auxiliary proteins. The foot-shaped yeast U1 snRNP contains a core in the "ball-and-toes" region architecturally similar to the human U1 snRNP. All auxiliary proteins are in the "arch-and-heel" region and connected to the core through the Prp42/Prp39 paralogs. Our demonstration that homodimeric human PrpF39 directly interacts with U1C-CTD, mirroring yeast Prp42/Prp39, supports yeast U1 snRNP as a model for understanding how transiently associated auxiliary proteins recruit human U1 snRNP in alternative splicing.
履歴
登録2017年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月15日-
マップ公開2017年11月15日-
更新2019年7月24日-
現状2019年7月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6n7x
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8622.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8622.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈S. cerevisiae U1 snRNP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 320 pix.
= 435.2 Å		1.36 Å/pix.
x 320 pix.
= 435.2 Å		1.36 Å/pix.
x 320 pix.
= 435.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.2127786 - 0.34284478
平均 (標準偏差)-0.00002665508 (±0.007038105)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 435.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z435.200435.200435.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.2130.343-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : S. cerevisiae U1 snRNP

全体名称: S. cerevisiae U1 snRNP
要素
  • 複合体: S. cerevisiae U1 snRNP
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein A,TAP tag
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing factor 39
    • タンパク質・ペプチド: Protein NAM8
    • タンパク質・ペプチド: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component
    • タンパク質・ペプチド: Protein LUC7
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein E
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein F
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein G
    • RNA: RNA

+
超分子 #1: S. cerevisiae U1 snRNP

超分子名称: S. cerevisiae U1 snRNP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 34.506148 KDa
配列文字列: MNYNLSKYPD DVSRLFKPRP PLSYKRPTDY PYAKRQTNPN ITGVANLLST SLKHYMEEFP EGSPNNHLQR YEDIKLSKIK NAQLLDRRL QNWNPNVDPH IKDTDPYRTI FIGRLPYDLD EIELQKYFVK FGEIEKIRIV KDKITQKSKG YAFIVFKDPI S SKMAFKEI ...文字列:
MNYNLSKYPD DVSRLFKPRP PLSYKRPTDY PYAKRQTNPN ITGVANLLST SLKHYMEEFP EGSPNNHLQR YEDIKLSKIK NAQLLDRRL QNWNPNVDPH IKDTDPYRTI FIGRLPYDLD EIELQKYFVK FGEIEKIRIV KDKITQKSKG YAFIVFKDPI S SKMAFKEI GVHRGIQIKD RICIVDIERG RTVKYFKPRR LGGGLGGRGY SNRDSRLPGR FASASTSNPA ERNYAPRLPR RE TSSSAYS ADRYGSSTLD ARYRGNRPLL SAATPTAAVT SVYKSRNSRT RESQPAPKEA PDY

+
分子 #2: U1 small nuclear ribonucleoprotein C

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 27.106016 KDa
配列文字列: MTRYYCEYCH SYLTHDTLSV RKSHLVGKNH LRITADYYRN KARDIINKHN HKRRHIGKRG RKERENSSQN ETLKVTCLSN KEKRHIMHV KKMNQKELAQ TSIDTLKLLY DGSPGYSKVF VDANRFDIGD LVKASKLPQR ANEKSAHHSF KQTSRSRDET C ESNPFPRL ...文字列:
MTRYYCEYCH SYLTHDTLSV RKSHLVGKNH LRITADYYRN KARDIINKHN HKRRHIGKRG RKERENSSQN ETLKVTCLSN KEKRHIMHV KKMNQKELAQ TSIDTLKLLY DGSPGYSKVF VDANRFDIGD LVKASKLPQR ANEKSAHHSF KQTSRSRDET C ESNPFPRL NNPKKLEPPK ILSQWSNTIP KTSIFYSVDI LQTTIKESKK RMHSDGIRKP SSANGYKRRR YGN

+
分子 #3: U1 small nuclear ribonucleoprotein A,TAP tag

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein A,TAP tag / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: C-terminal TAP tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 55.59248 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSALYFQNLP SRPANKENYT RLLLKHINPN NKYAINPSLP LPHNKLQISS QPLMLLDDQM GLLEVSISRS SKMTNQAFLT FVTQEEADR FLEKYTTTAL KVQGRKVRMG KARTNSLLGL SIEMQKKKGN DETYNLDIKK VLKARKLKRK LRSDDICAKK F RLKRQIRR ...文字列:
MSALYFQNLP SRPANKENYT RLLLKHINPN NKYAINPSLP LPHNKLQISS QPLMLLDDQM GLLEVSISRS SKMTNQAFLT FVTQEEADR FLEKYTTTAL KVQGRKVRMG KARTNSLLGL SIEMQKKKGN DETYNLDIKK VLKARKLKRK LRSDDICAKK F RLKRQIRR LKHKLRSRKV EEAEIDRIVK EFETRRLENM KSQQENLKQS QKPLKRAKVS NTMENPPNKV LLIQNLPSGT TE QLLSQIL GNEALVEIRL VSVRNLAFVE YETVADATKI KNQLGSTYKL QNNDVTIGFA KGRRIPGLIN PWKRRWKKNF IAV SAANRF KKISSSGALD YDIPTTASEN LYFQGEFGLA QHDEAVDNKF NKEQQNAFYE ILHLPNLNEE QRNAFIQSLK DDPS QSANL LAEAKKLNDA QAPKVDNKFN KEQQNAFYEI LHLPNLNEEQ RNAFIQSLKD DPSQSANLLA EAKKLNDAQA PKVDA NHQZ

+
分子 #4: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 65.22202 KDa
配列文字列: MDKYTALIHD ENFSTLTLNV SRYPKSLAYW EKLLNYIVKA SAPICKSTEP QLLKLIRCTY SSMLNEFPYL ENYYIDFALL EYKLGNVSM SHKIFQRGLQ AFNQRSLLLW TSYLKFCNNV ISHQKQLFKK YETAEEYVGL HFFSGEFWDL YLEQISSRCT S SKKYWNVL ...文字列:
MDKYTALIHD ENFSTLTLNV SRYPKSLAYW EKLLNYIVKA SAPICKSTEP QLLKLIRCTY SSMLNEFPYL ENYYIDFALL EYKLGNVSM SHKIFQRGLQ AFNQRSLLLW TSYLKFCNNV ISHQKQLFKK YETAEEYVGL HFFSGEFWDL YLEQISSRCT S SKKYWNVL RKILEIPLHS FSKFYALWLQ RIDDIMDLKQ LSQLTSKDEL LKKLKIDINY SGRKGPYLQD AKKKLKKITK EM YMVVQYQ VLEIYSIFES KIYINYYTSP ETLVSSDEIE TWIKYLDYTI TLQTDSLTHL NFQRALLPLA HYDLVWIKYS KWL INSKND LLGAKNVLLM GLKFSLKKTE IIKLLYSVIC KLNEYVLLRN LLEKIESSYS DNVENVDDFE IFWDYLQFKT FCQN SLYSS RYSDSQSNGL LNKELFDKVW KRLSCKEKKS GQEILLNNLV QFYSKDTVEF VEKNIFQKII EFGWEYYLQN GMFWN CYCR LIYFDTSRSY LDKRQYIVRK IWPQIDKKFA QSVLPSLTEF CESYFPEEMD TLEEMFTEEP

+
分子 #5: Pre-mRNA-processing factor 39

分子名称: Pre-mRNA-processing factor 39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 74.834742 KDa
配列文字列: MPDETNFTIE DIEPRPDALR GLDTQFLQDN TALVQAYRGL DWSDISSLTQ MVDVIEQTVV KYGNPNDSIK LALETILWQI LRKYPLLFG FWKRFATIEY QLFGLKKSIA VLATSVKWFP TSLELWCDYL NVLCVNNPNE TDFIRNNFEI AKDLIGKQFL S HPFWDKFI ...文字列:
MPDETNFTIE DIEPRPDALR GLDTQFLQDN TALVQAYRGL DWSDISSLTQ MVDVIEQTVV KYGNPNDSIK LALETILWQI LRKYPLLFG FWKRFATIEY QLFGLKKSIA VLATSVKWFP TSLELWCDYL NVLCVNNPNE TDFIRNNFEI AKDLIGKQFL S HPFWDKFI EFEVGQKNWH NVQRIYEYII EVPLHQYARF FTSYKKFLNE KNLKTTRNID IVLRKTQTTV NEIWQFESKI KQ PFFNLGQ VLNDDLENWS RYLKFVTDPS KSLDKEFVMS VFDRCLIPCL YHENTWMMYI KWLTKKNISD EVVVDIYQKA NTF LPLDFK TLRYDFLRFL KRKYRSNNTL FNNIFNETVS RYLKIWPNDI LLMTEYLCML KRHSFKNSLD QSPKEILEKQ TSFT KILET SITNYINNQI DAKVHLQTLI NDKNLSIVVV ELIKTTWLVL KNNMQTRKYF NLYQKNILIK NSVPFWLTYY KFEKS NVNF TKLNKFIREL GVEIYLPTTV MNDILTDYKT FYLTHSNIVT YESSIIDSNT FDPILYPELK MSNPKYDPVL NTTANV DWH KKTEWKEAGH IGITTERPQI SNSIIECNSG TLIQKPISLP NFRNLEKINQ VKINDLYTEE FLKEGK

+
分子 #6: Protein NAM8

分子名称: Protein NAM8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 57.01084 KDa
配列文字列: MSYKQTTYYP SRGNLVRNDS SPYTNTISSE TNNSSTSVLS LQGASNVSLG TTGNQLYMGD LDPTWDKNTV RQIWASLGEA NINVRMMWN NTLNNGSRSS MGPKNNQGYC FVDFPSSTHA ANALLKNGML IPNFPNKKLK LNWATSSYSN SNNSLNNVKS G NNCSIFVG ...文字列:
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+
分子 #7: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component

分子名称: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 56.575277 KDa
配列文字列: MRPRRRGLAY HHTKPKGQLS QGHYPTTSND GQRRKVGNSE AFQSFDIWKN LDRIRSTKKN AGQFIKGSLL ILPMRTEDKQ QFDECMDEL HKYISKDILR CYPQKEQKDE GMLFYIVLKD FNILDSCFVL SVLLAFQKRL WMAPSEKSYF RVPKNINLTG S FYLPKNIE ...文字列:
MRPRRRGLAY HHTKPKGQLS QGHYPTTSND GQRRKVGNSE AFQSFDIWKN LDRIRSTKKN AGQFIKGSLL ILPMRTEDKQ QFDECMDEL HKYISKDILR CYPQKEQKDE GMLFYIVLKD FNILDSCFVL SVLLAFQKRL WMAPSEKSYF RVPKNINLTG S FYLPKNIE TGRGHIITSY RREQPSSSIV EVGFNVVPDF QQFQVKACHV SKFMNELSNF FSQVEFGKCE ANVINYFKRE YN RTYSQIS LALYELPLIG DGLFDIKSYI SKTRPIIETS KAQMIKHISE MKAYNEISGL QGDQFPRQQR PLSNSPSSNS ISS SQTIEA GATSYQTQPQ RHAVNKPSNV LNSSNRHSGP KTFEDGRYSE GNKPGFMTQD EIKQHCIGTI KASMDAVKKK SSYQ ILKTY VRCPRQNYID IVYQNLNDLR SKTNCNIVVL NLNNLHESQM WLESLNTTNY TIFAQAPHPS TIRVISIGGV GEYIV KALE LILNILEH

+
分子 #8: Protein LUC7

分子名称: Protein LUC7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 30.245885 KDa
配列文字列: MSTMSTPAAE QRKLVEQLMG RDFSFRHNRY SHQKRDLGLH DPKICKSYLV GECPYDLFQG TKQSLGKCPQ MHLTKHKIQY EREVKQGKT FPEFEREYLA ILSRFVNECN GQISVALQNL KHTAEERMKI QQVTEELDVL DVRIGLMGQE IDSLIRADEV S MGMLQSVK ...文字列:
MSTMSTPAAE QRKLVEQLMG RDFSFRHNRY SHQKRDLGLH DPKICKSYLV GECPYDLFQG TKQSLGKCPQ MHLTKHKIQY EREVKQGKT FPEFEREYLA ILSRFVNECN GQISVALQNL KHTAEERMKI QQVTEELDVL DVRIGLMGQE IDSLIRADEV S MGMLQSVK LQELISKRKE VAKRVRNITE NVGQSAQQKL QVCEVCGAYL SRLDTDRRLA DHFLGKIHLG YVKMREDYDR LM KNNRTTN ASKTATTLPG RRFV

+
分子 #9: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.42699 KDa
配列文字列: MSKIQVAHSS RLANLIDYKL RVLTQDGRVY IGQLMAFDKH MNLVLNECIE ERVPKTQLDK LRPRKDSKDG TTLNIKVEKR VLGLTILRG EQILSTVVED KPLLSKKERL VRDKKEKKQA QKQTKLRKEK EKKPGKIAKP NTANAKHTSS NSREIAQPSS S RYNGGNDN ...文字列:
MSKIQVAHSS RLANLIDYKL RVLTQDGRVY IGQLMAFDKH MNLVLNECIE ERVPKTQLDK LRPRKDSKDG TTLNIKVEKR VLGLTILRG EQILSTVVED KPLLSKKERL VRDKKEKKQA QKQTKLRKEK EKKPGKIAKP NTANAKHTSS NSREIAQPSS S RYNGGNDN IGANRSRFNN EAPPQTRKFQ PPPGFKRK

+
分子 #10: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 16.296798 KDa
配列文字列:
MKLVNFLKKL RNEQVTIELK NGTTVWGTLQ SVSPQMNAIL TDVKLTLPQP RLNKLNSNGI AMASLYLTGG QQPTASDNIA SLQYINIRG NTIRQIILPD SLNLDSLLVD QKQLNSLRRS GQIANDPSKK RRRDFGAPAN KRPRRGL

+
分子 #11: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 12.876066 KDa
配列文字列:
MSSQIIDRPK HELSRAELEE LEEFEFKHGP MSLINDAMVT RTPVIISLRN NHKIIARVKA FDRHCNMVLE NVKELWTEKK GKNVINRER FISKLFLRGD SVIVVLKTPV E

+
分子 #12: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 11.240139 KDa
配列文字列:
MTMNGIPVKL LNEAQGHIVS LELTTGATYR GKLVESEDSM NVQLRDVIAT EPQGAVTHMD QIFVRGSQIK FIVVPDLLKN APLFKKNSS RPMPPIRGPK RR

+
分子 #13: Small nuclear ribonucleoprotein E

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 10.385098 KDa
配列文字列:
MSNKVKTKAM VPPINCIFNF LQQQTPVTIW LFEQIGIRIK GKIVGFDEFM NVVIDEAVEI PVNSADGKED VEKGTPLGKI LLKGDNITL ITSAD

+
分子 #14: Small nuclear ribonucleoprotein F

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 9.669945 KDa
配列文字列:
MSESSDISAM QPVNPKPFLK GLVNHRVGVK LKFNSTEYRG TLVSTDNYFN LQLNEAEEFV AGVSHGTLGE IFIRCNNVLY IRELPN

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分子 #15: Small nuclear ribonucleoprotein G

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.490809 KDa
配列文字列:
MVSTPELKKY MDKKILLNIN GSRKVAGILR GYDIFLNVVL DDAMEINGED PANNHQLGLQ TVIRGNSIIS LEALDAI

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分子 #16: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 16 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 182.114516 KDa
配列文字列: AUACUUACCU UAAGAUAUCA GAGGAGAUCA AGAAGUCCUA CUGAUCAAAC AUGCGCUUCC AAUAGUAGAA GGACGUUAAG CAUUUAUCA UUGAACUAUA AUUGUUCAUU GAAGUCAUUG AUGCAAACUC CUUGGUCACA CACACAUACG GCGCGGAAGG C GUGUUUGC ...文字列:
AUACUUACCU UAAGAUAUCA GAGGAGAUCA AGAAGUCCUA CUGAUCAAAC AUGCGCUUCC AAUAGUAGAA GGACGUUAAG CAUUUAUCA UUGAACUAUA AUUGUUCAUU GAAGUCAUUG AUGCAAACUC CUUGGUCACA CACACAUACG GCGCGGAAGG C GUGUUUGC UGACGUUUCC AUUCCCUUGU UUCAAUCAUU GGUUAAUCCC UUGAUUCCUU UGGGGAUUUU UGGGUUAAAC UG AUUUUUG GGGCCCUUUG UUUCUUCUGC CUGGAGAAGU UUGACACCAA AUUCAAAUUG GUGUUAGGGG AGCUGGGGCC UUU CAAAAG AGAGCUUUGU AGAGGCAUUC UUUUUGACUA CUUUUCUCUA GCGUGCCAUU UUAGUUUUUG ACGGCAGAUU CGAA UGAAC UUAAGUUUAU GAUGAAGGUA UGGCUGUUGA GAUUAUUUGG UCGGGAUUGU AGUUUGAAGA UGUGCUCUUU UGAGC AGUC UCAACUUUGC UCGUUCCCGU UAUGGGAAAA AUUUUGGAAG GUCUUGGUAG GAACGGGUGG AUCUUAUAAU UUUUGA UUU AUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 1.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 352900
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6n7x:
S. cerevisiae U1 snRNP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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