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- EMDB-8462: Thermus thermophilus V/A-ATPase bound to VH dAbs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8462
タイトルThermus thermophilus V/A-ATPase bound to VH dAbs
マップデータThermus thermophilus V/A-ATPase bound to VH dAb
試料
  • 複合体: Thermus thermophilus V/A-ATPase bound to VH dAbs
    • タンパク質・ペプチド: V-type ATP synthase alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: V-type ATP synthase beta chain
    • タンパク質・ペプチド: V-type ATP synthase subunit E
    • タンパク質・ペプチド: V-type ATPase subunit G
    • タンパク質・ペプチド: V-type ATP synthase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: V-type ATP synthase subunit F
    • タンパク質・ペプチド: V-type ATP synthase subunit C
    • タンパク質・ペプチド: Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar type ATP synthase subunit
    • タンパク質・ペプチド: Human heavy chain domain antibody
キーワードV/A-ATPase / membrane protein / complex / antibody / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / H+-transporting two-sector ATPase / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism ...proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / H+-transporting two-sector ATPase / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATPase binding / lysosomal membrane / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
V-type ATP synthase subunit I, N-terminal / Vacuolar ATPase subunit I, N-terminal proximal lobe / Vacuolar ATPase Subunit I N-terminal proximal lobe / V-type ATPase subunit I, N-terminal domain / ATPase, V0 complex, c subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit F, bacterial/archaeal / V-ATPase proteolipid subunit / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d ...V-type ATP synthase subunit I, N-terminal / Vacuolar ATPase subunit I, N-terminal proximal lobe / Vacuolar ATPase Subunit I N-terminal proximal lobe / V-type ATPase subunit I, N-terminal domain / ATPase, V0 complex, c subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit F, bacterial/archaeal / V-ATPase proteolipid subunit / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / V-type ATP synthase subunit I / V-type ATP synthase subunit D / F0F1 ATP synthase subunit C / V-type ATP synthase subunit E / V-type ATP synthase subunit C / V-type ATP synthase subunit F / V-type ATP synthase alpha chain / V-type ATP synthase beta chain / V-type ATP synthase, subunit (VAPC-THERM) ...Uncharacterized protein / V-type ATP synthase subunit I / V-type ATP synthase subunit D / F0F1 ATP synthase subunit C / V-type ATP synthase subunit E / V-type ATP synthase subunit C / V-type ATP synthase subunit F / V-type ATP synthase alpha chain / V-type ATP synthase beta chain / V-type ATP synthase, subunit (VAPC-THERM) / V-type ATP synthase subunit I / V-type ATP synthase, subunit K / V-type ATP synthase beta chain / V-type ATP synthase subunit D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Davies RB / Smits C / Wong ASW / Stock D / Sandin S / Stewart AG
資金援助 オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1022143 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1047004 オーストラリア
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM analysis of a domain antibody bound rotary ATPase complex.
著者: Roberta B Davies / Callum Smits / Andrew S W Wong / Daniela Stock / Mary Christie / Sara Sandin / Alastair G Stewart /
要旨: The bacterial A/V-type ATPase/synthase rotary motor couples ATP hydrolysis/synthesis with proton translocation across biological membranes. The A/V-type ATPase/synthase from Thermus thermophilus has ...The bacterial A/V-type ATPase/synthase rotary motor couples ATP hydrolysis/synthesis with proton translocation across biological membranes. The A/V-type ATPase/synthase from Thermus thermophilus has been extensively studied both structurally and functionally for many years. Here we provide an 8.7Å resolution cryo-electron microscopy 3D reconstruction of this complex bound to single-domain antibody fragments, small monomeric antibodies containing just the variable heavy domain. Docking of known structures into the density revealed the molecular orientation of the domain antibodies, suggesting that structure determination of co-domain antibody:protein complexes could be a useful avenue for unstable or smaller proteins. Although previous studies suggested that the presence of fluoroaluminate in this complex could change the rotary state of this enzyme, we observed no gross structural rearrangements under these conditions.
履歴
登録2016年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年11月9日-
マップ公開2017年2月1日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.1
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  • 原子モデル: PDB-5tsj
  • 表面レベル: 0.1
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8462.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8462.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Thermus thermophilus V/A-ATPase bound to VH dAb
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.91 Å/pix.
x 178 pix.
= 339.98 Å		1.91 Å/pix.
x 178 pix.
= 339.98 Å		1.91 Å/pix.
x 178 pix.
= 339.98 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.91 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.109 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.061157163 - 0.22807963
平均 (標準偏差)-0.000024600811 (±0.023184929)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ178178178
Spacing178178178
セルA=B=C: 339.97998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.911.911.91
M x/y/z178178178
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z339.980339.980339.980
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS178178178
D min/max/mean-0.0610.228-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Thermus thermophilus V/A-ATPase bound to VH dAbs

全体名称: Thermus thermophilus V/A-ATPase bound to VH dAbs
要素
  • 複合体: Thermus thermophilus V/A-ATPase bound to VH dAbs
    • タンパク質・ペプチド: V-type ATP synthase alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: V-type ATP synthase beta chain
    • タンパク質・ペプチド: V-type ATP synthase subunit E
    • タンパク質・ペプチド: V-type ATPase subunit G
    • タンパク質・ペプチド: V-type ATP synthase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: V-type ATP synthase subunit F
    • タンパク質・ペプチド: V-type ATP synthase subunit C
    • タンパク質・ペプチド: Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar type ATP synthase subunit
    • タンパク質・ペプチド: Human heavy chain domain antibody

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超分子 #1: Thermus thermophilus V/A-ATPase bound to VH dAbs

超分子名称: Thermus thermophilus V/A-ATPase bound to VH dAbs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: V-type ATP synthase alpha chain

分子名称: V-type ATP synthase alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 63.628902 KDa
配列文字列: MIQGVIQKIA GPAVIAKGML GARMYDICKV GEEGLVGEII RLDGDTAFVQ VYEDTSGLKV GEPVVSTGLP LAVELGPGML NGIYDGIQR PLERIREKTG IYITRGVVVH ALDREKKWAW TPMVKPGDEV RGGMVLGTVP EFGFTHKILV PPDVRGRVKE V KPAGEYTV ...文字列:
MIQGVIQKIA GPAVIAKGML GARMYDICKV GEEGLVGEII RLDGDTAFVQ VYEDTSGLKV GEPVVSTGLP LAVELGPGML NGIYDGIQR PLERIREKTG IYITRGVVVH ALDREKKWAW TPMVKPGDEV RGGMVLGTVP EFGFTHKILV PPDVRGRVKE V KPAGEYTV EEPVVVLEDG TELKMYHTWP VRRARPVQRK LDPNTPFLTG MRILDVLFPV AMGGTAAIPG PFGSGKTVTQ QS LAKWSNA DVVVYVGCGE RGNEMTDVLV EFPELTDPKT GGPLMHRTVL IANTSNMPVA AREASIYVGV TIAEYFRDQG FSV ALMADS TSRWAEALRE ISSRLEEMPA EEGYPPYLAA RLAAFYERAG KVITLGGEEG AVTIVGAVSP PGGDMSEPVT QSTL RIVGA FWRLDASLAF RRHFPAINWN GSYSLFTSAL DPWYRENVAE DYPELRDAIS ELLQREAGLQ EIVQLVGPDA LQDAE RLVI EVGRIIREDF LQQNAYHEVD AYCSMKKAYG IMKMILAFYK EAEAAIKRGV SIDEILQLPV LERIGRARYV SEEEFP AYF EEAMKEIQGA FKAL

UniProtKB: V-type ATP synthase alpha chain

+
分子 #2: V-type ATP synthase beta chain

分子名称: V-type ATP synthase beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 50.850738 KDa
配列文字列: EYTGITYISG PLLFVENAKD LAYGAIVDIK DGTGRVRGGQ VIEVSEEYAV IQVFEETTGL DLATTSVSLV EDVARLGVSK EMLGRRFNG IGKPIDGLPP ITPEKRLPIT GLPLNPVARR KPEQFIQTGI STIDVMNTLV RGQKLPIFSG SGLPANEIAA Q IARQATVR ...文字列:
EYTGITYISG PLLFVENAKD LAYGAIVDIK DGTGRVRGGQ VIEVSEEYAV IQVFEETTGL DLATTSVSLV EDVARLGVSK EMLGRRFNG IGKPIDGLPP ITPEKRLPIT GLPLNPVARR KPEQFIQTGI STIDVMNTLV RGQKLPIFSG SGLPANEIAA Q IARQATVR PDLSGEGEKE EPFAVVFAAM GITQRELSYF IQEFERTGAL SRSVLFLNKA DDPTIERILT PRMALTVAEY LA FEHDYHV LVILTDMTNY CEALREIGAA REEIPGRRGY PGYMYTDLAT IYERAGVVEG KKGSVTQIPI LSMPDDDRTH PIP DLTGYI TEGQIQLSRE LHRKGIYPPI DPLPSLSRLM NNGVGKGKTR EDHKQVSDQL YSAYANGVDI RKLVAIIGED ALTE NDRRY LQFADAFERF FINQGQQNRS IEESLQIAWA LLSMLPQGEL KRISKDHIGK YY

UniProtKB: V-type ATP synthase beta chain

+
分子 #3: V-type ATP synthase subunit E

分子名称: V-type ATP synthase subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 20.481418 KDa
配列文字列:
KLEAILSQEV EAEIQALLQE AEAKAEAVKR EAEEKAKALL QARERALEAQ YRAALRRAES AGELLVATAR TQARGEVLEE VRRRVREAL EALPQKPEWP EVVRKLALEA LEALPGAKAL VANPEDLPHL EAMARERGVE LQAEPALRLG VRAVGAEGKT Q VENSLLAR MDRAWDAMSS KVAQALWG

UniProtKB: V-type ATP synthase subunit E

+
分子 #4: V-type ATPase subunit G

分子名称: V-type ATPase subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 11.752551 KDa
配列文字列:
GMGGLGLIKS LAEKEKQLLE RLEAAKKEAE ERVKRAEAEA KALLEEAEAK AKALEAQYRE RERAETEALL ARYRERAEAE AKAVREKAM ARLDEAVALV LKEVLP

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #5: V-type ATP synthase subunit D

分子名称: V-type ATP synthase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 23.350973 KDa
配列文字列: SQVSPTRMNL LQRRGQLRLA QKGVDLLKKK RDALVAEFFG LVREAMEARK ALDQAAKEAY AALLLAQAFD GPEVVAGAAL GVPPLEGVE AEVENVWGSK VPRLKATFPD GALLSPVGTP AYTLEASRAF RRYAEALIRV ANTETRLKKI GEEIKKTTRR V NALEQVVI ...文字列:
SQVSPTRMNL LQRRGQLRLA QKGVDLLKKK RDALVAEFFG LVREAMEARK ALDQAAKEAY AALLLAQAFD GPEVVAGAAL GVPPLEGVE AEVENVWGSK VPRLKATFPD GALLSPVGTP AYTLEASRAF RRYAEALIRV ANTETRLKKI GEEIKKTTRR V NALEQVVI PGIRAQIRFI QQVLEQRERE DTFRLKRIKG KIEAREAEEE GG

UniProtKB: V-type ATP synthase subunit D

+
分子 #6: V-type ATP synthase subunit F

分子名称: V-type ATP synthase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 10.824321 KDa
配列文字列:
MAVIADPETA QGFRLAGLEG YGASSAEEAQ SLLETLVERG GYALVAVDEA LLPDPERAVE RLMRGRDLPV LLPIAGLKEA FQGHDVEGY MRELVRKTIG F

UniProtKB: V-type ATP synthase subunit F

+
分子 #7: V-type ATP synthase subunit C

分子名称: V-type ATP synthase subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 35.96857 KDa
配列文字列: MADDFAYLNA RVRVRRGTLL KESFFQEALD LSFADFLRLL SETVYGGELA GQGLPDVDRA VLRTQAKLVG DLPRLVTGEA REAVRLLLL RNDLHNLQAL LRAKATGRPF EEVLLLPGTL REEVWRQAYE AQDPAGMAQV LAVPGHPLAR ALRAVLRETQ D LARVEALL ...文字列:
MADDFAYLNA RVRVRRGTLL KESFFQEALD LSFADFLRLL SETVYGGELA GQGLPDVDRA VLRTQAKLVG DLPRLVTGEA REAVRLLLL RNDLHNLQAL LRAKATGRPF EEVLLLPGTL REEVWRQAYE AQDPAGMAQV LAVPGHPLAR ALRAVLRETQ D LARVEALL AKRFFEDVAK AAKGLDQPAL RDYLALEVDA ENLRTAFKLQ GSGLAPDAFF LKGGRFVDRV RFARLMEGDY AV LDELSGT PFSGLSGVRD LKALERGLRC VLLKEAKKGV QDPLGVGLVL AYVKEREWEA VRLRLLARRA YFGLPRAQVE EEV VCP

UniProtKB: V-type ATP synthase subunit C

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分子 #8: Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I

分子名称: Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 72.272453 KDa
配列文字列: MIAPMEKLVL AGPKGRAKEL LQSLQQAGVV HLETLRPEAL SAYQLSPEER AELRRWEAVS AGAEHTLSLL GLEAEPARPF PEGLEAAEK ALSPIQAHAE GLTRQKQELE EELALAQAYL EPLERLAALA HGLDKSPFLR VIPFLLTEKE LPLVEEALRK A LEDRYLLA ...文字列:
MIAPMEKLVL AGPKGRAKEL LQSLQQAGVV HLETLRPEAL SAYQLSPEER AELRRWEAVS AGAEHTLSLL GLEAEPARPF PEGLEAAEK ALSPIQAHAE GLTRQKQELE EELALAQAYL EPLERLAALA HGLDKSPFLR VIPFLLTEKE LPLVEEALRK A LEDRYLLA HEAYAGGVPA LVVVHRKEVD QAKAALSRAG VAELRLPGAL GELPLSEAAR RLKERAEAAP RELSEVRQHL AK LARESAS TLQSLWTRAQ DEVARLKALE ELASGRFGFA LLGYVPVKAK PKVEEALARH KENVVYAFEP VDEHHEADRI PVV LDNPPW VKPFELLVSF LNTPKYGTFD PTPVVPIFFP FWFGMIVGDI GYALLFYLVG RWLSGYVKRN EPLVIDLFAL KLKP PVLAK LVYILNWMVF WTVVWGLIYG EFFGTFLEHL GVFGTPEHPG LIPILIHRID TAKTANLLIL LSVAFGVVMV FAGLI LRAY LGLKHRHMAH FWEGVGYLGG LLGILALAAS YLGNLQAGWL SALMYLGFGV FLLSVVMSSI WLMIPEIFTQ AGHILS HIR IYAVGAAGGI LAGLLTDVGF AMAERLGLIG VLLGIVVAGV LHLLILLLTT LGHMLQPIRL IWVEFFTKFG FYEENGR PY RPFKSVRETQ

UniProtKB: V-type ATP synthase subunit I

+
分子 #9: Vacuolar type ATP synthase subunit

分子名称: Vacuolar type ATP synthase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
分子量理論値: 9.841714 KDa
配列文字列:
MKKLLVTVLL AVFGALAFAA EEAAASGGLD RGLIAVGMGL AVGLAALGTG VAQARIGAAG VGAIAEDRSN FGTALIFLLL PETLVIFGL LIAFILNGRL

UniProtKB: F0F1 ATP synthase subunit C

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分子 #10: Human heavy chain domain antibody

分子名称: Human heavy chain domain antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.345025 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
STEVQLLESG GGLVQPGGSL RLSCAASGFT FSTYMMSWVR QAPGKGLEWV SSIEGSGSKT YYADSVKGRF TISRDNSKNT LYLQMNSLR AEDTAVYYCA KRDSSFGFDY WGQGTLVTVS SAAALEIKRA SQPELAPEDP EDVEHHHHHH

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 13.8 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8016

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 61045
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5tsj:
Thermus thermophilus V/A-ATPase bound to VH dAbs

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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