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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8359 | |||||||||
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タイトル | Autoinhibited E. coli ATP synthase state 3 | |||||||||
マップデータ | Autoinhibited E. coli ATP synthase state 3 | |||||||||
試料 |
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キーワード | ATP synthase / ATPase / rotary motor / membrane protein / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / lipid binding ...proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.53 Å | |||||||||
データ登録者 | Sobti M / Smits C / Wong AS / Ishmukhametov R / Stock D / Sandin S / Stewart AG | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2016 タイトル: Cryo-EM structures of the autoinhibited ATP synthase in three rotational states. 著者: Meghna Sobti / Callum Smits / Andrew Sw Wong / Robert Ishmukhametov / Daniela Stock / Sara Sandin / Alastair G Stewart / 要旨: A molecular model that provides a framework for interpreting the wealth of functional information obtained on the F-ATP synthase has been generated using cryo-electron microscopy. Three different ...A molecular model that provides a framework for interpreting the wealth of functional information obtained on the F-ATP synthase has been generated using cryo-electron microscopy. Three different states that relate to rotation of the enzyme were observed, with the central stalk's ε subunit in an extended autoinhibitory conformation in all three states. The F motor comprises of seven transmembrane helices and a decameric c-ring and invaginations on either side of the membrane indicate the entry and exit channels for protons. The proton translocating subunit contains near parallel helices inclined by ~30° to the membrane, a feature now synonymous with rotary ATPases. For the first time in this rotary ATPase subtype, the peripheral stalk is resolved over its entire length of the complex, revealing the F attachment points and a coiled-coil that bifurcates toward the membrane with its helices separating to embrace subunit from two sides. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8359.map.gz | 53.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8359-v30.xml emd-8359.xml | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8359_fsc.xml | 8.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8359.png | 40.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-8359.cif.gz | 6.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8359 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8359 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8359_validation.pdf.gz | 486.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8359_full_validation.pdf.gz | 485.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8359_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8359_validation.cif.gz | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8359 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8359 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8359.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Autoinhibited E. coli ATP synthase state 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : ATP synthase
+超分子 #1: ATP synthase
+分子 #1: ATP synthase subunit alpha
+分子 #2: ATP synthase subunit beta
+分子 #3: ATP synthase gamma chain
+分子 #4: ATP synthase epsilon chain
+分子 #5: ATP synthase subunit b
+分子 #6: ATP synthase subunit a
+分子 #7: ATP synthase subunit delta
+分子 #8: ATP synthase subunit c
+分子 #9: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #10: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 29.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |