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- EMDB-8014: Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8014
タイトルBody region of the U4/U6.U5 tri-snRNP
マップデータCentral region of the U4/U6.U5 tri-snRNP comprising Prp8, Dib1, Prp31, Prp6, Prp4, Prp3, Snu13, U4 snRNA and U6 snRNA
試料
  • 複合体: Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP complex
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
キーワードTranscription / snRNP / spliceosome / RNA-protein complex / U4/U6.U5 snRNP
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / snoRNA splicing / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of RNA binding / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / spliceosomal tri-snRNP complex / U4 snRNA binding ...spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / snoRNA splicing / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of RNA binding / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / spliceosomal tri-snRNP complex / U4 snRNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4 snRNP / U3 snoRNA binding / positive regulation of miRNA metabolic process / precatalytic spliceosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / nucleic acid binding / cytosolic large ribosomal subunit / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain ...Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Dim1 family / Mitosis protein DIM1 / Mitosis protein DIM1 / PRP1 splicing factor, N-terminal / PRP1 splicing factor, N-terminal / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / NOSIC / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Sec63 Brl domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Tetratricopeptide repeats / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / C2 domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Helicase conserved C-terminal domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thioredoxin-like superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing factor 6 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Pre-mRNA-processing factor 31 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Spliceosomal protein DIB1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Nguyen THD / Galej WP
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution.
著者: Thi Hoang Duong Nguyen / Wojciech P Galej / Xiao-Chen Bai / Chris Oubridge / Andrew J Newman / Sjors H W Scheres / Kiyoshi Nagai /
要旨: U4/U6.U5 tri-snRNP represents a substantial part of the spliceosome before activation. A cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution led ...U4/U6.U5 tri-snRNP represents a substantial part of the spliceosome before activation. A cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution led to an essentially complete atomic model comprising 30 proteins plus U4/U6 and U5 small nuclear RNAs (snRNAs). The structure reveals striking interweaving interactions of the protein and RNA components, including extended polypeptides penetrating into subunit interfaces. The invariant ACAGAGA sequence of U6 snRNA, which base-pairs with the 5'-splice site during catalytic activation, forms a hairpin stabilized by Dib1 and Prp8 while the adjacent nucleotides interact with the exon binding loop 1 of U5 snRNA. Snu114 harbours GTP, but its putative catalytic histidine is held away from the γ-phosphate by hydrogen bonding to a tyrosine in the amino-terminal domain of Prp8. Mutation of this histidine to alanine has no detectable effect on yeast growth. The structure provides important new insights into the spliceosome activation process leading to the formation of the catalytic centre.
履歴
登録2015年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年1月27日-
マップ公開2016年1月27日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5gap
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8014.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8014.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Central region of the U4/U6.U5 tri-snRNP comprising Prp8, Dib1, Prp31, Prp6, Prp4, Prp3, Snu13, U4 snRNA and U6 snRNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.43 Å/pix.
x 380 pix.
= 543.4 Å		1.43 Å/pix.
x 380 pix.
= 543.4 Å		1.43 Å/pix.
x 380 pix.
= 543.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.43 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.2323884 - 0.32634056
平均 (標準偏差)-0.0001666498 (±0.0078094634)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 543.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.431.431.43
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z543.400543.400543.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-190-190-190
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-0.2320.326-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP complex

全体名称: Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP complex
要素
  • 複合体: Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP complex
    • RNA: U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67
    • RNA: U6 snRNA
    • RNA: U5 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: unknown protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor 8
    • タンパク質・ペプチド: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor 6
    • タンパク質・ペプチド: Spliceosomal protein DIB1
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing factor 31
    • タンパク質・ペプチド: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3
    • タンパク質・ペプチド: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2

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超分子 #1: Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP complex

超分子名称: Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67

分子名称: U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67 / タイプ: rna / ID: 1 / 詳細: U4 snRNA 5' region, nucleotides 1-67. / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 21.528688 KDa
配列文字列:
AUCCUUAUGC ACGGGAAAUA CGCAUAUCAG UGAGGAUUCG UCCGAGAUUG UGUUUUUGCU GGUUGAA

GENBANK: GENBANK: CP011083.1

+
分子 #2: U6 snRNA

分子名称: U6 snRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 35.883176 KDa
配列文字列:
GUUCGCGAAG UAACCCUUCG UGGACAUUUG GUCAAUUUGA AACAAUACAG AGAUGAUCAG CAGUUCCCCU GCAUAAGGAU GAACCGUUU UACAAAGAGA UUUAUUUCGU UUU

GENBANK: GENBANK: CP011090.1

+
分子 #3: U5 snRNA

分子名称: U5 snRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 68.643344 KDa
配列文字列: AAGCAGCUUU ACAGAUCAAU GGCGGAGGGA GGUCAACAUC AAGAACUGUG GGCCUUUUAU UGCCUAUAGA ACUUAUAACG AACAUGGUU CUUGCCUUUU ACCAGAACCA UCCGGGUGUU GUCUCCAUAG AAACAGGUAA AGCUGUCCGU UACUGUGGGC U UGCCAUAU ...文字列:
AAGCAGCUUU ACAGAUCAAU GGCGGAGGGA GGUCAACAUC AAGAACUGUG GGCCUUUUAU UGCCUAUAGA ACUUAUAACG AACAUGGUU CUUGCCUUUU ACCAGAACCA UCCGGGUGUU GUCUCCAUAG AAACAGGUAA AGCUGUCCGU UACUGUGGGC U UGCCAUAU UUUUUGGAAC UUUUCUGCCC UUUUUCUCAA UGAGUAAGGA GGGCGU

GENBANK: GENBANK: CP011085.1

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分子 #4: unknown protein

分子名称: unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: Clear helical regions were built as poly(Ala) but could not be assigned to a specific protein.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 6.996616 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

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分子 #5: Pre-mRNA-splicing factor 8

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 279.867469 KDa
配列文字列: MSGLPPPPPG FEEDSDLALP PPPPPPPGYE IEELDNPMVP SSVNEDTFLP PPPPPPSNFE INAEEIVDFT LPPPPPPPGL DELETKAEK KVELHGKRKL DIGKDTFVTR KSRKRAKKMT KKAKRSNLYT PKAEMPPEHL RKIINTHSDM ASKMYNTDKK A FLGALKYL ...文字列:
MSGLPPPPPG FEEDSDLALP PPPPPPPGYE IEELDNPMVP SSVNEDTFLP PPPPPPSNFE INAEEIVDFT LPPPPPPPGL DELETKAEK KVELHGKRKL DIGKDTFVTR KSRKRAKKMT KKAKRSNLYT PKAEMPPEHL RKIINTHSDM ASKMYNTDKK A FLGALKYL PHAILKLLEN MPHPWEQAKE VKVLYHTSGA ITFVNETPRV IEPVYTAQWS ATWIAMRREK RDRTHFKRMR FP PFDDDEP PLSYEQHIEN IEPLDPINLP LDSQDDEYVK DWLYDSRPLE EDSKKVNGTS YKKWSFDLPE MSNLYRLSTP LRD EVTDKN YYYLFDKKSF FNGKALNNAI PGGPKFEPLY PREEEEDYNE FNSIDRVIFR VPIRSEYKVA FPHLYNSRPR SVRI PWYNN PVSCIIQNDE EYDTPALFFD PSLNPIPHFI DNNSSLNVSN TKENGDFTLP EDFAPLLAEE EELILPNTKD AMSLY HSPF PFNRTKGKMV RAQDVALAKK WFLQHPDEEY PVKVKVSYQK LLKNYVLNEL HPTLPTNHNK TKLLKSLKNT KYFQQT TID WVEAGLQLCR QGHNMLNLLI HRKGLTYLHL DYNFNLKPTK TLTTKERKKS RLGNSFHLMR ELLKMMKLIV DTHVQFR LG NVDAFQLADG IHYILNHIGQ LTGIYRYKYK VMHQIRACKD LKHIIYYKFN KNLGKGPGCG FWQPAWRVWL NFLRGTIP L LERYIGNLIT RQFEGRSNEI VKTTTKQRLD AYYDLELRNS VMDDILEMMP ESIRQKKART ILQHLSEAWR CWKANIPWD VPGMPAPIKK IIERYIKSKA DAWVSAAHYN RERIKRGAHV EKTMVKKNLG RLTRLWIKNE QERQRQIQKN GPEITPEEAT TIFSVMVEW LESRSFSPIP FPPLTYKNDT KILVLALEDL KDVYASKVRL NASEREELAL IEEAYDNPHD TLNRIKKYLL T QRVFKPVD ITMMENYQNI SPVYSVDPLE KITDAYLDQY LWYEADQRKL FPNWIKPSDS EIPPLLVYKW TQGINNLSEI WD VSRGQSA VLLETTLGEM AEKIDFTLLN RLLRLIVDPN IADYITAKNN VVINFKDMSH VNKYGLIRGL KFASFIFQYY GLV IDLLLL GQERATDLAG PANNPNEFMQ FKSKEVEKAH PIRLYTRYLD RIYMLFHFEE DEGEELTDEY LAENPDPNFE NSIG YNNRK CWPKDSRMRL IRQDVNLGRA VFWEIQSRVP TSLTSIKWEN AFVSVYSKNN PNLLFSMCGF EVRILPRQRM EEVVS NDEG VWDLVDERTK QRTAKAYLKV SEEEIKKFDS RIRGILMASG STTFTKVAAK WNTSLISLFT YFREAIVATE PLLDIL VKG ETRIQNRVKL GLNSKMPTRF PPAVFYTPKE LGGLGMISAS HILIPASDLS WSKQTDTGIT HFRAGMTHED EKLIPTI FR YITTWENEFL DSQRVWAEYA TKRQEAIQQN RRLAFEELEG SWDRGIPRIS TLFQRDRHTL AYDRGHRIRR EFKQYSLE R NSPFWWTNSH HDGKLWNLNA YRTDVIQALG GIETILEHTL FKGTGFNSWE GLFWEKASGF EDSMQFKKLT HAQRTGLSQ IPNRRFTLWW SPTINRANVY VGFLVQLDLT GIFLHGKIPT LKISLIQIFR AHLWQKIHES IVFDICQILD GELDVLQIES VTKETVHPR KSYKMNSSAA DITMESVHEW EVSKPSLLHE TNDSFKGLIT NKMWFDVQLR YGDYDSHDIS RYVRAKFLDY T TDNVSMYP SPTGVMIGID LAYNMYDAYG NWFNGLKPLI QNSMRTIMKA NPALYVLRER IRKGLQIYQS SVQEPFLNSS NY AELFNND IKLFVDDTNV YRVTVHKTFE GNVATKAING CIFTLNPKTG HLFLKIIHTS VWAGQKRLSQ LAKWKTAEEV SAL VRSLPK EEQPKQIIVT RKAMLDPLEV HMLDFPNIAI RPTELRLPFS AAMSIDKLSD VVMKATEPQM VLFNIYDDWL DRIS SYTAF SRLTLLLRAL KTNEESAKMI LLSDPTITIK SYHLWPSFTD EQWITIESQM RDLILTEYGR KYNVNISALT QTEIK DIIL GQNIKAPSVK RQKMAELEAA RSEKQNDEEA AGASTVMKTK TINAQGEEIV VVASADYESQ TFSSKNEWRK SAIANT LLY LRLKNIYVSA DDFVEEQNVY VLPKNLLKKF IEISDVKIQV AAFIYGMSAK DHPKVKEIKT VVLVPQLGHV GSVQISN IP DIGDLPDTEG LELLGWIHTQ TEELKFMAAS EVATHSKLFA DKKRDCIDIS IFSTPGSVSL SAYNLTDEGY QWGEENKD I MNVLSEGFEP TFSTHAQLLL SDRITGNFII PSGNVWNYTF MGTAFNQEGD YNFKYGIPLE FYNEMHRPVH FLQFSELAG DEELEAEQID VFS

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor 8

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分子 #6: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4

分子名称: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 52.506984 KDa
配列文字列: MSKYIALENL PVDLQHKGAT QNESTADILK QLPHERLQAV LEKIPEEDLE VRRLLSILKK PEVVENEDVQ QRRIRLAEIL MVDEIDLEN INNMENINGE EVDEEDDEDF FTPATSELIF ARRFLINYSL ERSRKRLQKE MERHQKFNTR QELLSRRTEL Q RMANLELA ...文字列:
MSKYIALENL PVDLQHKGAT QNESTADILK QLPHERLQAV LEKIPEEDLE VRRLLSILKK PEVVENEDVQ QRRIRLAEIL MVDEIDLEN INNMENINGE EVDEEDDEDF FTPATSELIF ARRFLINYSL ERSRKRLQKE MERHQKFNTR QELLSRRTEL Q RMANLELA GSQLVSTKPI SAVSLSTDDM VVATGSWAGD LQVLNSQTLQ PLTQKLDSHV GKIGAIDWHP DSNNQMISCA ED GLIKNFQ YSNEEGGLRL LGDLVGHERR ISDVKYHPSG KFIGSASHDM TWRLWDASTH QELLLQEGHD KGVFSLSFQC DGS LVCSGG MDSLSMLWDI RSGSKVMTLA GHSKPIYTVA WSPNGYQVAT GGGDGIINVW DIRKRDEGQL NQILAHRNIV TQVR FSKED GGKKLVSCGY DNLINVYSSD TWLKMGSLAG HTDKIISLDI SNNSHFLVSG GWDRSIKLWN

UniProtKB: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4

+
分子 #7: Pre-mRNA-splicing factor 6

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 104.370133 KDa
配列文字列: MERPSFLDQE PPAGYVPGIG RGATGFSTKE KQVVSNDDKG RRIPKRYREN LNNHLQSQPK DDEDDEAANV FKTLELKLAQ KKKKRANEK DDDNSVDSSN VKRQFADLKE SLAAVTESEW MDIPDATDFT RRNKRNRIQE QLNRKTYAAP DSLIPGNVDL N KLTEEREK ...文字列:
MERPSFLDQE PPAGYVPGIG RGATGFSTKE KQVVSNDDKG RRIPKRYREN LNNHLQSQPK DDEDDEAANV FKTLELKLAQ KKKKRANEK DDDNSVDSSN VKRQFADLKE SLAAVTESEW MDIPDATDFT RRNKRNRIQE QLNRKTYAAP DSLIPGNVDL N KLTEEREK LLQSQIDENL AQLTKNASNP IQVNKPNAAT DALSYLKDLE NDRVNSLSDA TLEDLQKMRT ILKSYRKADP TN PQGWIAS ARLEEKARKF SVAKKIIENG CQECPRSSDI WLENIRLHES DVHYCKTLVA TAINFNPTSP LLWFKAIDLE STT VNKYRV VRKALQEIPR DEGLWKLAVS FEADKAQVIK MLEKATQFIP QSMDLLTAYT NLQSYHNAKM TLNSFRKILP QEPE IWIIS TLLEERNNPD IPVDKLVSLL KEGLLELSKN GYKATLSAWL KRAEALNDAP NSNLTCQAIV YAILEWLRES GEYES ELNN VDQILEKMPH SKVQIAVLKK LIQWDPCDTV LWSRLKMATE SYHKIEELLA FFQELLFQTK NSDDIRANMR EKSPGL LMM YVSEYWKAQK GDTRQTLVLI DQIIDFAPHN LDLRFFKIKL LGRSLQLDEL RDFFQQTFSS LEDFKISGTE RLYYKYV NF LRYQDLNEEA IKFLNERCLK SFPICHKFFL QLGQIYHSMG NIEMSRETYL SGTRLVPNCP LLWVSLSKID EIDLKNPV R ARSILDRGLL KNPDDVLFYI AKIQMEIRLG NLDQAELLVT QALQKFPSNA LLWVEQIKLF KHGNKSSLKK TIFQDALRR TQNDHRVLLE IGVSFYAEAQ YETSLKWLER ALKKCSRYGD TWVWLFRTYA RLGKDTVDLY NMFDQCEPTY GPEWIAASKN VKMQYCTPR EILLRLMNDK

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing factor 6

+
分子 #8: Spliceosomal protein DIB1

分子名称: Spliceosomal protein DIB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 16.798387 KDa
配列文字列:
MASVLLPQLR TGWHVDQAIV TETKRLVVIR FGRKNDRQCM IMDELLSSIA ERVRNFAVIY LCDIDEVSDF DEMYELTDPM TVMFFYHNK HMMCDFGTGN NNKLNFIVDD KQEMIDILET IFRGARKNKG LVVSPYDYNH KRVS

UniProtKB: Spliceosomal protein DIB1

+
分子 #9: Pre-mRNA-processing factor 31

分子名称: Pre-mRNA-processing factor 31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 56.382516 KDa
配列文字列: MSSEEDYFDE LEYDLADEVN EEKEDIQTKK LTTVNCQTEK FNPFEILPES IELFRTLALI SPDRLSLSET AQILPKIVDL KRILQQQEI DFIKLLPFFN EIIPLIKSNI KLMHNFLISL YSRRFPELSS LIPSPLQYSK VISILENENY SKNESDELFF H LENKAKLT ...文字列:
MSSEEDYFDE LEYDLADEVN EEKEDIQTKK LTTVNCQTEK FNPFEILPES IELFRTLALI SPDRLSLSET AQILPKIVDL KRILQQQEI DFIKLLPFFN EIIPLIKSNI KLMHNFLISL YSRRFPELSS LIPSPLQYSK VISILENENY SKNESDELFF H LENKAKLT REQILVLTMS MKTSFKNKEP LDIKTRTQIL EANSILENLW KLQEDIGQYI ASKISIIAPN VCFLVGPEIA AQ LIAHAGG VLEFSRIPSC NIASIGKNKH LSHELHTLES GVRQEGYLFA SDMIQKFPVS VHKQMLRMLC AKVSLAARVD AGQ KNGDRN TVLAHKWKAE LSKKARKLSE APSISETKAL PIPEDQPKKK RAGRKFRKYK EKFRLSHVRQ LQNRMEFGKQ EQTV LDSYG EEVGLGMSNT SLQQAVGATS GSRRSAGNQA KLTKVMKHRI SEANQQADEF LISLGHNTEQ PNLSPEMVQM HKKQH TNPE EETNWFSGHG

UniProtKB: Pre-mRNA-processing factor 31

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分子 #10: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3

分子名称: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 55.97432 KDa
配列文字列: MPPRNTYEKG NPKRQNSPYY KPSFLRREET TNDEEKFQGH GLKTELHSAL KSSNLNLIRR TYQTGENPYL SDPHDRGSSS RFNRRYERG LKFYQKGEIS KRIAQERTLQ KQQEEEELKR KLKQEEDEKD KRKLIESGDL PNLELHEDKF LLDLSKFKIY Y DNNHGYEW ...文字列:
MPPRNTYEKG NPKRQNSPYY KPSFLRREET TNDEEKFQGH GLKTELHSAL KSSNLNLIRR TYQTGENPYL SDPHDRGSSS RFNRRYERG LKFYQKGEIS KRIAQERTLQ KQQEEEELKR KLKQEEDEKD KRKLIESGDL PNLELHEDKF LLDLSKFKIY Y DNNHGYEW WDTAYLDEKG ELMEKYDMNG TSPAEEKLAE DIDEVDDDDD DEHPSIRYVA HPLPEKINEA KVSIKAYLTQ HE RKRLRRN RRKMAREARE IKIKLGLLPK PEPKVKLSNM MSVFENDQNI TDPTAWEKVV KDQVDLRKRK HLEENERRHE DAI KRRKEA VNMNVEKPTV YHCKVFQFKN LQNPKIRFKL KMNSKELSLK GLCLRIRDDG PGIIIVVGNE KSCKFYENLV MKRI KWNED FELHTNTGDI KMDMHNNSIS KTWEGYLQDC KFKGWFMKVC NDQDSLLRTL GQFDSEHFYS PVQT

UniProtKB: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3

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分子 #11: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein

分子名称: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 13.582855 KDa
配列文字列:
MSAPNPKAFP LADAALTQQI LDVVQQAANL RQLKKGANEA TKTLNRGISE FIIMAADCEP IEILLHLPLL CEDKNVPYVF VPSRVALGR ACGVSRPVIA ASITTNDASA IKTQIYAVKD KIETLLI

UniProtKB: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein

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分子 #12: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2

分子名称: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 246.470266 KDa
配列文字列: MTEHETKDKA KKIREIYRYD EMSNKVLKVD KRFMNTSQNP QRDAEISQPK SMSGRISAKD MGQGLCNNIN KGLKENDVAV EKTGKSASL KKIQQHNTIL NSSSDFRLHY YPKDPSNVET YEQILQWVTE VLGNDIPHDL IIGTADIFIR QLKENEENED G NIEERKEK ...文字列:
MTEHETKDKA KKIREIYRYD EMSNKVLKVD KRFMNTSQNP QRDAEISQPK SMSGRISAKD MGQGLCNNIN KGLKENDVAV EKTGKSASL KKIQQHNTIL NSSSDFRLHY YPKDPSNVET YEQILQWVTE VLGNDIPHDL IIGTADIFIR QLKENEENED G NIEERKEK IQHELGINID SLKFNELVKL MKNITDYETH PDNSNKQAVA ILADDEKSDE EEVTEMSNNA NVLGGEINDN ED DDEEYDY NDVEVNSKKK NKRALPNIEN DIIKLSDSKT SNIESVPIYS IDEFFLQRKL RSELGYKDTS VIQDLSEKIL NDI ETLEHN PVALEQKLVD LLKFENISLA EFILKNRSTI FWGIRLAKST ENEIPNLIEK MVAKGLNDLV EQYKFRETTH SKRE LDSGD DQPQSSEAKR TKFSNPAIPP VIDLEKIKFD ESSKLMTVTK VSLPEGSFKR VKPQYDEIHI PAPSKPVIDY ELKEI TSLP DWCQEAFPSS ETTSLNPIQS KVFHAAFEGD SNMLICAPTG SGKTNIALLT VLKALSHHYN PKTKKLNLSA FKIVYI APL KALVQEQVRE FQRRLAFLGI KVAELTGDSR LSRKQIDETQ VLVSTPEKWD ITTRNSNNLA IVELVRLLII DEIHLLH DD RGPVLESIVA RTFWASKYGQ EYPRIIGLSA TLPNYEDVGR FLRVPKEGLF YFDSSFRPCP LSQQFCGIKE RNSLKKLK A MNDACYEKVL ESINEGNQII VFVHSRKETS RTATWLKNKF AEENITHKLT KNDAGSKQIL KTEAANVLDP SLRKLIESG IGTHHAGLTR SDRSLSEDLF ADGLLQVLVC TATLAWGVNL PAHTVIIKGT DVYSPEKGSW EQLSPQDVLQ MLGRAGRPRY DTFGEGIII TDQSNVQYYL SVLNQQLPIE SQFVSKLVDN LNAEVVAGNI KCRNDAVNWL AYTYLYVRML ASPMLYKVPD I SSDGQLKK FRESLVHSAL CILKEQELVL YDAENDVIEA TDLGNIASSF YINHASMDVY NRELDEHTTQ IDLFRIFSMS EE FKYVSVR YEEKRELKQL LEKAPIPIRE DIDDPLAKVN VLLQSYFSQL KFEGFALNSD IVFIHQNAGR LLRAMFEICL KRG WGHPTR MLLNLCKSAT TKMWPTNCPL RQFKTCPVEV IKRLEASTVP WGDYLQLETP AEVGRAIRSE KYGKQVYDLL KRFP KMSVT CNAQPITRSV MRFNIEIIAD WIWDMNVHGS LEPFLLMLED TDGDSILYYD VLFITPDIVG HEFTLSFTYE LKQHN QNNL PPNFFLTLIS ENWWHSEFEI PVSFNGFKLP KKFPPPTPLL ENISISTSEL GNDDFSEVFE FKTFNKIQSQ VFESLY NSN DSVFVGSGKG TGKTAMAELA LLNHWRQNKG RAVYINPSGE KIDFLLSDWN KRFSHLAGGK IINKLGNDPS LNLKLLA KS HVLLATPVQF ELLSRRWRQR KNIQSLELMI YDDAHEISQG VYGAVYETLI SRMIFIATQL EKKIRFVCLS NCLANARD F GEWAGMTKSN IYNFSPSERI EPLEINIQSF KDVEHISFNF SMLQMAFEAS AAAAGNRNSS SVFLPSRKDC MEVASAFMK FSKAIEWDML NVEEEQIVPY IEKLTDGHLR APLKHGVGIL YKGMASNDER IVKRLYEYGA VSVLLISKDC SAFACKTDEV IILGTNLYD GAEHKYMPYT INELLEMVGL ASGNDSMAGK VLILTSHNMK AYYKKFLIEP LPTESYLQYI IHDTLNNEIA N SIIQSKQD CVDWFTYSYF YRRIHVNPSY YGVRDTSPHG ISVFLSNLVE TCLNDLVESS FIEIDDTEAE VTAEVNGGDD EA TEIISTL SNGLIASHYG VSFFTIQSFV SSLSNTSTLK NMLYVLSTAV EFESVPLRKG DRALLVKLSK RLPLRFPEHT SSG SVSFKV FLLLQAYFSR LELPVDFQND LKDILEKVVP LINVVVDILS ANGYLNATTA MDLAQMLIQG VWDVDNPLRQ IPHF NNKIL EKCKEINVET VYDIMALEDE ERDEILTLTD SQLAQVAAFV NNYPNVELTY SLNNSDSLIS GVKQKITIQL TRDVE PENL QVTSEKYPFD KLESWWLVLG EVSKKELYAI KKVTLNKETQ QYELEFDTPT SGKHNLTIWC VCDSYLDADK ELSFEI NVK

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.9 / 構成要素 - 濃度: 1.0 mM / 構成要素 - 名称: DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 6 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 70 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: Grids were blotted at 4 deg C for 2 seconds before plunging..
詳細3.5 microlitre of sample was applied to grid.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 実像数: 2477 / 平均露光時間: 16.0 sec. / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 35714 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 473827
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2966


詳細: Low pass filtered startup model to 60 Angstroms.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 140155
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-5gap:
Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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