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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7825 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human TRPV6-Y467A in complex with 2-Aminoethoxydiphenyl borate (2-APB) | |||||||||
マップデータ | primary map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 parathyroid hormone secretion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / TRP channels / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / response to calcium ion / calcium channel activity / calcium ion transport ...parathyroid hormone secretion / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / TRP channels / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / response to calcium ion / calcium channel activity / calcium ion transport / calmodulin binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.44 Å | |||||||||
データ登録者 | Singh AK / Saotome K / McGoldrick LL / Sobolevsky AI | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structural bases of TRP channel TRPV6 allosteric modulation by 2-APB. 著者: Appu K Singh / Kei Saotome / Luke L McGoldrick / Alexander I Sobolevsky / 要旨: Transient receptor potential (TRP) channels are involved in various physiological processes, including sensory transduction. The TRP channel TRPV6 mediates calcium uptake in epithelia and its ...Transient receptor potential (TRP) channels are involved in various physiological processes, including sensory transduction. The TRP channel TRPV6 mediates calcium uptake in epithelia and its expression is dramatically increased in numerous types of cancer. TRPV6 inhibitors suppress tumor growth, but the molecular mechanism of inhibition remains unknown. Here, we present crystal and cryo-EM structures of human and rat TRPV6 bound to 2-aminoethoxydiphenyl borate (2-APB), a TRPV6 inhibitor and modulator of numerous TRP channels. 2-APB binds to TRPV6 in a pocket formed by the cytoplasmic half of the S1-S4 transmembrane helix bundle. Comparing human wild-type and high-affinity mutant Y467A structures, we show that 2-APB induces TRPV6 channel closure by modulating protein-lipid interactions. Mutagenesis and functional analyses suggest that the identified 2-APB binding site might be present in other members of vanilloid subfamily TRP channels. Our findings reveal a mechanism of ion channel allosteric modulation that can be exploited for therapeutic design. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7825.map.gz | 3.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7825-v30.xml emd-7825.xml | 11.9 KB 11.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7825.png | 241 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7825 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7825 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7825_validation.pdf.gz | 344.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7825_full_validation.pdf.gz | 344.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7825_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7825_validation.cif.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7825 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7825 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7825.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 32.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | primary map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TRPV6 in amphipols
全体 | 名称: TRPV6 in amphipols |
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要素 |
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-超分子 #1: TRPV6 in amphipols
超分子 | 名称: TRPV6 in amphipols / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 85.076859 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGLSLPKEKG LILCLWSKFC RWFQRRESWA QSRDEQNLLQ QKRIWESPLL LAAKDNDVQA LNKLLKYEDC KVHQRGAMGE TALHIAALY DNLEAAMVLM EAAPELVFEP MTSELYEGQT ALHIAVVNQN MNLVRALLAR RASVSARATG TAFRRSPCNL I YFGEHPLS ...文字列: MGLSLPKEKG LILCLWSKFC RWFQRRESWA QSRDEQNLLQ QKRIWESPLL LAAKDNDVQA LNKLLKYEDC KVHQRGAMGE TALHIAALY DNLEAAMVLM EAAPELVFEP MTSELYEGQT ALHIAVVNQN MNLVRALLAR RASVSARATG TAFRRSPCNL I YFGEHPLS FAACVNSEEI VRLLIEHGAD IRAQDSLGNT VLHILILQPN KTFACQMYNL LLSYDRHGDH LQPLDLVPNH QG LTPFKLA GVEGNTVMFQ HLMQKRKHTQ WTYGPLTSTL YDLTEIDSSG DEQSLLELII TTKKREARQI LDQTPVKELV SLK WKRYGR PYFCMLGAIY LLYIICFTMC CIYRPLKPRT NNRTSPRDNT LLQQKLLQEA YMTPKDDIRL VGELVTVIGA IIIL LVEVP DIFRMGVTRF FGQTILGGPF HVLIITYAFM VLVTMVMRLI SASGEVVPMS FALVLGWCNV MAFARGFQML GPFTI MIQK MIFGDLMRFC WLMAVVILGF ASAFYIIFQT EDPEELGHFY DYPMALFSTF ELFLTIIDGP ANYNVDLPFM YSITYA AFA IIATLLMLNL LIAMMGDTHW RVAHERDELW RAQIVATTVM LERKLPRCLW PRSGICGREY GLGDRWFLRV EDRQDLN RQ RIQRYAQAFH TRGSEDLDKD SVEKLELGCP FSPHLSLPMP SVSRSTSRSS ANWERLRQGT LRRDLRGIIN RGLEDGES W EYQILVPRGS AAAWSHPQFE K |
-分子 #2: 2-aminoethyl diphenylborinate
分子 | 名称: 2-aminoethyl diphenylborinate / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: FZ4 |
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分子量 | 理論値: 225.094 Da |
Chemical component information | ChemComp-FZ4: |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 43.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 77460 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |