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- EMDB-76334: Native structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-76334
タイトルNative structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit from mouse MII eggs
マップデータ
試料
  • 複合体: Native structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit from mouse MII eggs
    • タンパク質・ペプチド: x 16種
  • リガンド: x 4種
キーワードcytoplasmic lattice / egg / filamentous assembly / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation by machinery localization / Prolactin receptor signaling / Signaling by BMP / subcortical maternal complex / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / establishment of organelle localization / Chromatin modifying enzymes / protein storage ...regulation of translation by machinery localization / Prolactin receptor signaling / Signaling by BMP / subcortical maternal complex / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / establishment of organelle localization / Chromatin modifying enzymes / protein storage / structural constituent of cytoplasmic lattice / cytoplasmic lattice / ooplasm / cortical granule exocytosis / embryonic process involved in female pregnancy / endoplasmic reticulum localization / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Intraflagellar transport / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Regulation of BACH1 activity / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / cytoplasm organization / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / histone H3K18 ubiquitin ligase activity / histone H3K14 ubiquitin ligase activity / histone H3 ubiquitin ligase activity / Regulation of TNFR1 signaling / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of RUNX2 expression and activity / histone H3K23 ubiquitin ligase activity / Degradation of GLI1 by the proteasome / COPI-mediated anterograde transport / Cyclin D associated events in G1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / spermatogonial cell division / Orc1 removal from chromatin / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Kinesins / Aggrephagy / cortical granule / histone H3 reader activity / PKR-mediated signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / RHO GTPases activate IQGAPs / Iron uptake and transport / Activation of NF-kappaB in B cells / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Recycling pathway of L1 / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / FCERI mediated NF-kB activation / apical cortex / positive regulation of meiotic nuclear division / CLEC7A (Dectin-1) signaling / chromosomal DNA methylation maintenance following DNA replication / Interleukin-1 signaling / RHO GTPases Activate Formins / regulation of RNA stability / positive regulation of embryonic development / axonemal microtubule / Separation of Sister Chromatids / Downstream TCR signaling / Hedgehog 'off' state / F-box domain binding / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / regulation of establishment of protein localization / Peroxisomal protein import / AURKA Activation by TPX2 / hemi-methylated DNA-binding / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / PcG protein complex / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Neddylation / embryonic pattern specification / embryonic cleavage / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / mitochondrion localization / establishment of spindle localization / MHC class II antigen presentation / gap junction / flagellated sperm motility / regulation of epithelial cell proliferation / maintenance of protein location in nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger BED domain-containing protein 2/3 / : / BED zinc finger / KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 ...Zinc finger BED domain-containing protein 2/3 / : / BED zinc finger / KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / A Receptor for Ubiquitination Targets / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / F-box domain profile. / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / DAPIN domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / F-box domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / K Homology domain, type 1 superfamily / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / PUA-like superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / PHD-finger / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Beta tubulin / Tubulin / Death-like domain superfamily / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2 superfamily / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Ring finger / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Cupredoxin / Zinc finger PHD-type profile. / Leucine-rich repeat / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
NLR family, pyrin domain containing 4F / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / Tubulin beta-4B chain / Tubulin alpha-1C chain / Expressed sequence C85627 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 / F-box and WD-40 domain protein 21 / F-box and WD-40 domain protein 19 / Inactive protein-arginine deiminase type-6 / E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 ...NLR family, pyrin domain containing 4F / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / Tubulin beta-4B chain / Tubulin alpha-1C chain / Expressed sequence C85627 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 / F-box and WD-40 domain protein 21 / F-box and WD-40 domain protein 19 / Inactive protein-arginine deiminase type-6 / E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 / Oocyte-expressed protein homolog / KH domain-containing protein 3 / Zinc finger BED domain-containing protein 3 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / S-phase kinase-associated protein 1 / Transducin-like enhancer protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Li Y / Zheng W / Leem J / Wu C / Tang S / Mogessie B / Xiong Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Native structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit from mouse MII eggs
著者: Li Y / Zheng W / Leem J / Wu C / Tang S / Mogessie B / Xiong Y
履歴
登録2026年3月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月8日-
マップ公開2026年4月8日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_76334.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_76334.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 546.816 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 546.816 Å		1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 546.816 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.068 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大0.0 - 2.7024968
平均 (標準偏差)0.0035849316 (±0.031021673)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 546.816 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_76334_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_76334_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_76334_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Native structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit...

全体名称: Native structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit from mouse MII eggs
要素
  • 複合体: Native structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit from mouse MII eggs
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-4B chain
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Oocyte-expressed protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: Transducin-like enhancer protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Zinc finger BED domain-containing protein 3
    • タンパク質・ペプチド: KH domain-containing protein 3
    • タンパク質・ペプチド: NLR family, pyrin domain containing 4F
    • タンパク質・ペプチド: Inactive protein-arginine deiminase type-6
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1C chain
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
    • タンパク質・ペプチド: F-box and WD-40 domain protein 19
    • タンパク質・ペプチド: S-phase kinase-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Expressed sequence C85627
    • タンパク質・ペプチド: F-box and WD-40 domain protein 21
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Native structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit...

超分子名称: Native structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit from mouse MII eggs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
分子 #1: Tubulin beta-4B chain

分子名称: Tubulin beta-4B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 49.877824 KDa
配列文字列: MREIVHLQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY YNEATGGKYV PRAVLVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHLQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY YNEATGGKYV PRAVLVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKEAESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATAEEEGE FEEEAEEEVA

UniProtKB: Tubulin beta-4B chain

+
分子 #2: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5

分子名称: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 131.468547 KDa
配列文字列: MGPPEKESKA ILKARGLEEE QKSERKMTSP ENDSKSIQKD QGPEQEQTSE STMGPPEKES KAILKARGLE EEQKSERKMT SPENDSKSI QKDQGPEQEQ TSESTMGPPE KDSKAILKAR GLEEEQKSES TMSPSENVSR AILKDSGSEE VEQASERKMT S PENDSKSI ...文字列:
MGPPEKESKA ILKARGLEEE QKSERKMTSP ENDSKSIQKD QGPEQEQTSE STMGPPEKES KAILKARGLE EEQKSERKMT SPENDSKSI QKDQGPEQEQ TSESTMGPPE KDSKAILKAR GLEEEQKSES TMSPSENVSR AILKDSGSEE VEQASERKMT S PENDSKSI QKDQGPEQEQ TSETLQSKEE DEVTEADKDN GGDLQDYKAH VIAKFDTSVD LHYDSPEMKL LSDAFKPYQK TF QPHTIIL HGRPGVGKSA LARSIVLGWA QGKLFQKMSF VIFFSVREIK WTEKSSLAQL IAKECPDSWD LVTKIMSQPE RLL FVIDGL DDMDSVLQHD DMTLSRDWKD EQPIYILMYS LLRKALLPQS FLIITTRNTG LEKLKSMVVS PLYILVEGLS ASRR SQLVL ENISNESDRI QVFHSLIENH QLFDQCQAPS VCSLVCEALQ LQKKLGKRCT LPCQTLTGLY ATLVFHQLTL KRPSQ SALS QEEQITLVGL CMMAAEGVWT MRSVFYDDDL KNYSLKESEI LALFHMNILL QVGHNSEQCY VFSHLSLQDF FAALYY VLE GLEEWNQHFC FIENQRSIME VKRTDDTRLL GMKRFLFGLM NKDILKTLEV LFEYPVIPTV EQKLQHWVSL IAQQVNG TS PMDTLDAFYC LFESQDEEFV GGALKRFQEV WLLINQKMDL KVSSYCLKHC QNLKAIRVDI RDLLSVDNTL ELCPVVTV Q ETQCKPLLME WWGNFCSVLG SLRNLKELDL GDSILSQRAM KILCLELRNQ SCRIQKLTFK SAEVVSGLKH LWKLLFSNQ NLKYLNLGNT PMKDDDMKLA CEALKHPKCS VETLRLDSCE LTIIGYEMIS TLLISTTRLK CLSLAKNRVG VKSMISLGNA LSSSMCLLQ KLILDNCGLT PASCHLLVSA LFSNQNLTHL CLSNNSLGTE GVQQLCQFLR NPECALQRLI LNHCNIVDDA Y GFLAMRLA NNTKLTHLSL TMNPVGDGAM KLLCEALKEP TCYLQELELV DCQLTQNCCE DLACMITTTK HLKSLDLGNN AL GDKGVIT LCEGLKQSSS SLRRLGLGAC KLTSNCCEAL SLAISCNPHL NSLNLVKNDF STSGMLKLCS AFQCPVSNLG IIG LWKQEY YARVRRQLEE VEFVKPHVVI DGDWYASDED DRNWWKN

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5

+
分子 #3: Oocyte-expressed protein homolog

分子名称: Oocyte-expressed protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 18.481295 KDa
配列文字列:
MASHTADADA KPDSDSQKLL NVLPVSLRLR TRPWWFPIQE VSNPLVLYME AWVAERVIGT DQAEISEIEW MCQALLTVDS VNSGNLAEI TIFGQPSAQT RMKNILLNMA AWHKENELQR AVKVKEVEEF LKIRASSILS KLSKKGLKLA GFPLPLEGRE T QMES

UniProtKB: Oocyte-expressed protein homolog

+
分子 #4: Transducin-like enhancer protein 6

分子名称: Transducin-like enhancer protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 65.187332 KDa
配列文字列: MTSHRQSSDT FGGILPSTLS SRYLSIVNQL PEEFSSVVSE MMVHLENIFS LAENFFQAIE RFSRTPDLLE RNKMSIGVGA EGDSWPCHV SHEAPMGSAQ TTENSAKEED KQVPESAALQ HPKFKSTPGP QLPTRRRFLS ESDELQDPQP VWDAEPQFCQ G FLIQGLWE ...文字列:
MTSHRQSSDT FGGILPSTLS SRYLSIVNQL PEEFSSVVSE MMVHLENIFS LAENFFQAIE RFSRTPDLLE RNKMSIGVGA EGDSWPCHV SHEAPMGSAQ TTENSAKEED KQVPESAALQ HPKFKSTPGP QLPTRRRFLS ESDELQDPQP VWDAEPQFCQ G FLIQGLWE LFMDSRQKNQ QEHGGEDSSQ ESKDSGLCDF KPEPQPRHRN SLSDSADPFL IKSPSALLDY YQEDVSRPQP ET QESSGRA DKFLKPLSWG SEVLESSCNQ PSTALWQLER FTVPQALQKV RVLKHQELLL VVAVSSFTRH VFTCSQSGIK VWN LVNQVA EDRDPESHLK CSVQDNKVYL RTCLLSSNSR TLFAGGYNLP GVIVWDLAAP SLYEKCQLPC EGLSCQALAN TKEN MALAG FTDGTVRIWD LRTQEIVRNL KGPTNSARNL VVKDDNIWTG GLDACLRCWD LRMAKVSLEH LFQSQIMSLA HSPTE DWLL LGLANGQHCL FNSRKRDQVL TVDTKDNTIL GLKFSPNGKW WASVGMGNFI TVHSMPTGAK LFQVPEVGPV RCFDMT ENG RLIITGSRDC ASVYHIKY

UniProtKB: Transducin-like enhancer protein 6

+
分子 #5: Zinc finger BED domain-containing protein 3

分子名称: Zinc finger BED domain-containing protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.51218 KDa
配列文字列: KSKKPLKITM EDSRRLNDPA EQGGLCPAPV GPSYSEAWGY FHLDPAQPRH RMMSAWATCR LCGLQVGGLP NFQMWTRALC QHLSDVHLP ELKKSAAPSS PTTMPCPPPP SPTMAAEGDW ARLLEQMGEL AMRGSQRELE LERREAALMQ AELELERKRQ A LKQEAQSV ...文字列:
KSKKPLKITM EDSRRLNDPA EQGGLCPAPV GPSYSEAWGY FHLDPAQPRH RMMSAWATCR LCGLQVGGLP NFQMWTRALC QHLSDVHLP ELKKSAAPSS PTTMPCPPPP SPTMAAEGDW ARLLEQMGEL AMRGSQRELE LERREAALMQ AELELERKRQ A LKQEAQSV EQERHQLQVE REALSKWIKK QSPGAQVPEP PSPLPLLPKE DPDIHDNNSD NDMVTKVLL

UniProtKB: Zinc finger BED domain-containing protein 3

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分子 #6: KH domain-containing protein 3

分子名称: KH domain-containing protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 48.055301 KDa
配列文字列: MASLKRFQTL VPLDHKQGTL FEIIGEPKLP KWFHVECLED PKRLYVEPRL LEIMFGKDGE HIPHLESMLH TLIHVNVWGP ERRAEIWIF GPPPFRRDVD RMLTDLAHYC RMKLMEIEAL EAGVERRRMA AHKAATQPAP VKVREAAPRP ASVKVPETAT Q PAPVKVRE ...文字列:
MASLKRFQTL VPLDHKQGTL FEIIGEPKLP KWFHVECLED PKRLYVEPRL LEIMFGKDGE HIPHLESMLH TLIHVNVWGP ERRAEIWIF GPPPFRRDVD RMLTDLAHYC RMKLMEIEAL EAGVERRRMA AHKAATQPAP VKVREAAPRP ASVKVPETAT Q PAPVKVRE AAPQPAPVQE VREAAPQQAS VQEEVREAAT EQAPVQEVRE AATEQAPVQE VSEAATEQAP VQEVNEAATE QA SVQAVRE AATRPAPGKV RKAATQPAPV QVCQEATQLA PVKVREAATQ PASGKVREAA TQLAPVKVRK AATQLAPVKV HEA ATQPAP GKVSDAATQS ASVQVREAAT QLSPVEATDT SQLAQVKADE AFAQHTSGEA HQVANGQSPI EVCETATGQH SLDV SRALS QKCPEVFEWE TQSCLDGSYV IVQPPRDAWE SFIIL

UniProtKB: KH domain-containing protein 3

+
分子 #7: NLR family, pyrin domain containing 4F

分子名称: NLR family, pyrin domain containing 4F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 108.001281 KDa
配列文字列: MASFISDFGL IWYLRELNKK EFMKFKDFLI QEILELKLKQ VSSTKVKKAS REDLANLLLK CGENQAWDMT FRILQKINRK DLTERATGA IVGNPNLYRD HLKKKLTHDC PKKFNVRIQD FIKETFIQND YDAFENLLIS KGTERKPHMV FLKGMAGVGK T LMLKNLML ...文字列:
MASFISDFGL IWYLRELNKK EFMKFKDFLI QEILELKLKQ VSSTKVKKAS REDLANLLLK CGENQAWDMT FRILQKINRK DLTERATGA IVGNPNLYRD HLKKKLTHDC PKKFNVRIQD FIKETFIQND YDAFENLLIS KGTERKPHMV FLKGMAGVGK T LMLKNLML AWSKGLVFQN KFSYAFYFCC QDVKQLKTAS LAELISREWP SPSAPIEEIL SQPEKLLFII DSLEGMEWDL TK QESELCD DCMEKQPVST LLSSLLRRKM LPESSLLLST TPETFEKMED RIQCTDVKTA TAFDERSMKI YFHRLFQDRK RAQ EAFSLV RENKQLFTIC QVPLLCWMVA TCLKEEIEKG GDPVSLCRRT TSLYTTHIFS LFIPQSAQYP SKKSQDQLQG LCSL AAEGM WTDTFVFGKE ALRRNGIFDS DIPTLLDIGM LGKIREFENS YIFLHPSVQE VCAAIFYMLK RHVEHPSQDV KNIET VLFM FLKKVKTQWI FLGCFIFGLL QKSEQEKLGV FFGHRLSKNI HHKLYQCLET LSGNAELQEQ IDGMRLFSCL FEMEDE AFL VKAMNCMQQI NFVAKNYSDF IVAAYCLKHC STLKKLSFST ENVLNEGDQS YMEELLICWN NMCSVFVRSK DIQELRI KD TNFNEPAIRV LYESLKYPSF TLNKLVANNV SFGDNHVLFE LIQNSSLQYL DLSCSFLSHN EVKLLCDILN QAECNIEK L MIAHCKLSPD DCKIFGSILM SSKSLKVLNL ASNNLNQGIS SLCKALCHPH CTLEYLVLSN CSLSEQCWDY LSEVLRQNK TLSHLDISSN DLKDEGLKIL CRSLILPYCV LESLCLSCCG ITERGCQDLA EVLKNNQNLK YLHVSYNKLK DTGVMLLCDA IKHPNCHLK DLQLEACEIT DASNEELCYA FMQCETLQTL NLMGNAFEVS RMVFFPRF

UniProtKB: NLR family, pyrin domain containing 4F

+
分子 #8: Inactive protein-arginine deiminase type-6

分子名称: Inactive protein-arginine deiminase type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 76.854109 KDa
配列文字列: MSFQNSLSLS LVNPTHALCM VGMEITLDIS KCAPDKCKSF TIRGSPRILI HISSSVIAGK EDTVVWRSMN HPTVALVRMV APSPTVDED KVLVSYFCPD QEVPTATAVL FLTGIEISLE ADIYRDGQLD MPSDKQAKKK WMWGMNGWGA ILLVNCSPNA V GQPDEQSF ...文字列:
MSFQNSLSLS LVNPTHALCM VGMEITLDIS KCAPDKCKSF TIRGSPRILI HISSSVIAGK EDTVVWRSMN HPTVALVRMV APSPTVDED KVLVSYFCPD QEVPTATAVL FLTGIEISLE ADIYRDGQLD MPSDKQAKKK WMWGMNGWGA ILLVNCSPNA V GQPDEQSF QEGPREIQNL SQMNVTVEGP TSILQNYQLI LHTSEEEAKK TRVYWSQRGS SAYELVVGPN KPVYLLPTFE NR RKEAFYV EATEFPSPSF SGLISLSLSL VEKAHDECIP EIPLYKDTVM FRVAPYIFMP STQMPLEVYL CRELQLQGFV DSV TKLSEK SKVQVVKVYE DPNRQSKWLQ DEMAFCYTQA PHKTVSLILD TPRVSKLEDF PMKYTLTPGS GYLIRQTEDH RVAS LDSIG NLMVSPPVKA QGKDYPLGRV LIGGSFYPSS EGRDMNKGLR EFVYAQQVQA PVELFSDWLM TGHMDQFMCF VPTND KNND QKDFRLLLAS PSACFELFEQ KQKEGYGNVT LFEDIGAEQL LSNGRESKTI SQILADKSFR EQNTYVEKCI SLNRTL LKT ELGLEDKDII LIPQLFCLEQ LTNVPSNQQS TKLFARPYFP DMLQIIVLGK NLGIPKPFGP KINGTCCLEE KVCGLLE PL GLKCTFIDDF DCYLANIGDV CASAIINRVP FAFKWWKMTP

UniProtKB: Inactive protein-arginine deiminase type-6

+
分子 #9: Tubulin alpha-1C chain

分子名称: Tubulin alpha-1C chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 49.962172 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLISQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRIHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLT VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GADSAEGDDE GEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1C chain

+
分子 #10: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14

分子名称: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 113.527188 KDa
配列文字列: MKTEDDEMEY EASKEETVSE DKDFDDGIDY RTVIKENIFT MWYKTSLHGE FATLNCVITP KDQNLLQHIF DEDIQTSEAP QTVVLQGAA GIGKTTLLKK AVLEWADGNL YQQFTHVFYL NGKEISQVKE KSFAQLISKH WPSSEGPIEQ VLSKPSSLLF I IDSFDELD ...文字列:
MKTEDDEMEY EASKEETVSE DKDFDDGIDY RTVIKENIFT MWYKTSLHGE FATLNCVITP KDQNLLQHIF DEDIQTSEAP QTVVLQGAA GIGKTTLLKK AVLEWADGNL YQQFTHVFYL NGKEISQVKE KSFAQLISKH WPSSEGPIEQ VLSKPSSLLF I IDSFDELD FSFEEPQFAL CKDWTQISPV SFLISSLLRK VMLPESYLLV ATRSTAWKRL VPLLQKPQRV KLSGLSKNAR MD YIHHLLK DKAWATSAIY SLRMNWRLFH MCHVCHMCQM ICAVLKGQVE KGGRVEETCK TSTALFTYYI CSLFPRIPVG CVT LPNETL LRSLCKAAVE GIWTMKHVLY QQNLRKHELT REDILLFLDA KVLQQDTEYE NCYMFTHLHV QEFFAALFYL LREN LEEQD YPSEPFENLY LLLESNHIHD PHLEQMKCFL FGLLNKDRVR QLEETFNLTI SMEVREELLA CLEGLEKDDS SLSQL RFQD LLHCIYETQD QEFITQALMY FQKIIVRVDE EPQLRIYSFC LKHCHTLKTM RLTARADLKN MLDTAEMCLE GAAVQV IHY WQDLFSVLHT NESLIEMDLY ESRLDESLMK ILNEELSHPK CKLQKLIFRA VDFLNGCQDF TFLASNKKVT HLDLKET DL GVNGLKTLCE ALKCKGCKLR VLRLASCDLN VARCQKLSNA LQTNRSLVFL NLSLNNLSND GVKSLCEVLE NPNSSLER L ALASCGLTKA GCKVLSSALT KSKRLTHLCL SDNVLEDEGI KLLSHTLKHP QCTLQSLVLR SCSFTPIGSE HLSTALLHN RSLVHLDLGQ NKLADNGVKL LCHSLQQPHC NLQELELMSC VLTSKACGDL ASVLVNNSNL WSLDLGHNIL DDAGLNILCD ALRNPNCHV QRLGLENCGL TPGCCQDLLG ILSNNKSVIQ MNLMKNALDH ESIKNLCKVL RSPTCKMEFL ALDKKEILKK K IKKFLVDV RINNPHLVIG PECPNTESGC WWNYF

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14

+
分子 #11: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 88.436805 KDa
配列文字列: MWIQVRTMDG KETHTVNSLS RLTKVQELRK KIEEVFHVEP QLQRLFYRGK QMEDGHTLFD YDVRLNDTIQ LLVRQSLALP LSTKERDSE LSDSDSGYGV GHSESDKSST HGEGAAEADD KTVWEDTDLG LYKVNEYVDV RDNIFGAWFE AQVVQVQKRA L SEDEPCSS ...文字列:
MWIQVRTMDG KETHTVNSLS RLTKVQELRK KIEEVFHVEP QLQRLFYRGK QMEDGHTLFD YDVRLNDTIQ LLVRQSLALP LSTKERDSE LSDSDSGYGV GHSESDKSST HGEGAAEADD KTVWEDTDLG LYKVNEYVDV RDNIFGAWFE AQVVQVQKRA L SEDEPCSS SAVKTSEDDI MYHVKYDDYP EHGVDIVKAK NVRARARTVI PWENLEVGQV VMANYNVDYP RKRGFWYDVE IC RKRQTRT ARELYGNIRL LNDSQLNNCR IMFVDEVLMI ELPKERRPLI ASPSQPPPAL RNTGKSGPSC RFCKDDENKP CRK CACHVC GGREAPEKQL LCDECDMAFH LYCLKPPLTS VPPEPEWYCP SCRTDSSEVV QAGEKLKESK KKAKMASATS SSRR DWGKG MACVGRTTEC TIVPANHFGP IPGVPVGTMW RFRVQVSESG VHRPHVAGIH GRSNDGAYSL VLAGGYEDDV DNGNY FTYT GSGGRDLSGN KRTAGQSSDQ KLTNNNRALA LNCHSPINEK GAEAEDWRQG KPVRVVRNMK GGKHSKYAPA EGNRYD GIY KVVKYWPERG KSGFLVWRYL LRRDDTEPEP WTREGKDRTR QLGLTMQYPE GYLEALANKE KSRKRPAKAL EQGPSSS KT GKSKQKSTGP TLSSPRASKK SKLEPYTLSE QQANLIKEDK GNAKLWDDVL TSLQDGPYQI FLSKVKEAFQ CICCQELV F RPVTTVCQHN VCKDCLDRSF RAQVFSCPAC RFELDHSSPT RVNQPLQTIL NQLFPGYGSG R

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

+
分子 #12: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3

分子名称: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E2 ubiquitin-conjugating enzyme
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 16.706133 KDa
配列文字列:
MALKRINKEL SDLARDPPAQ CSAGPVGDDM FHWQATIMGP NDSPYQGGVF FLTIHFPTDY PFKPPKVAFT TRIYHPNINS NGSICLDIL RSQWSPALTI SKVLLSICSL LCDPNPDDPL VPEIARIYKT DRDKYNRISR EWTQKYAM

UniProtKB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3

+
分子 #13: F-box and WD-40 domain protein 19

分子名称: F-box and WD-40 domain protein 19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 53.657457 KDa
配列文字列: MEIHLPSLPM MKILSYLDAY SLLQAAKVNK NWNELASSDV LWRKLCQKRW LYCDRVTLQL HGLETWKQFF ISRTWQEHAK TRAKPEDFN YKEIPVAFEF RAHPCYISRH GLIRNGQGKS AVCMVTSTNR ISTWDVHEGA MTWVSPVQPS YITRMTTLPE M HIAVTIDM ...文字列:
MEIHLPSLPM MKILSYLDAY SLLQAAKVNK NWNELASSDV LWRKLCQKRW LYCDRVTLQL HGLETWKQFF ISRTWQEHAK TRAKPEDFN YKEIPVAFEF RAHPCYISRH GLIRNGQGKS AVCMVTSTNR ISTWDVHEGA MTWVSPVQPS YITRMTTLPE M HIAVTIDM QSNIKLWDCH NRKVLATTGL LSSCQLLQAV FTNDSPIVLV GDILGNLYIF RIPDLHLISK VNVFPYGIDE LH CSPQKKW VLLIGKQRHV LTKVFYMSSL LRTSEFSAPV STDLKFSLCQ RAFWTPRRED RITLMSSTIP PDPTKFATFD MKL EEIENK VTIQGHLVAS FSLQDCKERA EWMGVSDKDV IVCSTGSSLL LFDINGLRLQ TFQYCPEEIL RLCVDPVHVI VTCN NGSLD VYVWEERSPL LRRCYRLRKR GYLPLSGFII KTLCDESSII LVMTSSPIPC FLMAYTLKVC S

UniProtKB: F-box and WD-40 domain protein 19

+
分子 #14: S-phase kinase-associated protein 1

分子名称: S-phase kinase-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 18.693992 KDa
配列文字列:
MPTIKLQSSD GEIFEVDVEI AKQSVTIKTM LEDLGMDDEG DDDPVPLPNV NAAILKKVIQ WCTHHKDDPP PPEDDENKEK RTDDIPVWD QEFLKVDQGT LFELILAANY LDIKGLLDVT CKTVANMIKG KTPEEIRKTF NIKNDFTEEE EAQVRKENQW C EEK

UniProtKB: S-phase kinase-associated protein 1

+
分子 #15: Expressed sequence C85627

分子名称: Expressed sequence C85627 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 54.205703 KDa
配列文字列: METHLPSLPS LPMMKILSYL DAYSLLQVAQ VNKNWNALAS SDVLWRKLCQ KRWLYCDTVI LQLHDKETWK QFFVNRTYQE HTKTRAKPE DFTYKEICAE TGIWAYACYI SGRGLTRNGQ GTSVVCMLTS MTKISTWDIH EGVMTWVSPV QPTTIKLLNT L PEMHIAVT ...文字列:
METHLPSLPS LPMMKILSYL DAYSLLQVAQ VNKNWNALAS SDVLWRKLCQ KRWLYCDTVI LQLHDKETWK QFFVNRTYQE HTKTRAKPE DFTYKEICAE TGIWAYACYI SGRGLTRNGQ GTSVVCMLTS MTKISTWDIH EGVMTWVSPV QPTTIKLLNT L PEMHIAVT VDIHSTIKLW DCNSSDALAT NNLFFPCQTL KSVFTKDAAI VLVSDTLGNL YIFRIPDLHL ISTINVFPYG IN ELYCSPQ KKWVFLSRKH PHILPKVFYM NSLLRRSEFS APVSTVLNFS LCDKAFWTPR KEDRITLMSI SAPYKVTKFV TFD MKLEEI GNQIIVTGYL IASFSLTDYE GRLECFGVSD KDVIVCSTGS SLLLFSIYGV CLQTFDYCSE EILRLWVDPF HVIV TFIDG SLDVYAWEER CQQLSKCYRL QNRRRLPRQS CFEKTLCDEV SIIRMVRNGR NPCYLMTYTL NIHS

UniProtKB: Expressed sequence C85627

+
分子 #16: F-box and WD-40 domain protein 21

分子名称: F-box and WD-40 domain protein 21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 54.517043 KDa
配列文字列: MEIHLPRLPL MEIFSYLDAY SLLQVAQVNK NWNELASSDV LWRKLCQKRW FYCNMVTQQL LGKETWKEFF IYRTWQEHAK SRAKPEDFI YKEIPAEYGI QAYACYISEH GLTRNGQGRS VICMATSMNR ISTWDIHEGV LTWVSPEQPA SIKLLTTLPE M YIAVTVDM ...文字列:
MEIHLPRLPL MEIFSYLDAY SLLQVAQVNK NWNELASSDV LWRKLCQKRW FYCNMVTQQL LGKETWKEFF IYRTWQEHAK SRAKPEDFI YKEIPAEYGI QAYACYISEH GLTRNGQGRS VICMATSMNR ISTWDIHEGV LTWVSPEQPA SIKLLTTLPE M YIAVTVDM ESTIKLWDCH NSEALATNSL ISPCQSLKAV ITKDGPIVLI GDTLGNLNIF RIPDLYHITR LKVFPYGISE LY CSPQKKW IFLNRKHPHI LPKVFYMSSL LRTSEFSAPV STDLKFSLCQ RAFWTPRRED RITLMSIHGP KKIKKFITFD MEL EKIGNK ITVKEHFFAS FSLQNYEERP EWYGVSDKDV IVCSTRFSLL LFDINGHCLQ AFQYCPEQIL RLWVDPLHVI VSCN DGFLD VYAWEERSQQ LNKCYRLQYS KHLPSSGLIN KTLSDDVSII QVITIRTTPC FLMAFILKSA LEN

UniProtKB: F-box and WD-40 domain protein 21

+
分子 #17: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #18: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #19: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 11 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #20: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 249541
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る