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- EMDB-75705: SARS-CoV-2 spike S2 trimer stabilized in the early fusion interme... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-75705
タイトルSARS-CoV-2 spike S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate conformation (E-FICs-v3) bound to C77G12 (Fab local refinement)
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate conformation by circular permutation and clamping by modified EIAV gp45m plus C77G12 Fab
    • タンパク質・ペプチド: E-FICs-v3
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain Fab C77G12
    • タンパク質・ペプチド: Light chain Fab C77G12
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water
キーワードS2prime / coronavirus / SARS-CoV-2 / spike / fusion / entry / antiviral / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN complex / C77G12 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / protein tag activity / symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / positive regulation of viral entry into host cell / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / membrane / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily ...Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Small ubiquitin-related modifier
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者McCallum M / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Veesler D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2026
タイトル: TMPRSS2-mediated coronavirus spike activation and inhibition.
著者: Matthew McCallum / James Brett Case / Jack T Brown / Young-Jun Park / Jimin Lee / Emmajay Sutherland / Anupriya Aggarwal / Cecily Gibson / Florian A Lempp / Cameron Stewart / M Alejandra ...著者: Matthew McCallum / James Brett Case / Jack T Brown / Young-Jun Park / Jimin Lee / Emmajay Sutherland / Anupriya Aggarwal / Cecily Gibson / Florian A Lempp / Cameron Stewart / M Alejandra Tortorici / Shilpa Sanapala / Jun Siong Low / Daniel Asarnow / Dana Bohan / Exequiel Dellota / Benjamin Merz / Bhavna Chawla / Swagata Kar / Antonio Lanzavecchia / Federica Sallusto / Nicholas M Riley / Stuart Turville / Lisa Purcell / Michael S Diamond / David Veesler /
要旨: The protease TMPRSS2 facilitates coronavirus infections, yet its mechanism of viral glycoprotein recognition remains unclear. Here we show that, following ACE2 engagement of the SARS-CoV-2 spike (S) ...The protease TMPRSS2 facilitates coronavirus infections, yet its mechanism of viral glycoprotein recognition remains unclear. Here we show that, following ACE2 engagement of the SARS-CoV-2 spike (S) inducing the early fusion intermediate conformation (E-FIC), TMPRSS2 cleaves the R815 S' site and promotes fusogenic conformational changes leading to viral entry. We unveil TMPRSS2 recognition of S', identify key residues modulating binding specificity and demonstrate that S' site-directed broadly neutralizing antibodies target E-FIC and inhibit viral entry by blocking TMPRSS2 access. We computationally designed stabilized E-FIC as a vaccine candidate, overcoming the transient nature of this state. We describe a TMPRSS2-directed monoclonal antibody inhibiting several coronaviruses, including SARS-CoV-2 variants and protecting mice against SARS-CoV-2 challenge. These results outline the mechanistic role of TMPRSS2 and S' site-directed antibodies in coronavirus entry.
履歴
登録2026年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年5月13日-
マップ公開2026年5月13日-
更新2026年5月27日-
現状2026年5月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_75705.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_75705.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 530.56 Å		0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 530.56 Å		0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 530.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.829 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.9
最小 - 最大-4.229837 - 5.76403
平均 (標準偏差)-0.0003310625 (±0.07036457)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 530.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_75705_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_75705_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_75705_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate ...

全体名称: SARS-CoV-2 S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate conformation by circular permutation and clamping by modified EIAV gp45m plus C77G12 Fab
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate conformation by circular permutation and clamping by modified EIAV gp45m plus C77G12 Fab
    • タンパク質・ペプチド: E-FICs-v3
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain Fab C77G12
    • タンパク質・ペプチド: Light chain Fab C77G12
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: SARS-CoV-2 S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate ...

超分子名称: SARS-CoV-2 S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate conformation by circular permutation and clamping by modified EIAV gp45m plus C77G12 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: E-FICs-v3

分子名称: E-FICs-v3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: E-FICS-v3 encodes an azurocidin signal peptide, a serine residue, a SUMO tag (Uniprot: Q12306 1-94), an enterokinase cleavage site, a TGTGS linker, redesigned equine infectious anemia virus ...詳細: E-FICS-v3 encodes an azurocidin signal peptide, a serine residue, a SUMO tag (Uniprot: Q12306 1-94), an enterokinase cleavage site, a TGTGS linker, redesigned equine infectious anemia virus gp45 HR1 (QSNAESVQNHTFEVLNNTIRALELILRKLEILYEMILQLHE), a designed EVEAIQKAI linker, SARS-CoV-2 S residues 914-1131 (corresponding roughly to the HR1-CH-beta-H-CD region and with the D985A substitution), a threonine residue, SARS-CoV-2 S residues 703-833 (corresponding roughly to the beta-UH-SCR region), a designed linker (TIDKEK), redesigned equine infectious anemia virus gp45 HR2 (WKEWRKEMENLTKEIKETLEEARKTLKQAEETFKTPSSG), a GT linker, a second enterokinase cleavage site, a modified AVI tag (TGSLNDIFEAQKIEWHE), a QGS linker, and a C-terminal octahistidine tag
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 67.78718 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTRLTVLALL AGLLASSRAS MSDSEVNQEA KPEVKPEVKP ETHINLKVSD GSSEIFFKIK KTTPLRRLME AFAKRQGKEM DSLRFLYDG IRIQADQTPE DLDMEDNDII EAHRENDDDD KTGTGSQSNA ESVQNHTFEV LNNTIRALEL ILRKLEILYE M ILQLHEEV ...文字列:
MTRLTVLALL AGLLASSRAS MSDSEVNQEA KPEVKPEVKP ETHINLKVSD GSSEIFFKIK KTTPLRRLME AFAKRQGKEM DSLRFLYDG IRIQADQTPE DLDMEDNDII EAHRENDDDD KTGTGSQSNA ESVQNHTFEV LNNTIRALEL ILRKLEILYE M ILQLHEEV EAIQKAINVL YENQKLIANQ FNSAIGKIQD SLSSTASALG KLQDVVNQNA QALNTLVKQL SSNFGAISSV LN DILSRLA KVEAEVQIDR LITGRLQSLQ TYVTQQLIRA AEIRASANLA ATKMSECVLG QSKRVDFCGK GYHLMSFPQS APH GVVFLH VTYVPAQEKN FTTAPAICHD GKAHFPREGV FVSNGTHWFV TQRNFYEPQI ITTDNTFVSG NCDVVIGTNS VAYS NNSIA IPTNFTISVT TEILPVSMTK TSVDCTMYIC GDSTECSNLL LQYGSFCTQL NRALTGIAVE QDKNTQEVFA QVKQI YKTP PIKDFGGFNF SQILPDPSKP SKRSFIEDLL FNKVTLADAG FTIDKEKWKE WRKEMENLTK EIKETLEEAR KTLKQA EET FKTPSSGGTD DDDKTGSLND IFEAQKIEWH EQGSHHHHHH HH

UniProtKB: Small ubiquitin-related modifier, Spike glycoprotein, Spike glycoprotein

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分子 #2: Heavy chain Fab C77G12

分子名称: Heavy chain Fab C77G12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.069887 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG VVQPGRSLRI SCAVSGFTFG SYAMHWVRQA PGKGLEWVGV MSSDGHNEYY ADSVKGRFTI SRDNSRNKLY LEMNNLRVD DTAVFYCARG SDYVDDSPPL HYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列:
EVQLVESGGG VVQPGRSLRI SCAVSGFTFG SYAMHWVRQA PGKGLEWVGV MSSDGHNEYY ADSVKGRFTI SRDNSRNKLY LEMNNLRVD DTAVFYCARG SDYVDDSPPL HYWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEPKSC

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分子 #3: Light chain Fab C77G12

分子名称: Light chain Fab C77G12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.17565 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQLTQSPSS LSASIGDRVT ITCRASQDIA NKLAWFQQAP GKAPKSLIYA ASRLQSGVPS QFSGSGSGTD FTLTIESLQA GDFATYFCQ QYDSFPFTFG PGTKVDVKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQLTQSPSS LSASIGDRVT ITCRASQDIA NKLAWFQQAP GKAPKSLIYA ASRLQSGVPS QFSGSGSGTD FTLTIESLQA GDFATYFCQ QYDSFPFTFG PGTKVDVKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 93 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 225859
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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