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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7549 | |||||||||
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タイトル | Monomer yeast ATP synthase Fo reconstituted in nanodisc generated from masked refinement. | |||||||||
マップデータ | Monomer yeast ATP synthase Fo reconstituted in nanodisc generated from masked refinement | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport ...: / : / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport / mitochondrial intermembrane space / protein-containing complex assembly / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Srivastava AP / Luo M / Symersky J / Liao MF / Mueller DM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: High-resolution cryo-EM analysis of the yeast ATP synthase in a lipid membrane. 著者: Anurag P Srivastava / Min Luo / Wenchang Zhou / Jindrich Symersky / Dongyang Bai / Melissa G Chambers / José D Faraldo-Gómez / Maofu Liao / David M Mueller / 要旨: Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase comprises a membrane embedded F motor that rotates to drive ATP synthesis in the F subunit. We used single-particle cryo-electron microscopy (cryo- ...Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase comprises a membrane embedded F motor that rotates to drive ATP synthesis in the F subunit. We used single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to obtain structures of the full complex in a lipid bilayer in the absence or presence of the inhibitor oligomycin at 3.6- and 3.8-angstrom resolution, respectively. To limit conformational heterogeneity, we locked the rotor in a single conformation by fusing the F6 subunit of the stator with the δ subunit of the rotor. Assembly of the enzyme with the F6-δ fusion caused a twisting of the rotor and a 9° rotation of the F c-ring in the direction of ATP synthesis, relative to the structure of isolated F Our cryo-EM structures show how F and F are coupled, give insight into the proton translocation pathway, and show how oligomycin blocks ATP synthesis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7549.map.gz | 101.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7549-v30.xml emd-7549.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7549_fsc.xml | 13.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7549.png | 197.5 KB | ||
その他 | emd_7549_additional.map.gz | 98.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7549 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7549 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7549_validation.pdf.gz | 550 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7549_full_validation.pdf.gz | 549.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7549_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7549_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7549 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7549 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7549.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Monomer yeast ATP synthase Fo reconstituted in nanodisc generated from masked refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-添付マップデータ: emd 7549 additional.map
ファイル | emd_7549_additional.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Monomer yeast ATP synthase Fo reconstituted in nanodisc generated...
全体 | 名称: Monomer yeast ATP synthase Fo reconstituted in nanodisc generated from masked refinement. |
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要素 |
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-超分子 #1: Monomer yeast ATP synthase Fo reconstituted in nanodisc generated...
超分子 | 名称: Monomer yeast ATP synthase Fo reconstituted in nanodisc generated from masked refinement. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
-分子 #1: ATP synthase subunit 9, mitochondrial
分子 | 名称: ATP synthase subunit 9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 7.790385 KDa |
配列 | 文字列: (FME)QLVLAAKYI GAGISTIGLL GAGIGIAIVF AALINGVSRN PSIKDTVFPM AILGFALSEA TGLFCLMVSF LLLFGV |
-分子 #2: ATP synthase protein 8
分子 | 名称: ATP synthase protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 5.825215 KDa |
配列 | 文字列: MPQLVPFYFM NQLTYGFLLM ITLLILFSQF FLPMILRLYV SRLFISKL |
-分子 #3: ATP synthase subunit a
分子 | 名称: ATP synthase subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 27.90043 KDa |
配列 | 文字列: SPLDQFEIRT LFGLQSSFID LSCLNLTTFS LYTIIVLLVI TSLYTLTNNN NKIIGSRWLI SQEAIYDTIM NMTKGQIGGK NWGLYFPMI FTLFMFIFIA NLISMIPYSF ALSAHLVFII SLSIVIWLGN TILGLYKHGW VFFSLFVPAG TPLPLVPLLV I IETLSYFA ...文字列: SPLDQFEIRT LFGLQSSFID LSCLNLTTFS LYTIIVLLVI TSLYTLTNNN NKIIGSRWLI SQEAIYDTIM NMTKGQIGGK NWGLYFPMI FTLFMFIFIA NLISMIPYSF ALSAHLVFII SLSIVIWLGN TILGLYKHGW VFFSLFVPAG TPLPLVPLLV I IETLSYFA RAISLGLRLG SNILAGHLLM VILAGLTFNF MLINLFTLVF GFVPLAMILA IMMLEFAIGI IQGYVWAILT AS YLKDAVY LH |
-分子 #4: ATP synthase subunit 4, mitochondrial
分子 | 名称: ATP synthase subunit 4, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 23.194498 KDa |
配列 | 文字列: MSSTPEKQTD PKAKANSIIN AIPGNNILTK TGVLGTSAAA VIYAISNELY VINDESILLL TFLGFTGLVA KYLAPAYKDF ADARMKKVS DVLNASRNKH VEAVKDRIDS VSQLQNVAET TKVLFDVSKE TVELESEAFE LKQKVELAHE AKAVLDSWVR Y EASLRQLE ...文字列: MSSTPEKQTD PKAKANSIIN AIPGNNILTK TGVLGTSAAA VIYAISNELY VINDESILLL TFLGFTGLVA KYLAPAYKDF ADARMKKVS DVLNASRNKH VEAVKDRIDS VSQLQNVAET TKVLFDVSKE TVELESEAFE LKQKVELAHE AKAVLDSWVR Y EASLRQLE QRQLAKSVIS RVQSELGNPK FQEKVLQQSI SEIEQLLSKL K |
-分子 #5: ATP synthase subunit d, mitochondrial
分子 | 名称: ATP synthase subunit d, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 19.709424 KDa |
配列 | 文字列: SLAKSAANKL DWAKVISSLR ITGSTATQLS SFKKRNDEAR RQLLELQSQP TEVDFSHYRS VLKNTSVIDK IESYVKQYKP VKIDASKQL QVIESFEKHA MTNAKETESL VSKELKDLQS TLDNIQSARP FDELTVDDLT KIKPEIDAKV EEMVKKGKWD V PGYKDRFG NLNVM |
-分子 #6: ATP synthase subunit f, mitochondrial
分子 | 名称: ATP synthase subunit f, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 10.584166 KDa |
配列 | 文字列: VSTLIPPKVV SSKNIGSAPN AKRIANVVHF YKSLPQGPAP AIKANTRLAR YKAKYFDGDN ASGKPLWHFA LGIIAFGYSM EYYFHLRHH KGAEEH |
-分子 #7: ATP synthase subunit J, mitochondrial
分子 | 名称: ATP synthase subunit J, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 4.145884 KDa |
配列 | 文字列: MLKRFPTPIL KVYWPFFVAG AAVYYGMSKA ADLSSNT |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1. mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, pH 8.0 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 91 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 105.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 5935 / 平均電子線量: 8.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率(公称値): 31000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-6cp7: |