[日本語] English
万見
- EMDB-7526: Human Teneurin 2 extra-cellular region -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7526
タイトルHuman Teneurin 2 extra-cellular region
マップデータHuman Teneurin 2 ECR
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Teneurin 2 extra-cellular region
    • タンパク質・ペプチド: Teneurin-2Teneurin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


retrograde trans-synaptic signaling by trans-synaptic protein complex / positive regulation of filopodium assembly / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / : / neuron development / cell adhesion molecule binding / filopodium / 軸索誘導 / PML body / 細胞接着 ...retrograde trans-synaptic signaling by trans-synaptic protein complex / positive regulation of filopodium assembly / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / : / neuron development / cell adhesion molecule binding / filopodium / 軸索誘導 / PML body / 細胞接着 / cell-cell junction / 細胞結合 / 成長円錐 / postsynaptic membrane / 樹状突起スパイン / neuron projection / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / シナプス / 樹状突起 / calcium ion binding / ゴルジ体 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 小胞体 / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Teneurin-2 / Teneurin intracellular, N-terminal / Teneurin Intracellular Region / Teneurin N-terminal domain profile. / Tox-GHH domain / GHH signature containing HNH/Endo VII superfamily nuclease toxin / YD repeat / Rhs repeat-associated core / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like ...Teneurin-2 / Teneurin intracellular, N-terminal / Teneurin Intracellular Region / Teneurin N-terminal domain profile. / Tox-GHH domain / GHH signature containing HNH/Endo VII superfamily nuclease toxin / YD repeat / Rhs repeat-associated core / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF様ドメイン
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Shalev-Benami M / Li J / Sudhof T / Skiniotis G / Arac D
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM120322 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01 DK090165 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for Teneurin Function in Circuit-Wiring: A Toxin Motif at the Synapse.
著者: Jingxian Li / Moran Shalev-Benami / Richard Sando / Xian Jiang / Amanuel Kibrom / Jie Wang / Katherine Leon / Christopher Katanski / Olha Nazarko / Yue C Lu / Thomas C Südhof / Georgios ...著者: Jingxian Li / Moran Shalev-Benami / Richard Sando / Xian Jiang / Amanuel Kibrom / Jie Wang / Katherine Leon / Christopher Katanski / Olha Nazarko / Yue C Lu / Thomas C Südhof / Georgios Skiniotis / Demet Araç /
要旨: Teneurins (TENs) are cell-surface adhesion proteins with critical roles in tissue development and axon guidance. Here, we report the 3.1-Å cryoelectron microscopy structure of the human TEN2 ...Teneurins (TENs) are cell-surface adhesion proteins with critical roles in tissue development and axon guidance. Here, we report the 3.1-Å cryoelectron microscopy structure of the human TEN2 extracellular region (ECR), revealing a striking similarity to bacterial Tc-toxins. The ECR includes a large β barrel that partially encapsulates a C-terminal domain, which emerges to the solvent through an opening in the mid-barrel region. An immunoglobulin (Ig)-like domain seals the bottom of the barrel while a β propeller is attached in a perpendicular orientation. We further show that an alternatively spliced region within the β propeller acts as a switch to regulate trans-cellular adhesion of TEN2 to latrophilin (LPHN), a transmembrane receptor known to mediate critical functions in the central nervous system. One splice variant activates trans-cellular signaling in a LPHN-dependent manner, whereas the other induces inhibitory postsynaptic differentiation. These results highlight the unusual structural organization of TENs giving rise to their multifarious functions.
履歴
登録2018年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月11日-
マップ公開2018年7月25日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6cmx
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7526.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7526.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human Teneurin 2 ECR
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.2499995 - 0.37338814
平均 (標準偏差)-0.00003275460 (±0.009909255)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 260.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z260260260
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z260.000260.000260.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS260260260
D min/max/mean-0.2500.373-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Teneurin 2 extra-cellular region

全体名称: Teneurin 2 extra-cellular region
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Teneurin 2 extra-cellular region
    • タンパク質・ペプチド: Teneurin-2Teneurin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose

-
超分子 #1: Teneurin 2 extra-cellular region

超分子名称: Teneurin 2 extra-cellular region / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 215 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
分子 #1: Teneurin-2

分子名称: Teneurin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 224.005812 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: HHHHHHHHAS DTYKLVIVLN GTTFTYTTEA VDAATAEKVF KQYANDAGVD GEWTYDAATK TFTVTEASEN LYFQSGSTSC ADNKDNEGD GLVDCLDPDC CLQSACQNSL LCRGSRDPLD IIQQGQTDWP AVKSFYDRIK LLAGKDSTHI IPGENPFNSS L VSLIRGQV ...文字列:
HHHHHHHHAS DTYKLVIVLN GTTFTYTTEA VDAATAEKVF KQYANDAGVD GEWTYDAATK TFTVTEASEN LYFQSGSTSC ADNKDNEGD GLVDCLDPDC CLQSACQNSL LCRGSRDPLD IIQQGQTDWP AVKSFYDRIK LLAGKDSTHI IPGENPFNSS L VSLIRGQV VTTDGTPLVG VNVSFVKYPK YGYTITRQDG TFDLIANGGA SLTLHFERAP FMSQERTVWL PWNSFYAMDT LV MKTEENS IPSCDLSGFV RPDPIIISSP LSTFFSAAPG QNPIVPETQV LHEEIELPGS NVKLRYLSSR TAGYKSLLKI TMT QSTVPL NLIRVHLMVA VEGHLFQKSF QASPNLAYTF IWDKTDAYGQ RVYGLSDAVV SVGFEYETCP SLILWEKRTA LLQG FELDP SNLGGWSLDK HHILNVKSGI LHKGTGENQF LTQQPAIITS IMGNGRRRSI SCPSCNGLAE GNKLLAPVAL AVGID GSLY VGDFNYIRRI FPSRNVTSIL ELRNNPAHKY YLAVDPVSGS LYVSDTNSRR IYRVKSLSGT KDLAGNSEVV AGTGEQ CLP FDEARCGDGG KAIDATLMSP RGIAVDKNGL MYFVDATMIR KVDQNGIIST LLGSNDLTAV RPLSCDSSMD VAQVRLE WP TDLAVNPMDN SLYVLENNVI LRITENHQVS IIAGRPMHCQ VPGIDYSLSK LAIHSALESA SAIAISHTGV LYITETDE K KINRLRQVTT NGEICLLAGA ASDCDCKNDV NCNCYSGDDA YATDAILNSP SSLAVAPDGT IYIADLGNIR IRAVSKNKP VLNAFNQYEA ASPGEQELYV FNADGIHQYT VSLVTGEYLY NFTYSTDNDV TELIDNNGNS LKIRRDSSGM PRHLLMPDNQ IITLTVGTN GGLKVVSTQN LELGLMTYDG NTGLLATKSD ETGWTTFYDY DHEGRLTNVT RPTGVVTSLH REMEKSITID I ENSNRDDD VTVITNLSSV EASYTVVQDQ VRNSYQLCNN GTLRVMYANG MGISFHSEPH VLAGTITPTI GRCNISLPME NG LNSIEWR LRKEQIKGKV TIFGRKLRVH GRNLLSIDYD RSIRTEKIYD DHRKFTLRII YDQVGRPFLW LPSSGLAAVN VSY FFNGRL AGLQRGAMSE RTDIDKQGRI VSRMFADGKV WSYSYLDKSM VLLLQSQRQY IFEYDSSDRL LAVTMPSVAR HSMS THTSI GYIRNIYNPP ESNASVIFDY SDDGRILKTS FLGTGRQVFY KYGKLSKLSE IVYDSTAVTF GYDETTGVLK MVNLQ SGGF SCTIRYRKIG PLVDKQIYRF SEEGMVNARF DYTYHDNSFR IASIKPVISE TPLPVDLYRY DEISGKVEHF GKFGVI YYD INQIITTAVM TLSKHFDTHG RIKEVQYEMF RSLMYWMTVQ YDSMGRVIKR ELKLGPYANT TKYTYDYDGD GQLQSVA VN DRPTWRYSYD LNGNLHLLNP GNSVRLMPLR YDLRDRITRL GDVQYKIDDD GYLCQRGSDI FEYNSKGLLT RAYNKASG W SVQYRYDGVG RRASYKTNLG HHLQYFYSDL HNPTRITHVY NHSNSEITSL YYDLQGHLFA MESSSGEEYY VASDNTGTP LAVFSINGLM IKQLQYTAYG EIYYDSNPDF QMVIGFHGGL YDPLTKLVHF TQRDYDVLAG RWTSPDYTMW KNVGKEPAPF NLYMFKSNN PLSSELGLKN YVTDVKSWLV MFGFQLSNII PGFPRAKMYF VPPPYELSES QASENGQLIT GVQQKTERHN Q AFMALEGQ VITKKLHASI REKAGHWFAT TTPIIGKGIM FAIKEGRVTT GVSSIASEDS RKVASVLNNA YYLDKMHYSI EG KDTHYFV KIGSADGDLV TLGTTIGRKV LESGVNVTVS QPTLLVNGRT RRFTNIEFQY STLLLSIRYG LTPDTLDEEK ARV LDQARQ RALGTAWAKE QQKARDGREG SRLWTEGEKQ QLLSTGRVQG YEGYYVLPVE QYPELADSSS NIQFLRQNEM GKR

-
分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

-
分子 #5: alpha-D-mannopyranose

分子名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: MAN
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス / マンノース

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 44.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 426107

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る