[日本語] English
万見
- EMDB-74981: The ER membrane protein complex acts as a chaperone to promote vo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-74981
タイトルThe ER membrane protein complex acts as a chaperone to promote voltage-gated calcium channel assembly
マップデータNon-uniform refied z flipped map
試料
  • 複合体: Structure of the human ER membrane protein complex (EMC) with Nanobodies E2 and G9
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 1種
キーワードprotein biogenesis / endoplasmic reticulum / ER / chaperone / insertase / complex / membrane protein / CHAPERONE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / EMC complex / : / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / Miscellaneous transport and binding events / cobalt ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity ...extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / EMC complex / : / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / Miscellaneous transport and binding events / cobalt ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity / copper ion transport / magnesium ion transmembrane transporter activity / RHOA GTPase cycle / autophagosome assembly / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of angiogenesis / carbohydrate binding / early endosome membrane / angiogenesis / early endosome / Golgi membrane / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EMC1 N-terminal beta-propeller domain / ER membrane protein complex subunit 8/9 / : / Uncharacterised protein family (UPF0172) / EMC2 TPR-like repeat domain / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain ...EMC1 N-terminal beta-propeller domain / ER membrane protein complex subunit 8/9 / : / Uncharacterised protein family (UPF0172) / EMC2 TPR-like repeat domain / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6-like / EMC6 / ER membrane protein complex subunit 1, second beta-propeller / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 2-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein DUF106 / Carbohydrate-binding-like fold / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ER membrane protein complex subunit 8 / ER membrane protein complex subunit 2 / ER membrane protein complex subunit 4 / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 5 / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6 / Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.16 Å
データ登録者Singal B / Biswal M / Pleiner T
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2026
タイトル: The ER membrane protein complex acts as a chaperone to promote the biogenesis of multi-bundle membrane proteins.
著者: Marinda Stanton / Bharti Singal / Mahamaya Biswal / Megha Agarwal / Caroline Elizabeth Scheuing / Gerardo Dasaev Vargas / Alex Gao / Casey A Gifford / Tino Pleiner /
要旨: Nearly half of the ~5,000 human membrane proteins need to assemble into stoichiometric complexes as part of their biogenesis at the endoplasmic reticulum (ER) membrane. How ER resident biogenesis ...Nearly half of the ~5,000 human membrane proteins need to assemble into stoichiometric complexes as part of their biogenesis at the endoplasmic reticulum (ER) membrane. How ER resident biogenesis factors coordinate membrane insertion, folding and assembly is not well understood. Here, we demonstrate that the ER membrane protein complex (EMC) insertase additionally acts as a chaperone to facilitate the assembly of heterotrimeric voltage-gated calcium channels (Ca). Using function-separating mutations and inhibitory nanobodies we show that nascent Ca channels are degraded prematurely when EMC's chaperone function is selectively perturbed. Blocking EMC's chaperone function strongly impaired Ca-dependent cardiomyocyte contraction. EMC engagement of the pore-forming Caα-subunit occurred co-translationally and required Caα's first transmembrane domain bundle to protrude from the nascent ribosome•Sec61•multipass translocon complex. Our findings establish a chaperone function for the EMC and reveal that biogenesis of multi-bundle membrane proteins requires a highly orchestrated, co-translational interplay between ER biogenesis factors.
履歴
登録2026年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月18日-
マップ公開2026年2月18日-
更新2026年2月18日-
現状2026年2月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_74981.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_74981.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Non-uniform refied z flipped map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 480 pix.
= 441.6 Å		0.92 Å/pix.
x 480 pix.
= 441.6 Å		0.92 Å/pix.
x 480 pix.
= 441.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.048771013 - 0.12022402
平均 (標準偏差)0.00011635081 (±0.0031964167)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 441.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half map z flipped

ファイルemd_74981_half_map_1.map
注釈Half map z flipped
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map z flipped

ファイルemd_74981_half_map_2.map
注釈half map z flipped
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Structure of the human ER membrane protein complex (EMC) with Nan...

全体名称: Structure of the human ER membrane protein complex (EMC) with Nanobodies E2 and G9
要素
  • 複合体: Structure of the human ER membrane protein complex (EMC) with Nanobodies E2 and G9
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Membrane magnesium transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody G9
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody E2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
超分子 #1: Structure of the human ER membrane protein complex (EMC) with Nan...

超分子名称: Structure of the human ER membrane protein complex (EMC) with Nanobodies E2 and G9
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞中の位置: Endoplasmic reticulum
分子量理論値: 331.21509 KDa

+
分子 #1: ER membrane protein complex subunit 1

分子名称: ER membrane protein complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 111.886141 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAEWASRFW LWATLLIPAA AVYEDQVGKF DWRQQYVGKV KFASLEFSPG SKKLVVATEK NVIAALNSRT GEILWRHVDK GTAEGAVDA MLLHGQDVIT VSNGGRIMRS WETNIGGLNW EITLDSGSFQ ALGLVGLQES VRYIAVLKKT TLALHHLSSG H LKWVEHLP ...文字列:
MAAEWASRFW LWATLLIPAA AVYEDQVGKF DWRQQYVGKV KFASLEFSPG SKKLVVATEK NVIAALNSRT GEILWRHVDK GTAEGAVDA MLLHGQDVIT VSNGGRIMRS WETNIGGLNW EITLDSGSFQ ALGLVGLQES VRYIAVLKKT TLALHHLSSG H LKWVEHLP ESDSIHYQMV YSYGSGVVWA LGVVPFSHVN IVKFNVEDGE IVQQVRVSTP WLQHLSGACG VVDEAVLVCP DP SSRSLQT LALETEWELR QIPLQSLDLE FGSGFQPRVL PTQPNPVDAS RAQFFLHLSP SHYALLQYHY GTLSLLKNFP QTA LVSFAT TGEKTVAAVM ACRNEVQKSS SSEDGSMGSF SEKSSSKDSL ACFNQTYTIN LYLVETGRRL LDTTITFSLE QSGT RPERL YIQVFLKKDD SVGYRALVQT EDHLLLFLQQ LAGKVVLWSR EESLAEVVCL EMVDLPLTGA QAELEGEFGK KADGL LGMF LKRLSSQLIL LQAWTSHLWK MFYDARKPRS QIKNEINIDT LARDEFNLQK MMVMVTASGK LFGIESSSGT ILWKQY LPN VKPDSSFKLM VQRTTAHFPH PPQCTLLVKD KESGMSSLYV FNPIFGKWSQ VAPPVLKRPI LQSLLLPVMD QDYAKVL LL IDDEYKVTAF PATRNVLRQL HELAPSIFFY LVDAEQGRLC GYRLRKDLTT ELSWELTIPP EVQRIVKVKG KRSSEHVH S QGRVMGDRSV LYKSLNPNLL AVVTESTDAH HERTFIGIFL IDGVTGRIIH SSVQKKAKGP VHIVHSENWV VYQYWNTKA RRNEFTVLEL YEGTEQYNAT AFSSLDRPQL PQVLQQSYIF PSSISAMEAT ITERGITSRH LLIGLPSGAI LSLPKALLDP RRPEIPTEQ SREENLIPYS PDVQIHAERF INYNQTVSRM RGIYTAPSGL ESTCLVVAYG LDIYQTRVYP SKQFDVLKDD Y DYVLISSV LFGLVFATMI TKRLAQVKLL NRAWR

UniProtKB: ER membrane protein complex subunit 1

+
分子 #2: ER membrane protein complex subunit 2

分子名称: ER membrane protein complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.882531 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAKVSELYDV TWEEMRDKMR KWREENSRNS EQIVEVGEEL INEYASKLGD DIWIIYEQVM IAALDYGRDD LALFCLQELR RQFPGSHRV KRLTGMRFEA MERYDDAIQL YDRILQEDPT NTAARKRKIA IRKAQGKNVE AIRELNEYLE QFVGDQEAWH E LAELYINE ...文字列:
MAKVSELYDV TWEEMRDKMR KWREENSRNS EQIVEVGEEL INEYASKLGD DIWIIYEQVM IAALDYGRDD LALFCLQELR RQFPGSHRV KRLTGMRFEA MERYDDAIQL YDRILQEDPT NTAARKRKIA IRKAQGKNVE AIRELNEYLE QFVGDQEAWH E LAELYINE HDYAKAAFCL EELMMTNPHN HLYCQQYAEV KYTQGGLENL ELSRKYFAQA LKLNNRNMRA LFGLYMSASH IA SNPKASA KTKKDNMKYA SWAASQINRA YQFAGRSKKE TKYSLKAVED MLETLQITQS

UniProtKB: ER membrane protein complex subunit 2

+
分子 #3: ER membrane protein complex subunit 3

分子名称: ER membrane protein complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.981924 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGPELLLDS NIRLWVVLPI VIITFFVGMI RHYVSILLQS DKKLTQEQVS DSQVLIRSRV LRENGKYIPK QSFLTRKYYF NNPEDGFFK KTKRKVVPPS PMTDPTMLTD MMKGNVTNVL PMILIGGWIN MTFSGFVTTK VPFPLTLRFK PMLQQGIELL T LDASWVSS ...文字列:
MAGPELLLDS NIRLWVVLPI VIITFFVGMI RHYVSILLQS DKKLTQEQVS DSQVLIRSRV LRENGKYIPK QSFLTRKYYF NNPEDGFFK KTKRKVVPPS PMTDPTMLTD MMKGNVTNVL PMILIGGWIN MTFSGFVTTK VPFPLTLRFK PMLQQGIELL T LDASWVSS ASWYFLNVFG LRSIYSLILG QDNAADQSRM MQEQMTGAAM AMPADTNKAF KTEWEALELT DHQWALDDVE EE LMAKDLH FEGMFKKELQ TSIF

UniProtKB: ER membrane protein complex subunit 3

+
分子 #4: ER membrane protein complex subunit 4

分子名称: ER membrane protein complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.104572 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MTAQGGLVAN RGRRFKWAIE LSGPGGGSRG RSDRGSGQGD SLYPVGYLDK QVPDTSVQET DRILVEKRCW DIALGPLKQI PMNLFIMYM AGNTISIFPT MMVCMMAWRP IQALMAISAT FKMLESSSQK FLQGLVYLIG NLMGLALAVY KCQSMGLLPT H ASDWLAFI EPPERMEFSG GGLLL

UniProtKB: ER membrane protein complex subunit 4

+
分子 #5: Membrane magnesium transporter 1

分子名称: Membrane magnesium transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.706786 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MAPSLWKGLV GIGLFALAHA AFSAAQHRSY MRLTEKEDES LPIDIVLQTL LAFAVTCYGI VHIAGEFKDM DATSELKNKT FDTLRNHPS FYVFNHRGRV LFRPSDTANS SNQDALSSNT SLKLRKLESL RR

UniProtKB: ER membrane protein complex subunit 5

+
分子 #6: ER membrane protein complex subunit 6

分子名称: ER membrane protein complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.029248 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MAAVVAKREG PPFISEAAVR GNAAVLDYCR TSVSALSGAT AGILGLTGLY GFIFYLLASV LLSLLLILKA GRRWNKYFKS RRPLFTGGL IGGLFTYVLF WTFLYGMVHV Y

UniProtKB: ER membrane protein complex subunit 6

+
分子 #7: ER membrane protein complex subunit 7

分子名称: ER membrane protein complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.501586 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAALWGFFP VLLLLLLSGD VQSSEVPGAA AEGSGGSGVG IGDRFKIEGR AVVPGVKPQD WISAARVLVD GEEHVGFLKT DGSFVVHDI PSGSYVVEVV SPAYRFDPVR VDITSKGKMR ARYVNYIKTS EVVRLPYPLQ MKSSGPPSYF IKRESWGWTD F LMNPMVMM ...文字列:
MAAALWGFFP VLLLLLLSGD VQSSEVPGAA AEGSGGSGVG IGDRFKIEGR AVVPGVKPQD WISAARVLVD GEEHVGFLKT DGSFVVHDI PSGSYVVEVV SPAYRFDPVR VDITSKGKMR ARYVNYIKTS EVVRLPYPLQ MKSSGPPSYF IKRESWGWTD F LMNPMVMM MVLPLLIFVL LPKVVNTSDP DMRREMEQSM NMLNSNHELP DVSEFMTRLF SSKSSGKSSS GSSKTGKSGA GK RR

UniProtKB: Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 7

+
分子 #8: ER membrane protein complex subunit 8

分子名称: ER membrane protein complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.807076 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPGVKLTTQA YCKMVLHGAK YPHCAVNGLL VAEKQKPRKE HLPLGGPGAH HTLFVDCIPL FHGTLALAPM LEVALTLIDS WCKDHSYVI AGYYQANERV KDASPNQVAE KVASRIAEGF SDTALIMVDN TKFTMDCVAP TIHVYEHHEN RWRCRDPHHD Y CEDWPEAQ ...文字列:
MPGVKLTTQA YCKMVLHGAK YPHCAVNGLL VAEKQKPRKE HLPLGGPGAH HTLFVDCIPL FHGTLALAPM LEVALTLIDS WCKDHSYVI AGYYQANERV KDASPNQVAE KVASRIAEGF SDTALIMVDN TKFTMDCVAP TIHVYEHHEN RWRCRDPHHD Y CEDWPEAQ RISASLLDSR SYETLVDFDN HLDDIRNDWT NPEINKAVLH LC

UniProtKB: ER membrane protein complex subunit 8

+
分子 #9: ER membrane protein complex subunit 10

分子名称: ER membrane protein complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.375797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAASAGATR LLLLLLMAVA APSRARGSGC RAGTGARGAG AEGREGEACG TVGLLLEHSF EIDDSANFRK RGSLLWNQQD GTLSLSQRQ LSEEERGRLR DVAALNGLYR VRIPRRPGAL DGLEAGGYVS SFVPACSLVE SHLSDQLTLH VDVAGNVVGV S VVTHPGGC ...文字列:
MAAASAGATR LLLLLLMAVA APSRARGSGC RAGTGARGAG AEGREGEACG TVGLLLEHSF EIDDSANFRK RGSLLWNQQD GTLSLSQRQ LSEEERGRLR DVAALNGLYR VRIPRRPGAL DGLEAGGYVS SFVPACSLVE SHLSDQLTLH VDVAGNVVGV S VVTHPGGC RGHEVEDVDL ELFNTSVQLQ PPTTAPGPET AAFIERLEME QAQKAKNPQE QKSFFAKYWM YIIPVVLFLM MS GAPDTGG QGGGGGGGGG GGSGR

UniProtKB: ER membrane protein complex subunit 10

+
分子 #10: Nanobody G9

分子名称: Nanobody G9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 16.805328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSGSGGSGGT SGSSSGSCSS QVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGNIFG IYPMGWHRQA PGKQREFVAS TTTYNYTSYA DSAKGRFTI ARDNAKNTVY LQMNSLKPED TAIYYCYILI RAKVYRGQGT LVTVSSTSSS GSGSGGSGET GSHHHHHHHH H H

+
分子 #11: Nanobody E2

分子名称: Nanobody E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.699886 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSGSGGSGGS GGSGGSTSQV QLVESGGGLV QVGGSLRLSC AASGFEFSLF PMSWHRQAPG KEREFVAAIS NTGGNTNYAD SVKGRFTIS RDNAKNTAYL QMNSLKPEDT AVYYCNARSR EYWGQGTQVT VSS

+
分子 #13: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4S((4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)
200.0 mMNaClSodium Chloride
2.0 mMMgAcMagnesium Acetate
1.0 mMDTTDithiothreitol
0.05 wt/VolGDNGlyco-diosgenin

詳細: pH 7.5 adjusted with KOH ( potassium hydroxide).
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.04 kPa / 詳細: Pelco easiglow
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
ソフトウェア名称: EPU (ver. 3.8.1.7603)
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均露光時間: 5.79 sec. / 平均電子線量: 54.23 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 43012
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

8s9s

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
chain_id: K, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelnanobody
chain_id: L, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelnanobody
ソフトウェア名称: Coot (ver. 0.9.8.96)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9zz6:
The ER membrane protein complex acts as a chaperone to promote voltage-gated calcium channel assembly

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る