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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7493 | |||||||||
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タイトル | 2.80 A MicroED structure of proteinase K at 6.0 e- / A^2 | |||||||||
![]() | 2.80 A MicroED density map of proteinase K at 6.0 e- / A^2 | |||||||||
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![]() | Hydrolase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Hattne J / Shi D | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Analysis of Global and Site-Specific Radiation Damage in Cryo-EM. 著者: Johan Hattne / Dan Shi / Calina Glynn / Chih-Te Zee / Marcus Gallagher-Jones / Michael W Martynowycz / Jose A Rodriguez / Tamir Gonen / ![]() 要旨: Micro-crystal electron diffraction (MicroED) combines the efficiency of electron scattering with diffraction to allow structure determination from nano-sized crystalline samples in cryoelectron ...Micro-crystal electron diffraction (MicroED) combines the efficiency of electron scattering with diffraction to allow structure determination from nano-sized crystalline samples in cryoelectron microscopy (cryo-EM). It has been used to solve structures of a diverse set of biomolecules and materials, in some cases to sub-atomic resolution. However, little is known about the damaging effects of the electron beam on samples during such measurements. We assess global and site-specific damage from electron radiation on nanocrystals of proteinase K and of a prion hepta-peptide and find that the dynamics of electron-induced damage follow well-established trends observed in X-ray crystallography. Metal ions are perturbed, disulfide bonds are broken, and acidic side chains are decarboxylated while the diffracted intensities decay exponentially with increasing exposure. A better understanding of radiation damage in MicroED improves our assessment and processing of all types of cryo-EM data. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 691.9 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 191 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.3 KB | ||
Filedesc structureFactors | ![]() | 429.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 549 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 548.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6claMC ![]() 7490C ![]() 7491C ![]() 7492C ![]() 7494C ![]() 7495C ![]() 7496C ![]() 7497C ![]() 7498C ![]() 7499C ![]() 7500C ![]() 7501C ![]() 7502C ![]() 7503C ![]() 7504C ![]() 7505C ![]() 7506C ![]() 7507C ![]() 7508C ![]() 7509C ![]() 7510C ![]() 7511C ![]() 7512C ![]() 6cl7C ![]() 6cl8C ![]() 6cl9C ![]() 6clbC ![]() 6clcC ![]() 6cldC ![]() 6cleC ![]() 6clfC ![]() 6clgC ![]() 6clhC ![]() 6cliC ![]() 6cljC ![]() 6clkC ![]() 6cllC ![]() 6clmC ![]() 6clnC ![]() 6cloC ![]() 6clpC ![]() 6clqC ![]() 6clrC ![]() 6clsC ![]() 6cltC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | 2.80 A MicroED density map of proteinase K at 6.0 e- / A^2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.93681 Å / Y: 0.93681 Å / Z: 0.90016 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Proteinase K
全体 | 名称: Proteinase K |
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要素 |
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-超分子 #1: Proteinase K
超分子 | 名称: Proteinase K / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 28.888994 KDa |
-分子 #1: Proteinase K
分子 | 名称: Proteinase K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: peptidase K |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 28.930783 KDa |
配列 | 文字列: AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN ...文字列: AAQTNAPWGL ARISSTSPGT STYYYDESAG QGSCVYVIDT GIEASHPEFE GRAQMVKTYY YSSRDGNGHG THCAGTVGSR TYGVAKKTQ LFGVKVLDDN GSGQYSTIIA GMDFVASDKN NRNCPKGVVA SLSLGGGYSS SVNSAAARLQ SSGVMVAVAA G NNNADARN YSPASEPSVC TVGASDRYDR RSSFSNYGSV LDIFGPGTSI LSTWIGGSTR SISGTSMATP HVAGLAAYLM TL GKTTAAS ACRYIADTAN KGDLSNIPFG TVNLLAYNNY QA UniProtKB: Proteinase K |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
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試料調製
濃度 | 25 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 240 / 回折像の数: 240 / 平均露光時間: 5.1 sec. / 平均電子線量: 0.0357 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1200 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |